突如、女王の座を巡る争いに巻き込まれてしまったフィリエル・ディー。闘争に巻き込まれ、様々な危険からフィリエルを守るために行動する幼馴染のルーン。一方、フィリエルの父・ディー博士の研究成果である「エフェメリス」を得るためにルーンを狙う謎の組織「蛇の杖」。幼馴染のルーンを守るための力を得ようと、徐々に自ら女王争いに身を投じはじめるフィリエル。お互いを思うばかりに、すれ違う恋愛模様。二人を待つ未来とはいったい…？