Am 31.8. tauchte urplötzlich ein riesiges unidentifiziertes fliegendes Objekt im Meer vor Japan auf, das sich sodann in Richtung Tokyo in Bewegung setzte. Ein Ereignis, das alles verändert. Doch Kadodes Alltag besteht auch drei Jahre später immer noch aus derselben Monotonie.

Eine kleinere Scheibe stürzt in einem Wohngebiet in Suginami ab. Schnellstmöglich wird ein neues Waffensystem einer privaten Firma einsatzbereit gemacht, um die drohende Gefahr durch Abstürze abzuwenden. Derweil nimmt Kadode allen Mut zusammen und lädt sich zu ihrem Lehrer nach Hause ein.

Nachdem dem Fujin-6 der erste Abschuss einer Scheibe gelang, beschleunigt die Regierung die Stationierung weiterer mit allen Mitteln. Doch es regen sich stimmen, die diese für bedenklich halten. Derweil beginnen Meinungsverschiedenheiten bezüglich der Invasoren selbst Liebende zu entzweien.

Ein Rückblick in die Grundschulzeit von Oran und Kadode. Oran freundet sich im Sommerkurs mit der vom Rest der Klasse gemobbten Kadode an, doch es fällt ihr schwer, auch in der Schule für Kadode einzustehen. Außerdem finden die beiden zusammen ein rätselhaftes Wesen …

Kadode und Oran suchen weiter Leute in Not, um ihnen zu helfen. Als sie vom Invasor ein mächtiges Utensil bekommen, begreift Kadode, dass sie damit viel mehr tun könnte, um die Welt zu einem besseren Ort zu machen. In ihr reift der Entschluss, radikaler in den Lauf der Welt einzugreifen …

Ai macht mit einem Verehrer eine Bustour durch Tokyo. Derweil arbeitet die Firma SES weiter an neuartigen Waffensystemen, die dafür sorgen sollen, dass Japan nicht länger von anderen Staaten abhängig sein wird.

Kadode und Oran schließen die Oberschule ab und stehen vor einem neuen Kapitel in ihrem Leben. Japan arbeitet derweil mit Hochdruck an der Konstruktion der Chokujin, während die Existenz der Invasoren weiter offiziell Geheimsache bleibt. Doch es regt sich Widerstand.

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