这是于前作结束100年后的故事。主角原本是现代一个普通的高中生，有一天却突然在夏日看到了红叶，继而被时空夹缝中的阿库拉姆召唤至异世界「京」，卷入酷似平安朝末期的时代斗争中。

那时候的京，正分为帝和院（前任的帝）两股势力，就连贵族甚至平民都分成帝派和院派。另一方面，花梨虽是被龙神挑选出来的龙神之神子，负上拯救京的责任，但为了守护神子而被选出来的八叶，却并不认同花梨是神子，而且八人之间亦因为分裂成两个政治党派而彼此不和。

花梨一边要令八叶成为自己的伙伴，一边则为拯救京而努力。

游戏重现遥远时空的罗曼史……在院与帝互相争斗，动荡不已的京都，与八叶们的恋情，与怨魂的战斗，百年以后的世界，新的冒险故事，即将从这里开始……