没有梦想的青年·乾巧在旅行的途中，遇到了拥有特殊的变身工具“Faiz设备”的少女·园田真理。以被异形怪人“俄尔以诺”袭击为契机，作为假面骑士Faiz开始战斗……。围绕着腰带的争斗。与一边作为俄尔以诺复活，一边又打算作为人活着的青年·木场勇治的相遇。虽然卷入了恶意所产生的陷阱与对立之中，巧作为人类，作为Faiz，为了守护某人的梦想而投身于的战斗中。

질주하는 본능

西暦2003年。九州で一人旅をしていた青年乾巧は、そこに居合わせた少女園田真理とともに、謎の怪人オルフェノクに襲われる。真理は持っていたベルトを装着して超戦士ファイズに変身しようとするが失敗し、無理やり巧にベルトを着け、彼をファイズに変身させることで窮地を脱した。どうやらオルフェノクたちは、そのベルトを狙って真理を襲ったらしい。その後二人はクリーニング屋の菊池啓太郎と出逢い、事情を知った彼の勧めで東京にある彼の家で3人の共同生活を始めることになる。

一方、東京で暮らしていた青年木場勇治は、2年前の居眠り運転トラックによる交通事故によって両親を失い、自らも2年間の昏睡状態を経て死亡したかに見えた。しかし、勇治は病院で謎の蘇生を遂げ、周囲を混乱させる。自らも混乱したまま帰宅する勇治だったが、自宅は既に他人のものとなっていた。叔父一家が自分が眠っている間に財産を根こそぎ利用していた事実を知り、恋人が自分を裏切り従兄弟と交際していることを知った勇治は、異形の怪物に変身し、従兄弟と恋人を手にかけてしまう。

醜悪な肉体変貌と犯した罪に絶望する彼の前にスマートレディという女性が現れ、事の真相を告げる。勇治は一度の死亡により、オルフェノクとして覚醒したのだった。スマートレディが属するオルフェノクの組織スマートブレイン社に囲い込まれた勇治は、同じようにオルフェノクとして覚醒した長田結花と海堂直也の二人と行動を共にするうちに、人類を敵視するスマートブレインの姿勢に反発し、人類とオルフェノクの融和を考えるようになる。

巧と勇治。2人の男の物語を中心に、ベルトを、ひいては人類の未来を巡って、オルフェノクと人類の戦いが幕を開けた。

While travelling, Inui Takumi is involved in an incident revolving around what is known as Faiz Gear. Before long, he awakens into a rider that fights the Orphnoch. However, he himself was also an Orphnoch.

La corporación Smart Brain, la corporación más poderosa del mundo, está tratando de apoderarse del mundo utilizando Orphnochs, el siguiente paso en la evolución de la humanidad, para matar a escondidas de la población humana. En pos de este, se desarrollan tres trajes de armadura de poder, llamados Rider Gears (Delta, Faiz, y Kaixa) para encontrar y proteger al Rey Orphnoch. que puede reparar un defecto dentro del ADN de los Orphnoch que hace que su estructura genética se descomponga, llevándolos a la muerte

Los Rider Gears son robados por Hanagata, el Orphnoch Cabra y ex jefe de Smart Brain. Los envía a sus hijos adoptivos (apodados los Ryuseiji, debido a la escuela a la que asistieron) para que puedan evitar que los Orphnoch logre su objetivo. Sin embargo, los Rider Gears fueron diseñados para ser usados ​​por Orphnoch, y los humanos no pueden activar los sistemas sin someterse a modificaciones genéticas. Un solitario joven, Takumi Inui, es involuntariamente involucrado en el conflicto entre los Orphnoch y los seres humanos y se convierte en Kamen Rider Faiz para salvar la vida de Mari Sonoda, una de los Ryuseiji. Smart Brain lo hace un objetivo en un intento de recuperar el Faiz Gear. Sin embargo, hay división entre los Orphnoch, ya que aquellos que desean coexistir con los humanos en lugar de matarlos, comienzan a oponer resistencia a Smart Brain, que a su vez también los ataca. La mayoría de estos Orphnochs "renegados" son asesinados, permanecen neutrales o comienzan a alinearse con los Ryuseiji contra Smart Brain.

Cuando la policía de Tokio descubre que los Orphnoch están detrás de una serie de asesinatos extraños, comienzan operaciones para vencer a las criaturas, en gran parte desconociendo las diversas facciones involucradas. Incluso comienzan a realizar experimentos en Orphnochs capturados en un intento de encontrar formas de destruirlos, aunque esto no va bien.