Po výbuchu skladiště v posledním díle čtvrté série, jsou Sheppard, Ronon, McKay a Lorne uvězněni pod sutinami. Poručík Edison se tak sám vrací na Atlantidu, odkud je okamžitě vyslán záchranný tým. Jenže s autodestrukcí se automaticky poslala zpráva i na Michaelovu loď, která okamžitě mění kurz a směřuje k planetě. Daedalus je však také na cestě, ale ihned po příletu je atakován Michaelovým křižníkem, na němž se nachází i Teyla. A tak se John s Rodneym a Rononem vydávají v zamaskovaném jumperu zachránit Teylu a její nenarozené dítě...

Nový velitel Richard Woolsey je transportován na Atlantidu a hned musí čelit novému problému - dr. Kellerová se nehlásí na své ranní směně. Teyla, McKay a dr. Beckett, který byl probuzen ze stáze, nalézají Jennifer v bezvědomí a s neznámými organickými končetinami přirostlými k jejímu tělu. Vypadá to jako nějaký další experiment Wraitha Michaela. Carson provádí lékařský výzkum, zatímco ostatní členové týmu jsou v karanténě, jejich tělo by totiž mohlo být také nakaženo neznámým virem. Mezitím se mimozemský organismus rozrůstá i do ostatních pater směrem k hlavní energetické síti...

Ronon je zajat svým bývalým přítelem ze Satedy - Tyrem. Ten ho přivede před Wraitha a požaduje odměnu za jeho chycení. Wraith se na Rononovi krmí znovu a znovu, snaží se jej tak změnit a vytvořit dalšího uctívače Wraithů, který by měl bez slitování bojovat proti velkému nepříteli Wraithů - Atlantidě. Mezitím se Sheppard, Teyla, McKay i změněný Tyre snaží Ronona najít...

Na orbitě planety, kde se nachází Atlantida, se zničehonic objeví pozemská loď Daedalus. Tým plk. Shepparda se vydá v jumperu prázdnou loď prozkoumat. Tam z lodních záznamů zjistí, že posádka v čele s kap. Sobolovou opustila loď se všemi zásobami a vybavením a transportovala se na nějakou obyvatelnou planetu. Rodney pracuje na obnovení energie, když v tom skočí loď do další reality...

Sheppardův tým se nachází v jumperu, když najednou přestanou fungovat veškeré systémy. Po příletu na Atlantidu se stejné věci začínají dít i tam, a tak se McKay snaží obnovit zpět energii. Poté zjistí, že Koracen, replikátorský vědec v týmu dr. Weirové, přišel na způsob, jak dosáhnout digitálního ekvivalentu povznesení. Replikátoři by tak mohli existovat jako čistá energie v subprostoru, což jim dovolí volný pohyb po galaxii. Když se John snaží dostat do uzamčené části města, objeví se ve dveřích F.R.A.N. - replikátorská žena vytvořená dr. McKayem v minulém roce. Ta tvrdí, že je Elizabeth Weirová...

Tým Johna Shepparda se vydává na průzkumnou misi další planety, brána je tam ale pod vodou. Po příchodu zpět na Atlantis začne být Rodney nemocný a postupně ztrácí paměť, nepamatuje se, kdo je, kde je a co dělá. Zasáhne ho totiž mentální nemoc podobná alzheimerově chorobě. Ta ho připraví o veškeré vzpomínky a uvede jej do stavu dítěte. Proto je ze Země přivolána jeho sestra Jeanie Millerová, aby se s ním rozloučila, Rodney totiž postupně umírá. Ronon má však nápad, jak McKaye zachránit...

Sheppard s Beckettem cestují na planetu, kde tým maj. Anny Teldyové našel něco zvláštního - na planetě se nachází výzkumné zařízení Michaela, které kdysi sloužilo k vytváření lidsko-eratuských hybridů. Objeví zde také 12 lidí ve stázích. Dr. Beckett a dr. Alison Porterová zůstávají v jeskyních, kde se pomalu sbližují, pplk. Sheppard, maj. Teldyová a kpt. Vegová se vydají do blízké vesnice, aby zahájili přípravy na přenocování. Ve vsi narazí na osamělého muže Mirella, který je varuje před kletbou vesnice. Mirellus však provede něco, co všechny dostane do potíží...

Sheppardův tým se společně s dr. Kellerovou dostává na mateřskou loď Wraitha Todda. Tomu nabízejí řešení, které by pro Wraithy znamenalo konec krmení na lidech - pomoci genové terapie by mohli přijímat obyčejnou potravu. Todd chce proto uskutečnit návštěvu další wraithské mateřské lodi, která je s ním ve spojenectví, aby přemluvil nejvyšší královnu. Teyla tak podstupuje lékařský zákrok, který z ní udělá Wraitha. Poté předstírá, že je Toddovou královnou. Oba musejí spolupracovat, aby jejich lest nevyšla najevo...

Rodney, Ronon a dr. Kellerová se vydávají na jednu planetu, aby uzdravili některé vesničany. Jennifer však někdo unese - štvanec Kiryk, jemuž bylo Wraithy implantováno sledovací zařízení, aby jej mohli pro zábavu lovit stejně jako kdysi dávno Ronona. Kiryk chce po doktorce Kellerové, aby zachránila asi desetiletou dívku, jenž jako jediná přežila nájezd Wraithů a která je vážně nemocná. Ronon s McKayem se vydávají Kellerovou zachránit...

Dr. Daniel Jackson má v SGC volno a tak se po dlouhých letech opět vrací na Atlantidu. Tentokrát je to kvůli výzkumu antického vědce Januse. Společně s McKayem naleznou jeho tajnou laboratoř ve městě, i když z příchodu Daniela není Rodney nijak nadšený. Při průzkumu laboratoře se aktivuje jeden antický přístroj, který subprostorem přivolá neznámou rasu v robotických oblecích. Ti se ve své lodi dostanou až na Atlantidu a Daniela s Rodneym unesou. Mezitím také probíhá na Deadalu jednání mezi Atlantidou a wraithem Toddem...

Daniel Jackson a Rodney McKay jsou stále v antickém zařízení, kde právě zprovoznili přístroj, jenž neumožňuje Wraithům používat na svých lodích hyperpohon. Jenže aktivace zařízení má vedlejší účinek - samovolné autodestrukce bran. Dr. Kellerová je spolu s Rononem pronásledována na Deadalu, na nímž převzal moc Todd. Jenže Ronon se jen tak nevzdá, i když má od Todda ultimátum - pokud se bude snažit cokoliv udělat, wraithové postupně pozabíjejí členy posádky. Atlantidu kontaktuje rasa Cestovatelů, a tak se s nimi Sheppard a Zelenka setkávají na jejich lodi. Společně pak letí zachránit McKaye a Jacksona. Jenže Todd tam letí také. Kdo tam bude dřív?

Tým složený ze členů expedice společně s dr. Beckettem přesídlí některé Balarany, jenž přežili zamoření Hoffanským proteinem, na novou, ale obydlenou planetu. Jenže k planetě se blíží wraithská mateřská loď a tak musí všichni neprodleně planetu opustit. Sheppard navrhuje, aby se vesničané přesunuli na Atlantidu, odkud se následně dostanou na novou planetu. Svůj domov však nechtějí někteří opustit, bránu navíc hlídá wraithská hlídka...

Sheppardův tým kontaktují představitelé koalice lidí z různých světů. Mají se s nimi setkat na jedné z jejich planet. Brzy po příchodu však zjistí, že nebyli pozváni kvůli koalici, ale mají být postaveni před soud kvůli činům, které spáchali v galaxii Pegasus (existence Michaela, zamoření Hoffanským proteinem). Major Lorne proto cestuje se zástupcem koalice na Atlantidu, aby vše vysvětlil Woolseymu. Ten se nakonec sám vydává na planetu podpořit svůj tým.

Sheppard je spolu se dvěma botanickými pracovníky na pevnině planety, kam se před rokem a půl přesunula Atlantida. Najednou jej někdo unese a sváže. Když se snaží uniknout, zastaví ho někdo, koho opravdu nečekal a koho sám před dvěma roky zastřelil - Acastus Kolya. Na Atlantidě se mezitím Woolsey setkává s novou členkou expedice - dr. Vanessou Conradovou, která přiletěla na Apollu. Zároveň je Woolsey podroben analýze IOA, zda je pořád způsobilý vést expedici na Atlantidě. McKaye spolu se Zelenkou však čeká další nečekané zjištění - na planetě se nachází i prastará rasa, která potřebuje přežít...

McKay je pozván, aby na Zemi navštívil svého dávného akademického rivala dr. Malcolma Tunneye. Rodney je naštvaný, protože Tunney na Zemi dosáhl velkých úspěchů. Tunney pořádá večírek kvůli ukázce svého nového vynálezu - zařízení na boj s globálním oteplováním, a tak McKay bere s sebou dr. Kellerovou. Jenže po spuštění nejde zařízení vypnout, proto musí Tunney a Rodney spolupracovat, aby zachránili životy všech v budově...

Poblíž Atlantidy se objevila wraithská loď, a tak ji Sheppardův tým spolu s týmem maj. Lorna prozkoumává. Plavidlo se zdá být opuštěné, ale když jeden z vojáků zaslechne nějaký hluk, už si tím nikdo není tak jistý. Na lodi se vyskytuje několik divných wraithských válečníků, se kterými se už členové expedice setkali. Sheppard s Lornem musí vymyslet, co udělají. Mezitím trpí dr. Kellerová nedostatkem sebedůvěry, musí si totiž rozšířit znalosti o wraithské fyziologii a je na ni vyvíjen velký nátlak. Rodney ji však pomáhá a snaží se ji povzbudit.

Vědomí dr. Kellerové je přeneseno do ženy jménem Neeva. Neeva je zmatená - je v jiném těle v neznámém městě, a proto chce v těle Jennifer z Atlantidy utéct. Je to díky antickému přístroji, které musí být neustále aktivní, aby se přesun vědomí udržoval. Mezitím Jennifer zjistí, že se nachází v těle Neevy a že je ve vězení na neznámé planetě. Představitelé vesnice ji chtějí popravit za to, co Neeva udělala. Je sice zachráněna svými zlodějskými komplici Jannikem a Bordalem, avšak ti začínají tušit, že je něco v nepořádku. Tým plk. Shepparda musí najít jak Kellerovou, tak mimozemské zařízení, které přesun způsobilo.

V poušti nedaleko Las Vegas bylo nalezeno tělo. Na místo přijíždí detektiv John Sheppard. Vypadá to, že ve městě řádí divný sériový vrah. Mrtvola v poušti je již jeho osmá oběť. Všechny oběti byly seschlé, jako kdyby z nich někdo vysál život. John se setkává s agentem Woolseym z FBI, který jej vezme do Oblasti 51. Tam se od dr. McKaye dozvídá různé tajné a neuvěřitelné věci. Vrah však mezitím zabije další oběť a John jej musí najít a zneškodnit...

Na Atlantidě se aktivuje brána - Todd pomocí rádiového spojení varuje expedici, že jeden z jeho vědců a důstojníků jej zradil. Při válce s replikátory Todd tajně ukradl několik ZPM a jeho nejlepší vědci pracovali na upravení mateřské lodi, aby mohla čerpat energii právě ze ZPM. Když na to jeden wraithský vědec přišel, rozhodl se obrátit proti Toddovi. Nová mateřská loď by se tak stala zcela neporazitelnou. Daedalus v čele s plk. Caldwellem se snaží ještě nedokončenou loď zničit, avšak nevyjde to. Naopak dostane zprávu, že Wraithi obdrželi souřadnice Země a chystají se ji napadnout. Všichni tak společně musí odvrátit nevyhnutelnou katastrofu...