Events in After Story take place immediately after the first season, following Tomoya's final semester of high school. After declaring his love to Nagisa, they begin to have a close relationship. Their life together will be faced with unexpected challenges, as the truth behind the illusionary world and the city's legend come to light.

Inicialmente a acontecimientos que ocurren inmediatamente después de los de la primera temporada, la línea de tiempo de ~ After Story ~ se extiende durante varios años en el futuro. La temporada comienza con la siguiente Tomoya Okazaki, mientras estudiaba en la escuela secundaria y comienza su vida con Nagisa , a quien le ha profesado su amor. Como su vida en pareja comienza, Tomoya y Nagisa se casan en la graduación , y poco después, ella se revela que está embarazada.

在某个小镇，主角冈崎朋也因为家庭的因素成为不良少年，一直与春原阳平为伍，在光坂高校过着潦倒的生活，但冀望终有一天能够离开所在的小镇。某一天，他在学校坡道前发现了一个止步不前的女孩，在朋也认识了这个名为“古河渚”的女孩后，他的生活开始有了重大的变化。

前半为主角和女主角们之间所发生的事件，后半After story为主角和古河渚，在冈崎中学毕业之后，共同生活的日子，其中还穿插了“幻想世界”，CLANNAD就是由这三个要素所组成的故事。

在某個小鎮，主角岡崎朋也因為家庭的因素成為不良少年，一直與春原陽平為伍，在光坂高校過著潦倒的生活，但冀望終有一天能夠離開所在的小鎮。某一天，他在學校坡道前發現了一個止步不前的女孩，在朋也認識了這個名為「古河渚」的女孩後，他的生活開始有了重大的變化。

前半為主角和女主角們之間所發生的事件，後半After story為主角和古河渚，在岡崎中學畢業之後，共同生活的日子，其中還穿插了「幻想世界」，CLANNAD就是由這三個要素所組成的故事。

때론 즐겁고 때론 힘겨웠던 고교 시절. 그 시간을 뒤로하고 새로운 세계와 마주하는 도모야와 나기사. 그리고 저마다 꿈을 찾아 떠나는 친구들. 평생의 동반자가 된 도모야와 나기사는 화목한 가정을 꾸려 행복하게 살아갈 수 있을까.