Pukovnik Sheppard odlazi na samostalni zadatak spašavanja dr. McKaya i Ronona s matičnih brodova Wraitha koji se približavaju Zemlji.

Ekipa upoznaje Luciusa kojim su opčinjeni svi u gradu. Kad i Carson podlegne njegovim čarima, ekipa posumnja u Luciusovu privlačnost.

Ronon je otet i predan Wraithima. Vratio se u domovinu, gdje je prisiljen još jednom postati plijenom Wraitha.

Kad ekipa upozna Asurane, naprednu ljudsku vrstu, povjeruju da su oni možda drevni. No mogu li Asurani zapravo biti opasni?

Dr. Weir sumnja u svoje duševno zdravlje kad se nađe na Zemlji, gdje je ekspedicija Atlantis tek plod njezine mašte.

Dr. Weir započinje mirovne pregovore kad Kolya Genejac zarobi Johna Shepparda i drži ga u istom zatvoru sa Wraithe.

Kad Rodney dovede svoju sestru na Atlantis, situaciju zakomplicira dolazak još jednog Rodneya iz paralelnog svemira.

Možda je ekipi isteklo vrijeme kad tehnologija Wraitha koja mijenja umove natjera cijelu ekipu da upere oružje jedni u druge.

Tijekom testiranja lanca zvjezdanih vrata za putovanje od Atlantisa do Zemlje, McKay i Sheppard otkrivaju stari brod koji putuje brzinom svjetlosti.

O'Neill i Richard drže kao taoce tijekom napada Replikanta na grad. Sheppardova ekipa pokušava vratiti Atlantis.

Teyla vidi ono što smatra drevnim fantomima oko grada baš kad ljudi na Atlantisu počnu obolijevati. Jesu li napadnuti?

Glasinama o nepobjedivom junaku Lucius Lavin podmuklo manipulira selom izvan svijeta.

McKay počinje mutirati kad ga pogodi impuls drevnog stroja. No njegove novootkrivene supermoći mogle bi imati ubojite posljedice.

Sheppard i McKay igraju neobičnu novu simulacijsku igru koja bi mogla imati za posljedicu uništenje dviju civilizacija u galaktici Pegaz.

Ekipa otkriva posljednje preživjele iz civilizacije koja je bila zarobljena u animaciji na svemirskoj postaji.

Kad gotovo cijela ekipa Atlantisa dobije slobodan dan, mnogima je odmor težak zadatak. Njihovu dokolicu ubrzo prekine eksplozivna aktivnost.

Posada Atlantisa otkriva drevno podvodno istraživačko postrojenje. Dok istražuju, Teyla osjeća Wraitha u blizini.

Kad izgube kontakt s naseljem Taranina, Sheppardova ekipa odlučuje otkriti što se dogodilo i nalazi grad napušten.

Pod zapovjedništvom pukovnika Abea Ellisa, Apollo je poslan da pokrene protunapad protiv flote brodova koje su sagradili Asurijanci.