Na ontsnapt te zijn van de Asurans wapensatelliet, strandt Atlantis in de ruimte met nog maar vierentwintig uur voordat het schild het begeeft. Als blijkt dat de Asurans Atlantis hebben achtervolgd, is de toekomst van Atlantis nog onzekerder geworden.

Het Atlantis-team komt op een idee om een ZPM van de Asurans te stelen om de stad weer tot leven te brengen. Ze gaan samen met Weir op reis naar de thuisplaneet van de Replicators.

Als Sheppards team op oude Sedatan-kameraden van Ronon stuit, begint Ronon te twijfelen of hij moet blijven bij de Atlantis expeditie.

Atlantis wordt geteisterd door een wezen dat op angst en slechte herinneringen leeft. Iedereen is beïnvloed, behalve Sheppard, die op een missie een vreemd kristal heeft aangeraakt.

Sheppard wordt gevangengenomen door mensen genaamd The Travelers. Deze mensen leven al generaties op een schip in de ruimte om de Wraith te kunnen ontlopen. Als ze ontdekken dat Sheppard de ATA-gen heeft, willen ze dat hij hun oorlogsschip, gebouwd door de Ancients, activeert.

Een vreselijke ziekte treft de Atlantis expeditie, waardoor de meeste teamleden hun geheugen verliezen. McKay wordt wakker in zijn laboratorium, vastgebonden aan een stoel. Hij lijkt zichzelf een videoboodschap te hebben achtergelaten.

Teyla en Dr. Keller gaan naar de nieuwe planeet van de Athosiërs, maar ze zien dat ze zijn verdwenen. Het lijkt het werk van een krijgersstam, de Bola Kai.

Sheppards team ontmoet Davos, een man die in de toekomst kan kijken. Hij zegt dat Hive Ships eraan komen en McKay vindt dit een mogelijkheid, sinds hij de Asurans en de Wraith tegen elkaar hadden opgezet.

Jeannie Miller wordt gekidnapt door Henry Wallace. Hij zegt dat alleen Jeannie en McKay zijn dochter kunnen redden door nanotechnologie te gebruiken. Samen moeten ze voorkomen dat zijn dochter sterft.

Wanneer een beschadigde drone neerstort in Atlantis, vermoeden ze dat de Asurans hen misschien op het spoor zijn, maar het team van Sheppard denkt dat er meer aan de hand is. Het wordt nog vreemder als Elizabeth Weir opduikt.

De Atlantis expeditie heeft een Wraith, Todd, nodig om tegen een gemeenschappelijke vijand te vechten. Met zijn hulp kunnen ze een vloot van Hive Ships bijeen halen om de vijand te verslaan, maar helaas komen er te weinig Hive Ships en kan de expeditie misschien een oorlog beginnen, die ze niet kunnen winnen.

Sheppards team pikt een signaal op van Todd ze besluiten om de Hive Ship te bezoeken en komen erachter dat het verlaten is. Teyla krijgt het Hive Ship aan de praat, waardoor het team een geheim van de Wraith ontdekt.

Doordat McKay het veiligheidssysteem van Atlantis heeft aangepast, wordt de hele stad in quarantaine gezet. Iedereen zit vast en rekent erop dat McKay het wel uitvogelt, echter McKay zit vast in het botanische lab zonder zijn laptop en radio.

Sheppard en McKay helpen een prinses, die op het punt staat koningin te worden, door haar te begeleiden naar de ruïnes diep in het bos. Maar iemand probeert haar te dwarsbomen...

Wanneer de vader van Sheppard sterft, keert Sheppard met Ronon terug naar de aarde voor de begrafenis. Op aarde komt een wetenschapster hun hulp vragen voor het vangen van een ontsnapte Replicator die illegaal werd gemaakt.

McKay, Carter en Keller komen vast te zitten in een lege Genii-mijn op een planeet die geteisterd wordt door aardbevingen.

Een dodelijk virus zorgt er voor dat de bevolking van enkele planeten besmet raakt. Sheppard en zijn team proberen erachter te komen waar het vandaan komt. Ondertussen Krijgt Teyla visioenen over Kanaan.

Sheppards Team staat versteld wanneer zij Carson Beckett in levende lijve aantreffen en Teyla ontvoerd is. Het team doet er alles aan om Teyla veilig terug te krijgen naar Atlantis, maar lopen het risico om haar voorgoed te verliezen aan Michael. Teyla ontdekt een gruwelijk geheim dat te maken heeft met haar eigen volk.

Sheppard keert terug via de Stargate naar Atlantis, na een missie om Teyla te vinden. Eenmaal aangekomen ontdekt hij dat Atlantis verlaten is, en dat de planeet een totale klimaatsverandering heeft ondergaan. Hij probeert via de radio contact te zoeken naar leven en uiteindelijk hoort hij de stem van Rodney McKay. Tot Sheppards verbazing ziet hij dat Rodney McKay maar een hologram is.