Ppłk John Sheppard i jego zespół są uwięzieni pod gruzami zakładu Michaela, aby uratować Teylę Emmagan. Gdy pułkownik Samantha Carter uruchamia zespół ratunkowy ratowników, niewiele wiedzą, że Michael Kenmore również szuka na planecie ocalałych.

Kiedy tajemniczy obcy organizm zabiera dr Jennifer Keller jako gospodarza, nowo odrodzony dr Carson Beckett i załoga desperacko poszukują surowicy, która uratuje ją przed ewoluującym intruzem, zanim zdąży przeniknąć do Atlantydy. W międzyczasie Richard Woolsey oficjalnie dołącza do zespołu, który został wybrany na zastępcę pułkownika Samanthy Carter, by poprowadził ekspedycję Atlantis.

Ronon Dex zostaje złapany przez Tira, który chce go przekazać Wraith, aby utrzymać swoją rolę w swoim kręgu. Kiedy jednak umowa staje się kwaśna, a Tyr zostaje na śmierć, wyprawa Atlantydów przekonuje go, by odebrał przyjaciela. Tymczasem Wraith zmieniają Ronona w wyznawcę Wraith.

Ekspedycja Atlantis w tajemniczy sposób odkrywa Dedala, porzuconego i dryfującego w przestrzeni. Kiedy zespół pułkownika Johna Shepparda przybywa, by zbadać sprawę, statek w tajemniczy sposób znika. Wkrótce odkrywają, że statek jest w rzeczywistości alternatywnym Dedalem z Alternatywnej rzeczywistości, a zespół musi znaleźć drogę powrotną do swojego Wszechświata lub ryzykować, że zostanie na zawsze pozostawiony w nieznajomej rzeczywistości.

Podczas misji, pułkownik John Sheppard nieumyślnie przynosi tajemniczą istotę do Atlantydy. Wkrótce dowiadują się, że istota to nic innego jak doktor Elizabeth Weir, która prawdopodobnie została zabita po tym, jak została pojmana przez Asuranów.

Dr Rodney McKay jest zarażony pegazowym odpowiednikiem choroby Alzheimera, znanej jako Drugie dzieciństwo, częstą chorobą wśród osób starszych w galaktyce. Jedynym sposobem na uratowanie go jest świątynia na Talusie. Minusem jest to, że zamieniło się w placówkę Wraith.

Dr Carson Beckett zostaje wezwany do pomocy zespołowi badającemu laboratorium, które kiedyś należało do Michaela Kenmore'a. Ale wkrótce zdają sobie sprawę, że grupa eksperymentów, których nawet Michael nie był w stanie kontrolować, jest cholernie zabójcza dla zespołu.

Ekspedycja Atlantis ma plan, aby usunąć zależność Wraith od karmienia, aby użyć eksperymentalnej terapii genowej z bazy danych Michaela. Jednak, aby przekonać Pierwszego, przywódcę Wraith, Teyla Emmagan musi pozować jako Królowa Roju.

Dr Jennifer Keller zostaje porwana przez uciekiniera o imieniu Kiryk. Podczas gdy dr Rodney McKay i Ronon Dex śledzą ich, Kiryk zabiera Kellera do poważnie rannej młodej dziewczyny. Musi to zrobić szybko, odkąd Wraith go znaleźli i polują na nich.

Dr Daniel Jackson przybywa na Atlantydę, aby zbadać ukryte laboratorium pozostawione przez nieuczciwego starożytnego naukowca Janusa. Ich odkrycie przyciągnęło uwagę tajemniczej grupy kosmitów, którzy infiltrowali miasto. W międzyczasie "Todd" i delegacja przybywają na Dedala, by przedstawić terapię genową dr Jennifer Keller.

Ponieważ dr Rodney McKay i dr Daniel Jackson są więźniami Vanira, dokonują zaskakującego odkrycia, kim naprawdę są. Tymczasem "Todd" i jego Wraith porywają Dedala, by znaleźć i zniszczyć tych, którzy aktywowali urządzenie Attero. Przybywający Podróżnicy i podpułkownik John Sheppard muszą pomóc im dotrzeć na planetę, zanim "Todd" odkryje sposób na odkrycie urządzenia na dobre, nawet jeśli oznacza to poświęcenie życia McKaya i Jacksona, aby to zrobić.

Dr Carson Beckett, teraz podróżujący lekarz w Pegazie, napotyka planetę, gdzie niektórzy mieszkańcy wioski są uchodźcami z Balaru, planetą zainfekowaną lekiem Hoffana i zniszczoną przez Wraith. Jednak Wraith przybywają na planetę i dają wiosce ultimatum, przekazują Balarian, lub stają w obliczu zniszczenia całej cywilizacji.

Ppłk Pułkownik John Sheppard jest zapraszany przez Koalicję Planet, aby utworzyć sojusz. Jednak zespół jest wprowadzany w błąd i musi stanąć przed sądem, za swoje rzekome zbrodnie przeciwko galaktyce Pegaza. Ich największą szansą na wolność są doświadczenia Richarda Woolsey`a.

Michael Kenmore zinfiltrował Atlantydę z armią swoich mieszańców, a także zamknął operacje Stargate i otoczone poziomy, aby nikt nie mógł go odzyskać. Jego plan; weź Teylę Emmagan i jej dziecko, aby doskonalić swoje hybrydy i zniszczyć bazę, kiedy skończysz. Tymczasem podpułkownik John Sheppard, dr Rodney McKay i zespół próbują odebrać miasto, zanim Michael odejdzie z tym, co chce.

Będąc ocenianym przez International Oversight Advisory, Richard Woolsey poznaje pięknego naukowca nowego w Atlantis, który nie jest tym, czym się wydaje. Tymczasem podpułkownik John Sheppard zostaje schwytany i torturowany przez wroga, którego myślał, że zabił kilka lat temu: jego zaprzysiężonego wroga, dowódcę Genii, Acastusa Kolię.

Dr Rodney McKay niechętnie wraca na Ziemię, by być świadkiem triumfu swojego rywala, dr Malcolma Tunneya, ale musi pomóc w wyłączeniu śmiercionośnego urządzenia meteorologicznego, gdy nowa technologia pójdzie okropnie źle

Po nadejściu statku Wraith nad Atlantydą, który przekazuje wezwanie pomocy, zespół pułkownika Johna Shepparda odkrywa, że ​​jego załoga została dotknięta chorobą, którą pomogli stworzyć.

Ciało dr Jennifer Keller zostaje nieumyślnie przejęte przez przebiegłego złodzieja, Neeva Casol. Podczas gdy Neeva próbuje uciec z Atlantydy, Keller zostaje uwięziona z wyroku śmierci na innej planecie, zmuszając zespół do wyścigu z czasem, by przywrócić Keller do jej pierwotnego ciała, zanim zostanie skazana na śmierć.

W mieście Las Vegas w alternatywnej rzeczywistości policyjny detektyw John Sheppard bada serię dziwnych morderstw, w których każde ciało wydaje się być wysuszone. Wkrótce zostaje wezwany do Strefy 51, gdzie dr Rodney McKay wyjaśnia sytuację.

"Todd" informuje ekspedycję Atlantis, że zbójecka grupa Wraith zdobyła kilka modułów Zero Point do zasilania Super-ula i chce go zniszczyć. Jednak po wyłączeniu Daedala dowiadują się, że statek kieruje się prosto na Ziemię i muszą go zatrzymać, zanim dotrze na miejsce.