Deset let po svém záhadném zmizení se SeaQuest objevuje zpět na Zemi. Velení SeaQuestu přebírá tvrdý důstojník námořnictva, který byl pátráním po ponorce posedlý, a to kvůli novému nepřátelskému světovému klimatu.

Kapitán Hudson dostane rozkaz vyhodit do povětří ledovec, který zkorumpovaný obchodník nasměroval k Saúdské Arábii, jen aby na něm našel skupinu uprchlíků, kteří mají zabránit jeho zničení.

SeaQuest se pokouší zjistit příčinu zmizení několika tahačů z jedné z nejodlehlejších kolonií ve Svobodné zóně, kde se Hudson setkává s osobou ze své minulosti.

Lucas dohlíží na první jízdu nového revolučního podvodního vlaku, zatímco Ford a Hendersonová jdou na tajné rande jako cestující.

Hudson musí zbavit svého bývalého velitele služby na palubě těžce vyzbrojené podmořské základny poté, co základna vypálí na Makronésii.

Když je Hendersonová zajata Makronésií a odsouzena k trestu smrti, Hudson vede tajný tým, aby ji osvobodil ze zabezpečeného zařízení.

Lucas musí čelit Bridgerovi kvůli jeho potenciálně riskantnímu řešení boje s organismem, který hrozí dosáhnout epidemických rozměrů.

Poté, co podruhé předstírá vlastní smrt, se vrací radikální enviromentalista Max Scully, který je omilostněn za své vražedné zločiny, a kapitán Hudson dostane rozkaz doprovodit ho do podmořské ekologické utopie, aniž by věděl o Scullyho skutečných záměrech.

Kapitán Bridger požádá SeaQuest o pomoc, aby se mohl vydat hluboko do makronesijských vod a získat přísně tajné datové krystaly, které odhalují nevýslovná zvěrstva spáchaná na lidstvu před 20 lety - zločiny, na nichž se Bridger a Ford možná podíleli.

Členové posádky cestují "časoprostorovou koulí", která je vrátí v čase do října 1962 a umístí je doprostřed kubánské krize, kde se musí pokusit zabránit jadernému holocaustu.

Zatímco světoví představitelé jednají o obnovení Charty UEO, dochází k několika pokusům o atentát na delegáty.

Když SeaQuest zakotví v trestanecké kolonii, kde jsou vězni zotročeni, Henderson jednoho z nich pozná a nechtěně vyvolá vzpouru, což umožní vězňům utéct - a vzít si rukojmí.