Sono passati cinquant'anni e Jack è ancora intrappolato nel futuro, condotto all'orlo della pazzia a causa del suo compito di tornare a casa e sconfiggere Aku oramai da lui ritenuto senza fine e senza speranza. Jack si ritrova però alle prese con Scaramouche, un sicario robot di Aku. Altrove, sette gemelle nate in un culto di Aku, vengono cresciute e addestrate per diventare le assassine perfette per fare fuori Jack: le Figlie di Aku sono nate.

Aku ha perso la sua voglia di uccidere Jack poiché si aspettava che sarebbe morto di vecchiaia quando invece non è invecchiato di un giorno. Jack cade nell'agguato delle Figlie di Aku e da loro privato di ogni arma, venendo costretto ad uno scontro intenso ed una rocambolesca fuga per la vita. Intanto un lupo bianco è alle prese con dei mortali nemici in una situazione simile a quella del samurai.

Aku ha perso la sua voglia di uccidere Jack poiché si aspettava che sarebbe morto di vecchiaia quando invece non è invecchiato di un giorno. Jack cade nell'agguato delle Figlie di Aku e da loro privato di ogni arma, venendo costretto ad uno scontro intenso ed una rocambolesca fuga per la vita. Intanto un lupo bianco è alle prese con dei mortali nemici in una situazione simile a quella del samurai.

Jack, sconfitta l'unica superstite delle Figlie di Aku, viene inghiottito con lei da un mostro gigantesco ed ora, volenti o nolenti, i due devono trovare assieme una via d'uscita.

Un ben più vecchio Scozzese, alla testa di un numeroso esercito, guida un attacco alla roccaforte di Aku. Intanto Jack porta Ashi con sé per mostrarle il mondo distopico e crudele di Aku e la sua malvagità. Nel loro cammino si ritrovano a dover salvare un gruppo di bimbi alieni dalle grinfie di un uomo in una tuta meccanica.

Jack è scomparso ed Ashi si mette a cercarlo ai quattro angoli del mondo incontrando lungo il tragitto alcune delle numerose persone aiutate da Jack, riempendola della speranza che Jack possa realmente cambiare il mondo in meglio.

Jack ed Ashi devono affrontare una serie di prove spirituali e fisiche per poter recuperare la spada di Jack.

L'incoraggiante relazione che si sta formando tra Jack ed Ashi prende una piega inaspettata quando i due si ritrovano ad essere braccati da una delle più letali creature della galassia.

La paura più grande di Jack diventa realtà quando si scontra con Aku; e il demone realizza una scioccante verità che mette in pericolo la vita di Ashi.

Il destino stesso dell'universo rimane in bilico mentre Samurai Jack affronta Aku.