Na een meningsverschil wenst Sam dat ze Danny nooit ontmoet had en Désirée vervult de wens. Sam komt nu in een wereld waar Danny geen spookkrachten heeft.

Amity Park wordt geteisterd door een epidemie die de kinderen spookkrachten geeft.

Uit de spookzone komt een piratenschip aanvliegen en steelt de Spookscherm-generator. Verder lijkt heel Amity Park in ban te zijn van een nieuw radiostation. Danny zoekt uit wat dit allemaal met elkaar te maken heeft.

Als Vlad Plasmius de spookkoning Pariah Dark bevrijdt is heel Amity Park in gevaar, als Pariah Amity Park in de spookzone doet belanden. Danny, Vlad, Valerie, vrienden en vijanden moeten alles op alles zetten om Pariah te verslaan.

Danny wil graag wat meer leuke dingen doen met Sam en Tucker, maar hij moet steeds spoken vangen. Hij gebruikt de Fenton Spokenvanger om zich te splitsen.

Jongbloed is terug en drijft Danny helemaal gek (vooral omdat alleen Danny hem kan zien).

Danny haat kerst en als hij per ongeluk het Kerstgedicht van de Spookschrijver vernietigt, zonder er spijt van te hebben stopt hij Danny in zijn nieuwe kerstgedicht (dit is de Danny Phantom Kerstspecial).

Jazz probeert Danny te helpen met het spokenjagen, wat niet echt helemaal goed gaat. Als Danny Skulker tegen komt negeert hij Danny totaal. Danny wil weten waarom, en wat heeft Vlad hiermee te maken?

Technus wil een super-satelliet overnemen. Om Danny bezig te houden zorgt hij ervoor dat Danny en Valerie een relatie krijgen.

Skulker heeft de jacht geopend op Danny, maar wordt door hem terug de spookzone in getrapt. Als Skulker de jacht opnieuw opent op Danny gaat hij achter hem en Dash aan, die op dat moment aan het trainen zijn voor een fitheidstest. Dankzij Jack worden ze ook nog verkleind.

Sam besluit mee te doen aan een schoonheidsverkiezing, die door Dora op het Casper College wordt gehouden om een statement te bewijzen, maar ze wordt ontvoerd naar de Spookzone. Het is aan Danny en Tucker om Sam te redden.

Als de geest van Hotep Ra ontwaakt doordat Tucker in een spiegel kijkt, op de sarcofaag doet hij alles wat Tucker hem opdraagt te doen. Wanneer Hotep Ra Tucker de Farao's scepter geeft komt Tucker in de macht van de scepter. Hij stuurt iedereen naar het oude Egypte om ze daar aan een grote Sfinx te laten werken. Die wordt dan tot leven gewekt zodat hij bestuurd kan worden. Als Danny daarachter komt moet hij alles op alles zetten om iedereen te redden.

Vlads Ecto-Acne is terug en vraagt Danny te helpen zoeken naar een tegengif. Om er voor te zorgen dat Danny helpt, besmet hij ook Sam en Tucker met Ecto-Acne. Danny gaat naar Klokhuis voor hulp. Danny wilt naar het verleden toe om het ongeluk te voorkomen waardoor Vlad Ecto-Acne krijgt.

Vlad probeert een kloon van Danny te maken. De meest succesvolle is Daniëlle. Vlad heeft een DNA-streng van Danny nodig terwijl hij tussen zijn 2 fases zit.

Sam wordt verliefd op een uitwisselingsstudent genaamd Gregor. Als Danny ze bespioneert komt Sam er achter en wordt ze kwaad op hem. Danny denkt dat Gregor voor de Gasten in Wit werkt, door wie Danny wordt aangevallen iedere keer als Gregor in de buurt is. Maar eigenlijk is dat een excuus omdat hij jaloers is op Sam en Gregor.

Ex-directeur Freakshow van circus Gothica is weer terug. Hij kidnapt Danny's ouders, onthult zijn geheim aan de wereld, en laat Danny een aantal edelstenen verzamelen waarmee hij de wereld kan veranderen naar zijn wil.