百万年前，在南极洲（还没有被冰层覆盖）坐落着古人的城市 Atlantis，可能是为了避开瘟疫的威胁，整个城市飞离了银河系，到达了飞马座（Pegasus）。后来 SG-1 找到了他们留下的前哨站，ONeill 使用古人的武器摧毁了 Anubis 的舰队（SG-1, 7.22, Lost City）。现在 Daniel 终于找到了第 8 个地址，利用前哨站的 ZPM 为星门提供能源（长途拨号消耗比较大），由 Dr.Elizabeth Weir 率领的由十多个国家的队员组成的探险队顺利抵达了 Atlantis。

McKay 根据 Ford 记下的符号找出了幽灵所在的星球，发送过去的 MALP 显示那里的星门是悬浮在星球的轨道中的。随后他们找到了古人留下的可以穿过星门的小型飞船“Jumper”（SG-1 也曾遇到过一个，带有时间机器的，用它回到古埃及弄到了 ZPM），Sheppard 的古人基因可以完全控制它（Jumper 能够隐形，且拥有生命探测装置，还有便携式的 X_|||）。鉴于现在已经有了战略优势，Weir 同意 Sheppard 带队前往营救 Sumner 上校。通过生命探测仪 Sheppard 等人很快就找到了被关押的 Teyla 等人。

Dr. Carson Beckett 的研究表明古人使用基因作为装置启动密码（ATA：古代技术激活），为了使成员具有使用古人技术的能力，需要修改基因序列（用鼠类逆转录病毒，副作用是口干舌燥、头晕、向轮子冲过去的冲动，呵呵）。McKay 是第一个实验者，他成功地激活了一个古人个人防护罩，这个小东西可以保护他免受任何伤害（金钟罩，从楼上摔下来都没事）。不过没想到的是，他自己的手也没办法伸进去把他取下来，吃饭喝水都成了问题。Carson 认为可以用意识把它取下来，但是 McKay 坚称没有作用，Weir 等人则认为是他不想取下来（炫耀、胆小、没有安全感等），古人不可能造这么一个可能会危及自己生命的东西。

Jumper One（Sheppard、McKay、Teyla、Ford）侦查幽灵的星球时发现，当时看到的整个小山就是一艘幽灵母舰，现在他们离开了那里，准备去屠戮世界。然后他们遭遇到幽灵的伏击，混乱中一只外星虫子紧紧地抓到了 Sheppard 的脖子上（Ford 少尉对着虫子开枪都弄不死它，它跟幽灵一样，吸食了食物就会自动复原），穿过星门时，由于 Jumper 的发动机受损没有及时收回，结果被卡住了。星门只能接受传送和还原完整的东西，所以38分钟后，飞船的前半段和里面的驾驶员就会消失，后半段则被切断，Sheppard 等人将被扔到太空。

Shepppard 等人刚出去几小时就灰溜溜地被打回来了（McKay 中了一枪，幸好幽灵的武器只是是麻痹神经，还要留着活人吸食生命，所以 McKay 只是暂时嘴巴不能动），这是他们第9次刚出任务就遭遇幽灵了，Weir 认为基地里有内奸，Teyla 和 Athos 人成了怀疑对象，McKay 和 Sheppard 认为不可能，因为那样的话幽灵会直接攻击 Atlantis。 Weir 开始逐个询问 Athos 人，调查期间星门任务暂停。与此同时 McKay 发现城市的屋顶可以打开，Sheppard 和 Ford 驾驶着 Jumper 兜风时发现了陆地，Athos 人决定搬往陆地（省得天天又被限制又被怀疑），Teyla 则留下来加入 Sheppard 的小队。

Hoff 这个国家在研究一种可以免疫幽灵的药品，Carson 医生参与了该项目，对方是一个漂亮的女医生 Perna。曾经有一个 Hoff 人拥有一种特殊的蛋白质，可以抵抗幽灵释放的药物（幽灵吸食生命的原理大概是释放一种药物，吸收和分解人类的抑制衰老的蛋白质。人类进入中年后，这种蛋白质开始减少，同时也就逐渐衰老），药品的原型就来自这个人。Carson 利用原型和之前捕获的幽灵（Sheppard 把他命名为 Steve）的血液制出了血清。

Teyla 介绍 Weir 和 Genii 的农民交易，用药品换取粮食供给。他们的首领 Cowen 看到 Sheppard 用 C4 炸掉树桩后（只是为了帮助居民垦荒，牛 X_|||），希望用粮食换取 C4 和药品。Sheppard 请示了 Weir 之后返回 Genii 途中，McKay 接收到一个奇怪的放射信号，跟踪着信号找到了一个地道，一个地下的城市，然后遇到了全副武装的 Cowen。

M5S-224 星球弥漫着浓雾，但是 McKay 发现那些其实都是生命体或能量体，而且星门可以用空气中吸取能量。这意味着修改一下该星球的 DHD，就可以从这里拨号回地球。问题是回去了地球，就没办法回来了（地球 ZPM 已经耗光了），不过 Asgard 已经修改了普罗米修斯（Prometheus）的引擎，有望一个月就能抵达飞马座。

一场“完美风暴”即将袭击 Atlantis，Atlantis 的人员必须紧急撤离。Sheppard 请求 Manara 的首领 Smeadon 允许 Atlantis 暂时撤离到他们的星球，Smeadon 暗地里却通知了 Genii 的首领 Cowen（他们刚刚和 Atlantis 结下梁子）。Cowen 派遣指挥官 Kolya 集结了一个突击小队准备袭击 Atlantis。

McKay 警告 Kolya 要得到 Atlantis，必须留下他们两个，Kolya 骗 Sheppard 说 Weir 已经死了，Sheppard 发誓要取他性命。此时留在陆地的 Teyla 等人进入了暴风眼（飓风的中心，阳光明媚、风平浪静），Teyla 等人趁此机会，驾驶 Jumper 赶回 Atlantis 协助 Sheppard，Kolya 通知 Genii 要求增派援手。

Jumper-1 在一次飞行训练中，发现了一颗携带古人武器的人造卫星（大小如同一个 Goauld 母舰），可惜卫星已经报废。他们同时发现了一艘坠毁的幽灵飞船，猜测它可能是在一万年前进攻 Atlantis 时被古人卫星摧毁的。在下面的星球上，他们发现了许多像萤火虫一样的“space bug，太空虫子”（Sheppard 这个家伙有命名的嗜好），这些虫子有强烈的生命信号，对他们携带的食品（巧克力？）很感兴趣。

科学家们在搜索 Atlantis 城区的时候，在一个病毒实验室发现了一些破碎的容器，然后队员们相继开始出现鬼魂的幻觉，6个小时后导致脑动脉破裂而死。一个病人由于过度的惊吓在城区四处乱窜，Atlantis 全面戒严。

Jumper-1 被一群幽灵战机追赶，突然下面的星球上发出一束亮光，亮光摧毁了幽灵战机，Jumper 却安然无恙。McKay 认为只有 ZPM 才能为这样强大的武器提供能源，建议下去调查一下。 一个叫做 Zarah 的修道士代表 Proculus 人欢迎了他们，他们从未遇到过幽灵，Athar 神一直在保护他们。McKay 认为有一个他们不知道的古人武器在保护这个星球，不过这里倒是 Atlantis 的最佳避难所。Zarah 带他们去见女祭司 Chaya 以征求神的意志，Chaya 很遗憾地说 Athar 神不能让非子民在此居住，不过她很希望去参观一下神奇的 Atlantis。

Sheppard、Teyla、Ford 等人搜索城区时发现了一个冷冻着的老人（和 ONeill 当年冷冻自己一样的装置），根据资料记载，她已被冰冻了将近一万年，Carson 将其解冻后，她居然认识所有的队员，并声称她自己是 Dr.Elizabeth Weir。她带领探险队抵达 Atlantis 时，找到了一个时间旅行装置，通过它找到了原来居住在 Atlantis 的古人。 在她的时空中，Atlantis 的能量被耗光后并没有浮起来，而是被海水淹没，只有她和 Sheppard、Zelenaka 躲在一个 Jumper 内得以幸存（我竟然死了，McKay 一脸不情愿），然后 Jumper 被幽灵摧毁，只有她通过 Jumper 上的时间机器找到了一万年前 Atlantis 的古人。

McKay 在五个前哨站之一的 Dagan 星球的考古学家 Allina 的协助下寻找 ZPM 的下落。历史记载说，当年一个叫 Lantian 的古人把一个 ZPM 交给 Sudarian 的由 15 个僧侣组成的兄弟 会 The Quindosim 保管，并声称将来取回时会酬谢他们，但是后来幽灵几乎灭绝了 Sudarian 人，兄弟会把 ZPM 的保存地点分刻在九块石头上，McKay 根据 Allina 找到的三块石头很快就发现了其他五块，并找 到可能保存着 ZPM 的密室。然而他们却被死对头 Kolya 指挥官抓住了。

Atlantis 现在已经到了千钧一发的地步，McKay 认为虽然没有办法建立一个回到地球的虫洞，但是可以建立一个1.3秒的连接。利用这段时间，他可以用高压缩比的数据格式把研究数据、行动报告甚至所有队员的私人视频信息传送回去，同时向地球发送关于幽灵的警告。

很久以前，有一个幽灵捉了一批人做基因改造试验，想让人类吃起来“更可口”。后来发现在被改造的同时，这些人也拥有了“能感应到幽灵的到来”、甚至可以“探测幽灵意识”的能力。后来这个幽灵中止了实验，这批人被放了回去（他原以为与普通人类杂种繁殖后这种能力就会消失），Teyla 的祖先曾是被实验者之一，她的基因里含有部分幽灵的 DNA。Teyla 从实验室带回的数据还表明，幽灵是在古人抵达飞马座后才开始进化的；幽灵的语言其实是一种古人的方言。Carson 认为幽灵是曾经抓住 Sheppard 脖子的那 种虫子混合了人类的 DNA 后的产物，是古人无意间造出了幽灵。

McKay、Grodin 和 Miller 乘 Jumper 去尝试修复古人的攻击卫星，从 Teyla 得到的路线图看，幽灵舰队正好经过那里。Sheppard 和 Teyla 则要继续搜索合适的 Alpha 基地。为了防止古人的数据库落入幽灵之手（上次传回去不过只是 8%-9%），Zelenka 精心设计了自毁计划（包括一个清除数据的病毒）。 Shepperd 等人又遇到了袭击，Bates 中士不分青红皂白就指责 Teyla，实际上攻击他们的只是一种像恐龙的怪兽。Teyla 与 Bates 的摩擦升级，随后 Bates 离奇死亡，Teyla 成了怀疑对象。Carson 从 Bates 衣服上 DNA 测试得知，基地里有一个幽灵，应该是前几天的侦查机自毁后隐藏在城内的。Teyla 和 Ford 很快就逮住了他，不过这家伙（Sheppard 把他命名为 Bob）除了说些威胁的话外没透 露任何信息。

突然间星门接通，ONeill 将军派来了援军，因为 SG-1 在一次时空混乱中弄到了一个 ZPM （SG-1, 8.20, Moebius）。Everett 上校一进来就解除了 Weir 的指挥权，中止了自毁程序，并开始积极备战。地球建造的 Daedalus 号飞船即将在四天内带着 ZPM 抵达，现在要做的就是要坚持到飞船抵达。 Everett 上校计划使用 Jumper 把六枚 Naquadah 加强核弹作为太空雷布置在幽灵舰队航线 上，士兵们开始在城区布置重机枪防御网，他们同时还带来了 Naquadah II 型发电机为控制椅提供能源—— 看起来 Atlantis 守卫战已经万无一失。