A Pegazus-replikátorok pusztító támadása után Atlantisz ismeretlen ûrben reked 24 órára elegendõ levegõvel, így az expedíciónak valahogy meg kell javítania a város hiperhajtómûvét. Dr. Weir életét egy súlyos sérülés fenyegeti.

Sheppard alezredes és csapata ZPM-et akarnak szerezni a Replikátoroktól, hogy megmenthessék Atlantiszt, miközben Sam Carter ezredes és az Apollo hajó az idõvel versenyezve kutatnak a város után.

Egy idegen világon Sheppard alezredes csapata belebotlik egy kristály-létformába, amely azonban behatol az elméjükbe és Sheppard alakját felvéve álmaikban terrorizálni kezdi õket. Az expedíciónak meg kell állítania a lényt.

Az egyik felderítésen Sheppard alezredest fogságba ejti egy magukat Utazóknak nevezõ faj, akik évszázodok óta csillaghajókon élve járják a galaxist Õs technológiák után kutatva, hogy késõbb elpusztíthassák a lidérceket.

Egy vírus Teyla és Ronon kivételével mindenkinél amnéziát okoz Atlantiszon, ezért az expedíciónak meg kell találnia a gyógymódot, ha nem akarják örökre elveszteni az emlékeiket.

Mikor Új Athoszra utaznak, Teylát és Dr. Kellert megtámadja egy agresszív, primitív emberi törzs, miközben az athosziak a jelek szerint eltûntek.

Miközben egy lidérc felkeresi az expedíciót, Carter ezredesnek el kell döntenie, hogy hallgat-e egy olyan jós látomásaira, aki szerint Atlantisz mindenképpen pusztulásra van ítélve.

McKay húgát a Földön túszul ejti egy Henry Wallace nevû tudós, aki halálosan beteg lányát atlantiszi nanotechnológiával szeretné meggyógyítani. Sheppard és Ronon a Földre utaznak, hogy megmentsék a tudósokat.

Egy rejtélyes, idegen tárgy csapódik Atlantiszba, és az expedíció egy idõ után attól tart, hogy a Replikátorok rájöttek hol van a város, és a becsapódott szondán keresztül elkezdték megfertõzni õket.

Az expedíció felkeresi a hanyatló lidérc anyaflottát, hogy a segítségüket kérjék a replikátorok elleni közelgõ háborúhoz, akik támadásaikkal már az egész galaxis népességét fenyegetik.

A csapat felkeres egy elhagyott lidérc kaptárhajót, amelynek adatbázisából kiderül, hogy létezik egy lidércek által szentnek tekintett hely, amely nagyban hozzájárult az Õsök feletti gyõzelmükhöz.

Egy Atlantiszon folytatott karanténteszt próbára teszi az expedíción belüli kapcsolatokat.

Sheppard alezredesnek és Dr. McKay-nek meg kell védenie egy idegen világ trónörökését, akire a beavatási szertartáson Genii katonák támadnak rá.

Sheppard alezredesnek újra szembesülnie kell Atlantisz elõtti életével, mikor õt és Ronont a Földre küldik, hogy megtaláljanak egy emberformájú Replikátort, aki megszökött az IOA egyik laborjából.

Egy küldetés során Dr. McKay, Carter ezredes és Dr. Keller csapdába esnek egy föld alatti kamrában, amelybõl láthatóan nincs kiút, és nekik sincsenek meg a megfelelõ eszközeik a menekülésre.

Miközben Teal'c látogatást tesz Atlantiszon, a lidércek elfoglalják a Midway Állomást, hogy az Intergalaktikus Kapuhídon keresztül eljussanak a Földre. Teal'c-nek és Rononnak ezt meg kell akadályoznia.

Egy nem természetes eredetû, új betegség söpör végig a galaxison, miközben Teylát látomások gyötrik, amelyekben gyermekének több hónapja elveszett apja próbálja felvenni vele a kapcsolatot.

Teyla megszállottan keresi a kiutat Michael börtönébõl, akinek komoly tervei vannak a gyermekével és az athosziakkal kapcsolatban. Eközben az expedíciót sokkolja halottnak hitt barátjuk visszatérése.

Sheppard alezredes visszatér egy küldetésrõl, és azt látja, hogy Atlantiszt elhagyták, a számítógépes rendszerek halottak - és a várost az óceán helyett sivatag veszi körül, amíg a szem ellát.