ファンガイアが、オルフェノクが、魔化魍が…。これまでの全ての怪物が突如現れ、人間を襲い始める。襲われた光夏海を救ったのは、ディケイドに変身した門矢士だった。そして、そこに紅渡が現れ、今回の事件の鍵を告げる。

クウガの世界。ここではクウガ＝小野寺ユウスケが、八代藍刑事のサポートを受けながら、グロンギと戦っていた。門矢士は巡査として協力活動することが、この世界での役割だと判断を下し、グロンギとの戦いを挑むが…。

クウガの世界。グロンギによるゲゲルを阻止したはずのディケイドであったが、目覚めるはずのない「究極の闇」―ン･ガミオ･ゼダが復活してしまう。どうやら、このクウガの世界も滅びの現象が起き始めているらしいことを知る…。

キバの世界。ここではファンガイアと人間が仲良く暮らしていた。門矢士はバイオリンを弾く一人の少年、ワタルに出会う。ワタルは、門矢士がディケイドだと知るとキバに変身し、ディケイドに襲い掛かる。互いに激しく戦いを繰り広げると…。

キバの世界。ビートルファンガイアは、ワタルからキバの鎧を奪い取り、新たな王となった。ビートルは、ファンガイアの掟を捨て、人間をむさぼり尽くすと宣言する。ユウスケは、ワタルに王になるよう説得するが、ワタルは…。

龍騎の世界。この世界のライダーを調べるために、「Atashiジャーナル」を訪ねる光夏海であったが、皮肉なことにも編集長･玲子を殺害した容疑で逮捕されてしまう。そして、夏海は何故か仮面ライダー裁判制度で裁かれることになってしまう…。

龍騎の世界。編集長の玲子を殺害した真犯人は、レンではないかと疑うシンジ。だが、ユウスケはレンを信じたいという。同じ頃、レンはミラーワールドに、オーディンの姿を見つけ、単身でライダーバトルを挑んでいくのだが…。

剣の世界。突然現れた伝説の仮面ライダー･カリスに、カズマはブレイバックルを奪われてしまう。カズマの上司になった門矢士は、社員食堂の改革に乗り出し、夏海とユウスケの協力もあって黒字化に成功する。一方、カズマも仲間の大切さに気付く…。

ファイズの世界。この世界の門矢士は、スマートブレイン高校の生徒となっていた。同じ写真部の由里をオルフェノクから守るため、ファイズに変身するタクミであったが、オルフェノクの攻撃を受け、変身を解かれてしまう…。

ファイズの世界。百瀬らラッキークローバーが、オルフェノクの本性を現し、由里や学校の生徒たちを襲い始める。ファイズギアを失ったタクミは、彼女たちを守るため、生徒たちに恐怖の目で見られながらもウルフオルフェノクの姿となり…。

アギトの世界。この世界でも、未確認生命体と警察との戦いが続いていた。クウガの世界で亡くなったはずの八代刑事と同じ姿と名前の女性を見つけたユウスケは、彼女を助けるためG3-Xの装着員に立候補するのであったが…。

アギトの世界。ショウイチは、エクシードギルスに覚醒したことで、アンノウンから狙われていた。自分には近付かないように警告するショウイチに対し、門矢士はかたくなにショウイチをアンノウンから守ろうと画策するのだが…。

電王の世界。数日前からイマジンたちは、実体を保てない状況に陥っていた。その理由が、ディケイドにあると考えたウラタロスたちは、夏海の体に憑依して電王に変身し、フォームチェンジを繰り返しながらディケイドに襲い掛かる…。

電王の世界。コハナによると強力なイマジンが過去で暴れているために、時間に歪みが生じ、現在にも影響が出ているのだと教えられる。門矢士たちは、モモタロスと協力してそのイマジンを見つけ出し、辛うじて勝利を収めるが…。

カブトの世界。ワームに襲われるマユをカブトが助け出す。だが、クロックアップして超光速で移動するカブトに対し、人々は不安を感じ、またゼクトは、カブト捕獲作戦を開始する。一方、門矢士はマユとおばあちゃんのおでん屋を手伝うが…。

カブトの世界。ザビーの変身を解除したソウの姿は、マユの兄だった。しかしマユが危険な状況に陥っても、なんら気にも留めなかったソウが、マユの本当の兄だとは思えない門矢士。そんな中、ソウはクロックダウンシステムを開発し、カブト捕獲計画を実行に移す…。

響鬼の世界。ついに9つ目の世界にやってきた門矢士たち。この世界では、ヒビキ、ザンキ、そしてイブキが3つの流派に分かれ、争いを繰り広げていた。そんな中、ヒビキはその争いに関心を見せず、魔化魍とすら戦おうとしない…。

響鬼の世界。牛鬼の正体とは、鬼の力を制御できなくなったヒビキの姿だった。ショックを受けるアスムであったが、大樹からは、正しい心で鬼の力を制御できるなら、鬼となって俺を倒せ! というヒビキの言葉と変身音叉を託される…。

夏海の世界。元にいた世界に帰ってきたことを喜ぶ夏海とユウスケ。だが、門矢士の表情は硬い。そこに紅音也が現れ、士に対し、自分の生きるべき世界を手に入れたのだと告げる。士も少しずつここが自分の世界だと思い始めるが…。

この世界は、ダークライダーが支配する影＝ネガの世界であった。そして、紅音也は門矢士がこの影の世界の住人であり、ここで生きるのだ! と宣告する。だが、士はそれを拒否し、旅を続けることを決意する。そして、士は…。

ディエンドの世界。この世界では、大樹が指名手配されていた。大樹の兄･純一は、大樹がこの社会を破壊しようとした反逆者だと言う。そんな中、かつて純一と共にライダーとして戦った慎と春香は、ディエンドに襲いかかる…。

ディエンドの世界。大樹は、かつてフォーティーンに騙され、兄の純一を捕え、思考を改造させてしまっていた。その事実を知った大樹は、自らを信じられなくなり、犯罪者へと身を落としていたのだった。兄を救うことで自分を取り戻そうとする大樹は…。

シンケンジャーの世界。門矢士たちの前に突如ナナシが現れる。これに対し、士はディケイドになって戦いを挑もうとするが、それに先んじて丈瑠、流ノ介、茉子、千明、ことはが参上し、侍戦隊シンケンジャーに変身すると、ナナシを一掃する…。

シンケンジャーの世界。大樹からディエンドライバーを奪ったチノマナコが、ディエンドに変身し、この世界の最初のライダーとなってしまう…。一方、夏海は士を否定するこの世界に対して、怒りを爆発させるのだが、とある決意をする。

RXの世界。この世界では、南光太郎が仮面ライダーBLACK RXに変身し、クライシス帝国と戦っていた。そこに本来は、この世界にいるはずのないアポロガイストが現れる。夏海は士を守ろうとしてその攻撃を受けてしまう…。

BLACKの世界。アポロガイストを追ってBLACKの世界にやって来たディケイドは、もう一人の南光太郎と出会う。そして、南光太郎の話によれば、アポロガイストの取り持ちでゴルゴムと大ショッカーが手を組んだということであった…。

アマゾンの世界。十面鬼率いるゲドンは、大ショッカーと手を組み、ライダー＝悪、大ショッカー＝善という思想を人々に刷り込ませようとしていた。大ショッカースクール4年のマサヒコは、子供に甘いアマゾンの隙を突き、ギギの腕輪を奪うように命令されるが…。

アマゾンの世界。自分を守って大ダメージを負ったアマゾンから、ギギの腕輪を奪い取るマサヒコ。だが、大ショッカーに騙されていることを知ったマサヒコは、アマゾンの信頼を取り戻そうと十面鬼から腕輪を取り返そうとするが…。

ライダー大戦の世界。全ての世界の支配を企む大ショッカーによって世界の融合が加速していた。ワタルはキバの世界を守るために、ファンガイアの女王ユウキと共に剣の世界を滅ぼそうとする。さらに響鬼の世界も融合し、ライダー同士の戦いはさらに激しさを増す…。

ライダー大戦の世界。剣崎一真は、世界が融合を始めたのはディケイドが誕生したからだと宣告し、この融合を止めるには、ディケイドを排除するしかないと喝破する。全ての世界に拒否された士だったが、世界を敵に回しても、たった一人を守るために戦う事を決意する…。