Maru wraca na pokład Andromedy bez Beki i Tyra na pokładzie. Pozostali w tunelu międzywymiarowym. Załoga Andromedy w końcu ich wydostaje, jednak Beka i Tyr nie są już tymi samymi osobami.

Dylan otrzymuje list od Konstantinia. Po przybyciu na stacje Serenchof, odkrywa że Konstantinie nie żyje. Dylan i Harper zostaje aresztowany i oskarżony o morderstwo, następnie uwolniony przez nieznaną osobę, by mógł oczyścić się z zarzutów. A wszystko z powodu mitycznego czerepu.

Andromeda ratuje frachtowiec z Galatronu. Ocaleni ludzie zachowują się bardzo dziwnie. Z początku załoga Andromedy sądziła, że to efekt niedotlenienia, jednak wszyscy ocaleni zachowują się jak pacjenci wariatkowa.

Załoga Andromedy ratuje okręt kuriera i dowiaduje się, że kurier przewozi kandydata na Trium Vira. Kandydatem okazuje się wujek Beki - Sid.

Maru został zaatakowany przez myśliwce Ogami. Niespodziewanie z pomocą przychodzi ziemski okręt Belerofon, który zaginął około 3000 lat temu.

Andromeda zostaje uderzona falą uderzeniową powstałą po wybuchu Bomby Nova. Beka Tyr i Dylan szkolą się na myśliwcach, by zwiększyć szansę w ataku na orbitalny system obronny planety Mardok.

Dylan dostaje wiadomość od przyjaciela Marshalla Mal Kalupe, w której powiadamia że planowany jest zamach na jego życie. Dylan musi znaleźć Trędowatego i aby to zrobić musi najpierw spotkać się z siostrą Trendowatego.

Beka i Harper ewakuują mieszkańców Virgin 9. W czasie powrotu na Andromedę, Na maru dochodzi do serii awarii. Beka odkrywa, że powodem awarii jest robak metaliczny. Wkrótce awarie pojawiają się również na Andromedzie. Jednak nie z powodu robaków.

Tyr kradnie Maru i opuszcza Andromedę w czasie, kiedy to Dylan zostaje zaatakowany przez żołnierza wykonanego z ciemnej materii. Chwile później przed Andromedą pojawia się olbrzymi obiekt o wyglądzie Dylana, a na pokład Andromedy cichcem wdziera się Bartolome Naz, projektant broni.

A co by było gdyby 300 lat wcześniej porucznik Rade, zabił kapitana Dylana i trafił do czarnej dziury na 300lat? Ten odcinek opowiada o tym, jak Rade dowodzi Andromedą wraz z załogą Maru. Kiedy Trance pilotuje Andromede, niespodziewanie cofają się w czasie na dwa dni przed bitwą Straży z sojuszem Nietzschean.

Na pokładzie Andromedy dzieją się dziwne rzeczy, takie jak awarie czujników, czy pojawiające się studnie próżni. Wkrótce Romi zostaje porwana przez istoty, które kiedyś torturowały Beke i Tyra.

Trance potrafi przewidzieć przyszłość, lecz wszystkie możliwe drogi prowadzą do śmierci całej załogi i zniszczeniu Andromedy. Niszczycielem okazuje się intruz ze zbroją odporną na strzały z pistoletu i lancy oraz potrafiący się teleportować.

Nowiutki bliźniaczy okręt Andromedy, Crimson Sunrise zostaje sabotowany i wybucha. Na jego pokładzie miała odbyć się ceremonia z okazji ukończenia jego budowy. Maru zabiera na swój pokład wielu rozbitków. Z powodu iż nieznany jest sabotażysta, rozbitkowie zaczynają się rzucać do gardeł.

Beka ma złożyć zeznania chroniące Abla Ladrona przed skazaniem. Jednak uwalnia go z aresztu z pomocą Tyra i ucieka na Andromedę. Ladron wykradł tajną technologię Techno-Coru.

Andromeda uczestniczy w ewakuacji planety, która kończy swoje życie. Niespodziewanie załoga odkrywa przekaz od Rev Bema, który oznajmia, że znalazł odpowiedzi na swoje pytania i jego podróż dobiega końca. Bem zmierza na planetę która ma zostać zniszczona przez nową nieznaną gwiazdę.

Andromeda pomaga kolonistom, którym Pyriańskie generatory zatruwają powietrze. Dylan niszczy generatory, ale wkrótce pojawia się flota Pyrian. Andromeda musi walczyć sama do czasu przybycia okrętów światów członkowskich Federacji.

Andromeda odbiera sygnał SOS z planety Imri ognistej planety z lodowym księżycem, w kierunku którego zbliża się chmura naładowanych cząsteczek. Tyr zostaje na Andromedzie, by zmienić kierunek chmury, a reszta załogi udaje się na księżyc. Zostają tam obezwładnieni przez nieznane istoty. Istoty potrzebują Dylana, aby ich gatunek mógł przetrwać.

Andromeda przygląda się walce między armadą okrętów Nietzschean Drago Kazow, a nieznanym klanem. Dylan wciąga na pokład okręt z jednym Nietzscheanem, który opowiada, że zostali zaatakowani, gdyż Drago Kazow posądza ich o posiadanie strumieniowego statku zwiadowczego Głosu Północy.

Andromeda utknęła w systemie Prolon w środek mgławic solarnych i pływów grawitacyjnych. Wciąga na pokład kapsułę z kobietą. Wkrótce pojawia się Konsul Krila Prolongu utrzymując, że w kapsule jest Księżniczka Tura. Jednak zaraz później pojawia się członkowie Zakonu twierdząc, że na pokładzie Andromedy jest w bogini Hagim'Na. Aby tego było mało pojawia się Ministerstwo Sprawiedliwości twierdząc, że kobieta jest zbiegłą oszustką.

Dylan i Tyr wpadają w zasadzkę zastawioną przez Genitów. Ratunek przychodzi od Templariuszy i ich Patryjarchy Konstatnina Starka. Jednak to Patryjarcha potrzebuje pomocy od Dylana. Chce zaatakować ośrodek badań Genitów, w którym Genici pracują nad bronią biologiczną.

Andromeda znajduje się w suchym doku, gdzie Perseidzi instalują modyfikacje. Jednocześnie ma zostać oddany do użytku okręt wojenny Resolution of Hecton. Kiedy Rommie przebywa na jego pokładzie, niespodziewanie przejmuje kontrole nad okrętem i porywa go.