Прошло 50 лет. Но Джек не постарел. Как оказалось, он получил дар бессмертия от первого перемещения в мир будущего. У Джека больше нет меча, он его потерял. И об этом знает только он один. Джек сильно изменился внутри: он устал, он больше не рвётся в бой, и его разум граничит с безумием. Джек проходит мимо деревни, на которую напали, хотя раньше он непременно бы поспешил на помощь. Вскоре Джека начинают мучать видения его умерших родителей и людей, погибших под гнётом Аку. Все они призывают его на помощь и упрекают в том, что он не вернулся. Не в силах вынести это, Джек возвращается в разорённую деревню, чтобы помочь тем, кто выжил. Но выживших уже не осталось. Зато есть их убийца. Параллельно рассказывается история дочерей Аку. В храме секты поклонников Аку рождаются семь девочек-близняшек. Их нарекают дочерьми Аку и с малолетства тренируют для выполнения единственной миссии: уничтожить самурая Джека.

Дочери Аку застигли самурая врасплох и уничтожают все его оружие и доспехи. Самурай едва избегает смерти и убивает одну из дочерей Аку. Самурай в шоке от вида крови - он был уверен, что дочери Аку очередные киборги. Это первый человек, которого он убил.

Самурай Джек серьезно ранен. Болеет не только его тело, но и разум. Он переживает из-за убийства дочери Аку. Теперь он знает, что остальные женщины тоже люди, а значит ему придётся снова проливать настоящую кровь. Самурай находит в себе силы, физические и душевные, чтобы принять бой с оставшимися дочерьми Аку.

Самурай Джек и яростно ненавидящая его Аши ищут выход из гигантского существа, которое их проглотило. Сможет ли Самурай показать Аши свет "истинного врага мира"?

Собранная Шотландцем мятежная армия, состоящая из легионеров-танкистов, воинов на боевых носорогах и дочерей самого Шотландца, нападают на Башню Аку, но терпят поражение от контратаки демона. Тем временем, Самурай Джек с Аши покидают остров, где на другом материке самурай показывает и рассказывает Аши правду об Аку. Побывав на месте битвы в разрушенной деревне, Джек и Аши спасают от завала единственного инопланетного жителя, просящего о том, чтобы они спасли их порабощенных детей от чудовищного надзирателя - Доминатора, который держит их на своём заводе. Но после победы Аши над Доминатором, Джек, ошибочно подумав о массовом убийстве и гибели детей, уходит куда-то с таинственной фигурой в самурайском облачении на коне.

Поиски пропавшего без вести Самурая Джека помогает Аши увидеть его положительный сдвиги и влияния на мир, после его встречи с многочисленными людьми и местами, где он изменил ситуацию в лучшую сторону. Сможет ли она спасти и переубедить от самоубийства Джека? Тем временем Скарамуш включается после последнего боя с Джеком в первой серии и спешит добраться до Аку, чтобы сообщить ему об утрате Джека волшебной катаны.

Джеку предстоит преодолеть серию опасных физических и духовных испытаний, чтобы вернуть свою катану, которая пропала в бездонной пропасти. Тем временем Аши ждёт возвращения из духовного мира Джека, при этом защищая его от армии орков и от своей матери, Верховной жрицы. Тем временем Джек борется со своей яростью - Безумным Джеком и побеждает его, при этом его баланс восстановился и он был вознаграждён божествами возвращением его катаны и они возвратили его к прежнему, молодому облику.

Растущие отношения между Джеком и Аши набирают оборот после того, как на них нападают гуманоидные тигры и когда за ними начало охотиться одно из самых смертоносных существ галактики — Лазарус 92, которые в конце концов привели к любви у главных героев.

Наихудшие опасения Самурая Джека реализуется, когда он сталкивается лично с Аку. Демон делает шокирующее открытие об Аши - она является его дочерью. Аку контролирует и завладевает её телом, что ставит ее в серьезную опасность от катаны Джека. Аши просит Джека убить ее и остановить Аку, но он не может заставить себя сделать это и сдаётся. Прежде чем Аши смогла нанести последний удар, Аку приказывает дочери остановиться. Он радостно завладевает самурайской катаной и заявляет, что Джек проиграл.

Самурай Джек побеждает Аку и вместе с Аши прыгает в портал времени. Они играют свадьбу, но на алтаре Аши исчезает, потому что не может существовать без Аку. Джек полный горя скачет к розовым деревьям, и сериал заканчивается.