Certains doutes surgissent alors que Pacey et Joey reprennent le chemin de Capeside après leur voyage estival en bateau.

Une nouvelle année scolaire démarre et Pacey risque de se faire renvoyer du lycée. Joey commence à travailler au yacht club.

Dawson et Joey n'ont pas d'autre choix que de partir à la rescousse de Pacey et Jen, menacés par un ouragan.

Alors que le processus de candidature pour la fac devient de plus en plus laborieux, Gretchen décroche un job de serveuse dans le restaurant de Gail.

Dawson apprend que sa mère est enceinte et Joey se demande quand elle va faire le grand saut avec Pacey.

Andie veut fêter son admission à Harvard en allant à une rave, au cours de laquelle elle met sa vie en danger.

Un projet de vacances inattendu avant de se lancer dans ses études incite Andie à essayer de rassembler tout le monde avant son départ.

Au lycée, Dawson, Pacey et Jack sont soupçonnés d'être à l'origine d'une énorme farce.

Dawson veut devenir réalisateur et demande des conseils à M. Brooks. Joey emmène Pacey à un dîner dans une université très cotée.

Dawson est inspiré par ce que M. Brooks lui raconte sur son passé et Pacey voudrait bien aller plus loin avec Joey.

Pacey essaie d'empêcher Dawson de séduire Gretchen. Drue et Joey se retrouvent enfermés dans un débarras.

L'anniversaire surprise que Joey a organisé pour Pacey décuple les tensions qui couvent depuis un moment au sein de la famille Witter.

Dawson est mal à l'aise à l'idée de rencontrer les amis de Gretchen. Joey et Pacey se voient contraints de passer la soirée avec Drue et quelqu'un d'important.

Le reste de la promo part au ski, et Dawson, resté au chevet d'un Monsieur Brooks très malade, découvre qu'il est responsable des décisions concernant sa fin de vie.

Alors que Pacey et Joey analysent leur première expérience sexuelle, la mort de M. Brooks intensifie la relation de Dawson et Gretchen.

Pacey et Joey veulent passer la nuit ensemble, ce qui crée une occasion pour Dawson et Gretchen de se retrouver. Jen demande à Jack de l'aider à espionner son psy.

Joey est ravie d'apprendre qu'elle est acceptée à l'université, jusqu'à ce quelle découvre le montant exorbitant des frais de scolarité.

Sur un coup de tête, Dawson et Gretchen font un road trip dans le Maine. Pendant ce temps, Jen part à New York pour demander des explications à son père.

Pendant que Gail attend impatiemment l'arrivée de son bébé qui a dépassé son terme, Joey se demande si elle n'est pas enceinte.

Le bal de fin d'année de Capeside signe le début de deux nouvelles histoires et peut-être la fin de deux autres.

La cérémonie de remise des diplômes de la promotion 2001 rassemble famille et amis... avant que chacun ne reparte de son côté.

Alors que Dawson se prépare à partir à la fac, il retrouve Joey pour lui dire au revoir.