세계 각국의 부대가 하와이 제도에 집결했고, 미군의 티타노 스트라이드(TS) 파일럿인 루이스 스미스는 전투가 한창인 가운데 자위대의 에이스 파일럿인 이사미 아오와 만났다. 전투를 통해 이사미의 남다른 실력을 본 루이스는 그에게 일대일 승부를 신청했다. 하지만 약속 당일, 갑자기 소속 불명의 기체들에 의한 대규모 강습을 받아 평화로운 나날은 끝을 고했는데.

어떻게든 궁지에서 벗어난 후, 각국 군대의 사령관들은 브레이번과 함께 작전 회의를 했다. 세계가 위기에 처해있다고 브레이번은 열변을 토했지만, 갑자기 나타난 정체불병의 존재를 신용할 수 없었던 킹 일행은 이에 어떻게 반응해야 할지 정하지 못했다. 한편 영문도 모른 채 브레이번에 탑승한 이사미는 적의 스파이로 의심받아 혹독한 고문을 받고 있었다. 갈수록 혼란스러워지는 상황 속에서, 새로운 적인 스펠비아가 노스 쇼어 해상에 나타났는데.

브레이번한테 거절당해 내심 마음에 상처를 입었던 스미스는 해안가에서 수수께끼의 소녀와 마주쳤다. 그녀가 적과 관련 있는 인물은 아닌가 의심했지만, 갈 곳 없는 그녀를 내버려둘 순 없어 스미스는 그녀를 어딘가에 숨겼다. 한편 이사미는 억지로 브레이번에 타게 된 것에 대한 정신적 상처 때문에 콕핏 안에 틀어박혀 있었다. 그런 상황 속에서 살아남은 각국 군대는 브레이번을 기반으로 하는 다국적 임무 부대(ATF)를 결성해, 세계를 해방시키기 위한 전투를 준비했다. 하지만 ATF의 핵심이 되는 항공모함을 향해서 불온한 그림자가 다가오고 있었는데.

하와이를 해방시킨 다국적 임무 부대(ATF)는 다음 목적지를 일본으로 정했다. 각자가 전투에 대비해 준비를 진행하는 가운데, 스미스는 수수께끼의 소녀 루루를 감시할 것을 명령받았다. 하지만 그저 노는 것으로밖에 안 보이는 스미스에 대한 이사미의 불만은 점점 쌓여만 갔다. 그 모습을 보던 브레이번은 이사미를 데리고 어느 ′좋은 곳′으로 향했는데.

일본 구출 탈환 작전 '오퍼레이션 업라이징'이 개시되기까지 앞으로 일주일. 다국적 임무 부대(ATF)의 함대는 태평양을 횡단해 나아갔다. 브레이번의 탑승자로서 기대를 한 몸에 받고 있는 이사미는, 이에 부담감을 느끼면서도 그 기분을 주변 사람들 앞에선 감추고 있었다. 그런 이사미가 신경 쓰였던 스미스는 어떻게든 그와 이야기를 해보려 했으나 잘 풀리진 않았다. 고민하던 스미스는 브레이번과의 대화에서 단서를 얻어 어느 묘안을 생각해 냈는데.

한발 앞서 일본에 상륙한 이사미, 브레이번 그리고 스미스는 생존자 탐색을 진행했다. 생존자가 없으면 부대를 완전히 상륙시키기 위해 사전 포격 공습이 실행될 거라고 들은 이사미 일행이 누구도 발견하지 못해 초조해하는 가운데, 스미스가 위기에 빠졌다. 힘든 상황 속에서도 포기하지 않는 이사미의 마음에 호응하듯이 브레이번의 새로운 힘이 각성했는데.

스미스는 브레이번 엄호 TS 부대인 브레이브 나이츠의 대장으로 임명되었다. 어떤 어려움이 있어도 브레이번과 이사미라면 이겨낼 수 있다고 말하는 스미스는, 이사미에게 용기를 북돋아 주기 위해 함께 세계를 구하자는 약속을 나누었다. 일본을 되찾은 다국적 임무 부대(ATF)는 유럽 방면으로 진군하는 걸 계획했으나, 출항 직전에 요코하마 일대가 짙은 안개에 휩싸였다. 시야가 확보되지 않고 통신도 두절된 가운데, 고립된 컨스텔레이션을 세 데스 드라이브스가 습격했는데.

이사미에게까지 전해진 루이스 스미스의 전사 소식. 냉정함을 잃은 이사미에게 브레이번의 말은 들리지 않았고, 바니타스와 페시미즘을 상대로 고전하게 되었다. 함께 세계를 구하기로 맹세한 두 사람의 강한 마음이 이사미로부터 흘러넘쳤을 때, 기적이 일어났는데.

스펠비아를 아저씨라고 부르는 루루는 스펠비아를 타고 싶다고 말했다. 이사미와 브레이번을 구하기 위해서는 스펠비아의 힘이 필요하다고 전했지만, 스펠비아는 이를 거부했다. 그 후 루루는 혼자서 싸우러 나가는 이사미를 필사적으로 설득하려고 했으나 실패했고, 결국 강경 수단을 사용하고 말았다. 한편으론 파트너가 있는 것의 훌륭함에 대해 말하는 브레이번을 보고 마음이 동한 스펠비아는, 루루와 하나가 될 결심을 했는데.

스펠비아를 동료로 받아들인 이사미 일행은 결전의 땅인 하와이 제도로 향했다. 남은 세 대의 데스 드라이브스에 대한 정보를 스펠비아로부터 얻은 이사미 일생은 격전에 대비해 ′오퍼레이션 본파이어′를 발동해, 서로에 대한 인연을 확인했다. 하와이 제도의 데스 드라이브스가 조용히 기다리고 있는 가운데, 모든 것이 수수께끼에 싸인 데스 드라이브스 세그니티스를 먼저 쓰러뜨리기 위해 브레이번, 이사미, 스펠비아 그리고 루루가 최후의 싸움에 임하러 나아갔는데.

브레이번을 잃고 싸울 의지가 꺾이고만 이사미. 절체절명의 위기에 빠지게 된 이사미와 루루. 자신은 히어로가 될 수 없지만, 그래도 죽고 싶지는 않다고 외치는 이사미는 마치 거기에 매달리기라도 하듯 콕핏 안으로 뛰어들었다. 그곳에서 이사미가 본 것은... '너라면, 그 너머로 갈 수 있다' '용기 폭발의 그 너머로' 전해 받은 용기를 가슴에 품고, 이사미는 다시 한번 일어섰는데.