Daniel Jackson objevuje adresu ztraceného města Antiků - Atlantidu. V SGC je připravena expedice, která má za úkol město prozkoumat, avšak energie vystačí pouze na cestu tam, takže se nemusí již vrátit zpět. Po příchodu naleznou město Atlantis, které je ale zcela opuštěné a pod hladinou moře. Energie města vystačí jen pár dní a až dojde, bude celé město zatopeno vodou...

Výprava, která se vydala hledat nový zdroj energie (ZPM), je napadena Wraithy - nepřítelem Antiků, kteří se živí energií lidí. Několik členů výpravy je uneseno. Při jejich záchraně je však wraithská královna zabita, ale ostatní Wraithové se probouzejí a začínají pustošit galaxii...

Dr. Beckett objeví způsob, jak aktivovat gen Antiků u lidí, kteří jej nemají. McKay se k tomuto pokusu přihlásí kvůli osobnímu štítu, který našel. Po jeho spuštění se stává McKay nezranitelným, avšak, když se chce najíst nebo napít, nápoj stéká po štítu dolů a McKay jej nemůže vypnout...

Puddle jumper se vrácí zpět na Atlantis, ale při průletu Hvězdnou bránou se zastaví, protože se část motoru zaseknula o okraj brány. Loď je tedy napůl v červí díře a zbývá 38 minut než se brána uzavře a loď i s cestujícími se rozpůlí...

Tým majora Shepparda se vrací zpět na Atlantidu - byl opět přepaden Wraithy. Je to již popáté, co byli napadeni a dr. Weirová se domnívá, že na Atlantis je špeh, který Wraithy informuje...

Tým majora Shepparda (Teyla, Ford, McKay a Sheppard) se vrací pod palbou. Wraithové po nich střílí stunnery (wraithská zbraň - paralyzátor). Po průchodu bránou dostane Rodney zásah. Je dočasně paralyzován a nemůže mluvit.

Lidé z Atlantis narazili na poměrně vyspělou planetu Hoph. Místní obyvatelé se zde již po desetiletí snaží vytvořit přípravek, který má Wraithům znemožnit vysávání energie z lidí...

Jelikož na Atlantis dochází jídlo, vydává se Sheppardův tým na planetu Genii, jejíž obyvatelé jsou zemědělci. Avšak po příchodu se zjistí, že místní obyvatelé si na zemědělce jen hráli a tajně v podzemí vyvíjeli atomovou bombu, kterou mají v úmyslu umístit do lodí Wraithů...

Sheppard se svým týmem objevuje planetu, při jejímž povrchu se nachází mlha s velkým množstvím energie. Díky této energii je možné otevřít červí díru zpět na Zemi, ale nejprve musí být přemístěn krystal z ovládacího panelu na Atlantis, který cestu do jiné galaxie umožňuje...

K Atlantis se blíží bouře, která zaujímá 20% povrchu planety a vznikla spojením několika hurikánů. McKay zjišťuje podle antické databáze, že se bouře objevuje každých 20 - 30 let a město před ní chránil ochranný štít, který však nyní nefunguje. Začíná evakuace města, ale McKay přichází s plánem na záchranu města...

Záchranný plán se nedaří uskutečnít, protože město Atlantis bylo přepadeno lidmi z planety Genie. Ti žádají léky a výbušniny C-4. Štít není stále zprovozněn a bouře udeří do hodiny na Atlantis v plné síle...

Ve sluneční soustavě, kde se nachází Atlantida, je nalezen antický obranný satelit, který bránil Atlantidu před Wraithy a je zřejmě poškozený. U satelitu však puddle jumper zachytí nouzový signál, který vychází z povrchu blízké planety a je wraithského původu...

Když McKay, Zelenka a Ford kontrolují město po bouři, zaslechnou radiové volání o pomoc. V blízké chodbě narazí na mrtvého Wagnera a Johnsonovou. Ta brzy rovněž umírá. Vše nasvědčuje tomu, že se smrtelná nákaza rozšiřuje z poničené laboratoře...

Puddle jumper je pod útokem Wraithů, a tak se snaží dostat k Hvězdné bráně na povrchu planety. Wraithové jsou však náhle zničeni výbojem, který vychází z povrchu planety. Na planetě naleznou primitivní civilizaci, která nemá o Wraithech ani jejich útocích žádné tušení...

Při průzkumu města je nalezena žena ve stázi. Po jejím probuzení dr. Beckett zjišťuje, že je to 10 000 let stará dr. Weirová a že vlastní 5 adres světů, na nichž by se měly nacházet antické zdroje energie ZPM...

Sheppardův tým se vydává na jednu z planet, na níchž má být ukryto ZPM. Antický energetický zdroj byl střežen Bratrstvem, které však bylo vyvražděno Wraithy. Jedinou možností, jak ZPM získat, je najít 9 kamenů, které při spojení vytvoří mapu, na níž má být úkryt ZPM vyznačen...

Dr. McKay přichází na způsob, jak zaslat nové informace a poznatky z galaxie Pegasus na Zemi. Chce pomocí všech naquadahových generátorů otevřít červí díru po dobu 1,3 sekundy na Zemi a vyslat komprimovanou zprávu, kterou by na Zemi měli být schopni dešifrovat...

Teyla začne mít děsivé noční můry, ve kterých se objevují Wraithové. Zdá se, že má po svých předcích schopnost Wraithy vycítit, ale také vnímat jejich komunikaci...

Wraithské lodě mají proletět kolem antického obranného satelitu, a tak se vědci z Atlantis vydávají puddle jumperem k satelitu, aby jej opravili a tak zastavili hrozbu v podobě Wraithů blížící se k Atlantis...

Lodě Wraithů zpomalují, ale stále se blíží k Atlantis. Na ní však dochází k aktivaci brány. Je přijat kód SGC a z brány vycházejí pozemští vojáci. Země chce ubránit Atlantis za každou cenu, a proto by do 4 dnů měla přiletět nová loď Daedalus, která dopraví ze Země nové ZPM...