Durante uma missão de bombardeamento sobre a Alemanha em dezembro de 1944, o capitão Russell Keys aparentemente sobreviveu e seu avião quebrou depois de ver luzes brilhantes no céu. Após a guerra, ele é atormentado por pesadelos, onde é maltratado por seres estranhos. Enquanto os pesadelos continuam, ele descobre que oito de seus nove membros da tripulação estão mortos. Em Roswell, Novo México, em 1947, o capitão do exército dos EUA, Owen Crawford, vai contra o coronel Thomas Campbell, que está escondendo o fato de que um disco voador caiu na área. Crawford está determinado a assumir o projeto e se prepara para minar o Coronel.

Jesse Keys procura seu pai Russell e juntos decidem relatar suas abduções para a Força Aérea. Os testes médicos revelam que cada um tem um implante cerebral idêntico. Eventualmente eles são direcionados para o coronel Crawford, mas a tentativa de remover o implante do cérebro de Russell não vai como planejada. Em casa, Crawford tem de lidar com o comportamento cada vez mais errático de sua esposa. Os homens de Crawford descobrem que Jacob Clarke ainda está vivo em Montana e tentam levá-lo, mas eles subestimam seus poderes.

Estamos nos anos 1970 e o Coronel Crawford é forçado a se aposentar depois de alegar ter encontrado uma pista de aterrissagem em potencial para naves alienígenas, que se tornam círculos de colheitas humanas, feitas por Tom Clarke especificamente para desacreditá-lo. Um dos filhos de Crawford, Sam, vê em um jornal uma notícia de um achado arqueológico no Alasca, que tem os mesmos hieróglifos que o objeto de metal que ele mantém guardado. Ele viaja para o Alasca para ver o que ele pode descobrir. Jesse Keys é agora um jovem adulto, mas muda de cidade em cidade devido aos seus comportamentos. Ele também é um viciado em drogas, mas enquanto se recupera em um hospital para viciados, ele se apaixona por uma enfermeira.

Estamos nos anos 1980 e Eric Crawford é agora o chefe do Programa OVNI. Logo após a morte de seu pai, ele chantageou funcionários do governo para dar-lhe o cargo. Jesse Keys é casado, mas está se tornando cada vez mais paranoico sobre suas abduções e concorda em procurar ajuda profissional. Ele logo se encontra sob o controle dos militares. Jacob é casado e ainda tem seus poderes especiais. Ele retorna ao Texas e se reúne com sua família no leito de morte de sua mãe. Ele conta a seu irmão Tom sobre suas origens e Tom muda de opinião sobre extraterrestres, que antes não acreditava neles. Isso chama a atenção de Eric, que não consegue deixar de pensar o que o fez mudar de idéia. Para obter essa informação, ele começa um caso com a irmã de Jacob, Becky.

Jacob Clarke morre relativamente novo. Sua esposa casa-se novamente, mas sua filha Lisa, cinco anos após sua morte, é abduzida. Eric Crawford está sem emprego e de volta à vida civil depois que os alienígenas recuperarem todos os artefatos do acidente de Roswell. À medida que os anos passam, os vários personagens seguem suas vidas, mas em 1991, Crawford é chamado de volta ao serviço quando a carga a bordo de uma espaçonave desaparece. O filho de Jesse Keys, Charlie, é um professor bem-sucedido, mas decidiu que resistirá a qualquer tentativa de raptá-lo. Lisa encontra Charlie quando ambos são abduzidos. Ela descobre logo depois que ela está grávida. Crawford conta a sua agora filha adulta Mary sobre o trabalho que ele tem feito e convidá-la para se juntar a ele.

Mary Crawford juntou-se ao projeto de seu pai, mas está provando ser como seu avô e não vai parar até que obtenha sucesso. Os cientistas acreditam ter encontrado uma maneira de bloquear os sinais do implante. Charlie e Lisa se encontram por acaso em uma sessão de terapia de grupo e depois de passar por hipnoterapia, percebem que Charlie é o pai de Lisa, filha de 9 anos, Allie. Quando um membro emocionalmente instável do grupo de terapia atira em Charlie e toma todos os outros reféns, Allie demonstra poderes notáveis. A fim de salvar todos no entanto, Allie concorda em ir com Mary Crawford.

Com Allie Keys sob custódia do governo, o plano é usá-la como isca para atrair uma das naves alienígenas. Mary Crawford encontra-se fora do projeto, no entanto, ele é assumido pelo general Beers. Charlie e Lisa estão desesperados para encontrar Allie e Lisa sofre hipnose para ver se ela pode fazer uma conexão psíquica. Ela determina que Allie está em Dakota do Norte e eles partem para encontrá-la. Mary Crawford, usando seus muitos contatos, obtém a mesma informação e todos eles convergem no prédio do Exército dos EUA. Quando a nave alienígena chega, Mary toma uma ação drástica.

Com Mary Crawford agora a bordo da nave alienígena, os militares começam a se mudar. Ela vê seu avô e conversa com ele enquanto um tenente do exército fala com sua falecida mãe. A fim de salvar a si mesma e aqueles que ela se preocupa, Allie usa seus poderes de uma forma muito especial. Na estrada novamente, Lisa, Charlie e Allie tem que se manter escondidos, pois suas fotos estão constantemente nos noticiários. Lisa conhece um parente que nunca conheceu antes e Allie tem que usar seus poderes para salvá-lo.

Ainda sendo perseguido pelas forças armadas e por Mary Crawford, Lisa faz o contato com seu tio Tom, que sugerem que vão à casa da sua mãe no Texas e eventualmente no México e na America do Sul. O fato de que Allie pode ser rastreado apresenta uma grande dificuldade. Mary Crawford e Dr. Chet Wakeman têm uma séria diferença de opinião sobre o que fazer com Allie, levando Mary a tomar algumas medidas drásticas. Com os militares perseguindo, Allie tem uma escolha fatídica para fazer.