In de wereld van de 13-jarige Aoba Tsuzaki lijkt alles normaal. Ze is een over-the-top modellenfanaat en brengt haar dagen door opgesloten in haar kamer, waar ze met veel plezier plastic robots bouwt. Maar onder de oppervlakte dreigt een kwade vijand van de mensheid (de Ancient Jinki) de aarde te vernietigen.

Jinki ist die Geschichte um die Hauptperson Aoba. Sie ist ein einsames Mädchen, das hervorragend im Modellbau von Robotern ist. Eines Tages wird sie von ihrer Mutter in den Dschungel Südamerikas entführt, wo eine Organisation, genannt »Engel«, einen Roboter vorbereiten. Dieser Roboter wird Kampfroboter Moribito Nummer 2 (»Der Beschützer«) genannt und wird im Kampf gegen antike »jinki« (»menschliche Maschinen«) eingesetzt.

Любимым занятием тринадцатилетней девочки Аобы Цудзаки всегда было сборка моделей новейших боевых роботов. Но внезапно бабушка, воспитывавшая Аобу с самого рождения, умерла. Что делать маленькой, беззащитной девочке, оставшейся один на один с этим жестоким миром? Решение приняли за неё: неизвестные увозят Аобу на секретную военную базу в Венесуэле, где производят гигантских роботов-воинов. Пилотом одного из этих могучих человекообразных роботов – Морибито 2 - предстоит стать 13-летней девочке, чтобы вместе с остальными отражать нападения агрессоров – боевых машин Дзинко. Кому выгодна эта новая война?..

In 13-year-old Aoba Tsuzaki's world, everything seems normal. An over-the-top modeling fanatic, she spends her days locked in her room, happily building plastic robots. But rumbling beneath the surface, an evil enemy of mankind (the Ancient Jinki) threatens to destroy the Earth.

　　津崎青叶是个美丽开朗的女孩，在奶奶去世后的一天突然被神秘人士绑架，带到了南美洲委内瑞拉的一个叫做安贝尔的组织里，并成为了一种叫做“人机”的巨型作战兵器的驾驶员。与她成为好友的黄坂蕾也成为另一人机的驾驶员。此后所出现的一个被称为“虚无”的组织利用人机来攻击各个国家，造成整个城镇消失的 “lost life现象”。安贝尔则在世界各地寻找能够驾驶人机的驾驶员与之对抗。

　　在三年之后的日本，失去了三年前记忆的少女＝柊赤绪为了守护而搭乘人机，成为“虚无”的对抗者。她成为整个事件的关键，赤绪的记忆逐渐恢复，却因为熙芭（shiva）出现陷入了更大的危机……

　　而青叶，即将归来。

Jinki segue a história da personagem principal Aoba, uma solitária adolescente que se destaca na construção de robôs de plástico. Um dia, ela é sequestrada pela sua própria mãe e levada para as florestas da América do Sul, onde uma organização chamada "Angel" está preparando um robô nomeado de Robô de Combate Número 2 (O Guardião), para batalhar contra o antigo "Jin-ki" (Máquinas Humanas).

Aoba est une jeune fille qui vie avec sa grand-mère. Alors que cette dernière meurt, Aoba se fait kidnapper par un homme qui l'emmène en pleine jungle du Venezuela. Le commanditaire de son kidnapping est en réalité sa propre mère.

Là-bas une organisation du nom d'Angel construit des robots nommés Jinkis pour combattre une forme de vie mystérieuse ayant récemment fait son apparition. Aoba voulant échapper a ses ravisseurs se retrouve embarquée dans l'un des robots. Quand elle s'aperçois du danger elle décide de devenir pilote de Jinkis et de combattre cette forme de vie mystérieuse.