겨우 탈장이 회복되어 1군 복귀를 노리던 혼다는 이번에는 팔 인대를 다친다. 아빠가 더 이상 야구를 할 수 없다는 이야기에 충격을 받은 고로. 하지만 아빠는 그런 고로의 모습에서 다시 한 번 재기의 불꽃을 불태우기로 결심하고...

혼다는 고로에게는 비밀로 타자 전향 테스트를 받게 된다. 상대 투수는 팀 에이스이자 오랜 친구, 그리고 타자 전향을 권한 시게노. 한편 고로는 지금까지 혼자만 야구를 하다가 드디어 야구를 함께 할 친구를 사귀는데…

더 많은 친구들과 함께 제대로 야구를 하고 싶었던 고로는 집 근처 리틀리그 팀을 기웃거린다. 미후네 리틀의 안도 감독은 고로의 재능에 반해서 덜컥 팀에 받아주겠다고 하는데… 그 이야기를 들은 아빠는 아연실색하여 감독 집으로 쫓아간다.

타자로 부활한 아빠와 고로를 곧잘 돌봐주던 모모코 선생님은 어느 새 점점 가까워진다. 그리고 세 사람은 동물원에서 즐거운 한때까지 보내기에 이르는데… 한편 고로는 자기 생일을 아빠가 잊어버린 것 같아서 시무룩해한다.

메이저리그에서 한창 전성기를 구가하는 괴물 투수, 조 깁슨이 일본 프로야구에 데뷔한다. 그리고 오션즈와의 시즌 첫 경기, 깁슨은 160짜리 강속구를 뿌리며 오션즈 타선을 농락한다. 혼다는 자만에 빠진 깁슨의 투구를 분석하여 공략법을 찾으려 하는데…

깁슨의 160짜리 강속구를 머리에 맞았지만, 다행히 일어난 혼다. 아무렇지도 않다고는 하지만 시게노와 팀닥터의 강권 때문에 다음날 병원에 가기로 된다. 그리고 다음날 새벽, 잠시 일어났던 혼다는…

아빠를 떠나보낸지 3년. 새엄마가 된 모모코 선생님과 함께 사는 고로는 4학년이 된다. 하지만 4학년 첫날은 옆자리 여자애와 다투고 괴롭힘 문제 때문에 불편했는데... 그리고 고로는 고대하던 리틀리그에 들어가기 위해 미후네 리틀을 찾아간다.

새로운 팀 동료는 옆자리 짝궁이자 앙숙 여자애 시미즈, 그리고 사와무라로부터 고로가 구해준 착한 친구 코모리였다. 그런데 마지막 아홉 번째 멤버는 쉽게 나타나지 않았는데… 한편 고로에게 앙심을 품은 사와무라는 치사하고 야비한 복수를 준비한다.

미후네 리틀의 존망을 건 상점가 어른 사회인팀과의 경기. 하지만 급조된 팀 멤버들은 실력이나 의욕 어느 한쪽이 빠져 있는 상태였는데… 혼자 마운드를 지키는 고로도 초등학생 치고는 빠른 공을 뿌렸지만 어른들에게는 치기 딱 좋은 배팅구일 뿐이었다.

고로는 다함께 야구를 한다는 게 무엇인지, 팀원이 무엇인지를 겨우 깨닫는다. 그리고 미후네 리틀 팀원들 모두가 이대로 끝날 수 없다는 생각에 투지를 불태우게 된다. 하지만 겨우 추격의 불씨를 살렸다 싶었던 그때, 먹구름이 몰려오고 비가 쏟아지기 시작한다.

안도 감독의 권유로 작년 리틀리그 전국 1위팀, 요코하마 리틀을 견학하러 간 고로. 거기에는 옛날에 함께 캐치볼을 했던 소꿉친구 사토 토시야가 있었다. 거기에 아빠가 이 팀에서 뛰었다는 이야기를 듣자 고로의 마음은 흔들리기 시작한다.

고로는 깁슨의 초대를 받아들여 메이저리그 올스타전을 관전하기로 한다. 하지만 엄마는 갓 퇴원하여 여행을 버틸 수가 없었다. 결국 고로와 함께 미국에 가는 행운은 가위바위보 끝에 시미즈가 차지하게 되는데…

미국에서 돌아온 고로는 감독과 팀원들에게 여름 합숙을 제안한다. 그리하여 확정된 여름 합숙은 숱한 강호들이 모이는 단체 합숙소에서 진행된다. 그리고 고로는 같은 리틀리거 상대로 첫 연습경기 등판을 하는데…

아빠의 죽음, 그 기억 때문에 되살아난 데드볼 공포증. 타자의 한가운데, 그리고 몸쪽 공을 던질 수 없게 된 고로는 야구생명조차도 위태로운 상황이었다. 그 위기에서 고로가 선택한 것은 요코하마 리틀과의 연습경기라는 극약처방이었는데…

이대로 즐겁게 야구를 할 것인가, 전국 제일을 노리고 땀을 흘릴 것인가. 안도 감독은 팀원들에게 이를 묻기 위해서 마라톤 테스트를 진행한다. 한참 앞서가는 고로와 사와무라, 뒤처져서 투덜대는 다른 멤버들… 과연 미후네 리틀은 새로 태어날 것인가?

처음 만났을 때부터 고로가 한눈에 반해버린 요코하마 리틀의 여자 투수 카와세 료코. 시미즈는 정신을 못차리는 고로를 볼 때마다 이유도 모른 채 화가 났다. 그리고 합숙에서 돌아와 진행된 첫 연습날, 시미즈는 그라운드에 나오지 않았는데...

드디어 시작된 리틀리그 가을 대회. 미후네 리틀은 대회를 대비하여 배팅센터에서 실전 배팅 연습을 진행한다. 그리고 고로는 거기에서 이상한 세쌍둥이 야구소년들을 만나는데, 그들이 바로 1차전 상대팀의 핵심 멤버들이었다.

끈질긴 파울 승부와 보내기 번트, 그리고 적절한 희생 플라이로 선취점을 빼앗긴 고로. 그리고 오카무라 삼형제의 블랙 트라이앵글 철벽수비에 속수무책인 미후네 타선. 다들 경기를 체념한 상황, 외야로 날아가는 안타성 타구를 몸을 던져 잡아낸 것은…

1차전에서 신승을 거두고 2차전에 진출한 미후네 리틀은 한껏 분위기가 들떠 있었다. 하지만 그러던 어느 날, 고로는 엄마가 시게노 아저씨와 만나는 장면을 목격하고 걱정에 빠진다. 아빠에 대한 마음 때문에 자기를 거두어 준 엄마, 하지만 엄마도 외로울 때가 있었다.

1번 타자로 나선 우사미는 완벽한 사전 분석을 통해서 고로의 강속구를 가볍게 홈런으로 만들어 버린다. 그리고 우사미의 포크에 미후네 타선이 속수무책인 가운데, 설상가상으로 포수 코모리가 손목을 다치고 만다! 결국 미후네는 어쩔 수 없이 사와무라가 투수로, 고로가 포수로 포지션을 이동하는데...

퍼펙트 게임의 위기에서 미후네를 구한 것은 사와무라의 필살 세로 번트였다. 세로로 떨어지는 포크에 맞춘 세로 번트, 예상치 못했던 이 변칙 플레이는 우사미의 멘탈을 흔들어놓는다. 급기야는 역전 위기에 처하자 우사미의 아버지, 토츠카 니시 감독은…

8강전 대전상대가 요코하마 리틀로 결정되면서 멤버들은 모두 체념한다. 거기에서 모두의 투지에 불을 지른 것은 코모리 대신 포수로 지원한 시미즈였다. 다들 최선을 다해 고된 연습을 거듭하는 가운데, 경기를 며칠 앞두고 료코가 고로에게 전화를 한다.

토시야가 포수로 투입되어 미후네의 공격 흐름이 끊기고 만다. 그리고 다시 요코하마 상위타선을 맞이한 고로는 숨겨든 비밀병기를 꺼내드는데… 그렇게 두 팀은 0점행진을 이어나가 9대 7 2점차이에서 최종회에 돌입하게 된다.

1회부터 연장전까지 마운드를 홀로 책임져온 고로는 완전히 체력이 바닥나고 만다. 시게노는 고로를 걱정하여 교체를 요구하지만, 고로는 한사코 마운드를 지키는데… 한편 요코하마 리틀은 번트공격으로 고로를 흔드는 한편, 세 번째 투수로 료코를 내보낸다.

기적적인 역전승을 거두었지만 고로는 다음 경기에서 절대 공을 던질 수 없는 상태였다. 요코하마 리틀을 이긴 것으로 만족해야 한다는 현실에 눈물 흘리면서도 수긍하는 고로. 그리고 이듬해 봄, 드디어 어깨가 완치된 고로가 오랜만에 미후네 연습장에 모습을 드러낸다.