실력은 좋지만, 비싼 수술비를 받는 악명 높은 무면허 의사 블랙 잭은 여느 때처럼 제시한 300만 달러란 높은 금액을 수락한 환자를 치료하러 간다. 척박한 섬에 고성을 그대로 옮겨온 대부호 크로스워드는 원인 불명의 병으로 인해 주기적으로 극심한 경련과 고통에 시달리고 있었다. 80명의 명의를 만나봤으나 소용이 없었다는 그에게 고통을 완화해주는 유일한 약은 평범한 물이 전부다. 블랙 잭은 병의 수수께끼를 풀기 위해 크로스워드의 저택을 떠나 섬마을로 향하고, 그곳에서 같은 병을 앓는 마을 사람들과 키마이라 병에 대해 듣게 된다.

올테가 공화국의 크루즈 장군이 마약을 밀매하여 세계 평화를 위협한다는 이유로 체포당한다. 그러나 크루즈 장군의 치료를 위해 찾아온 마리아 대위를 통해 그의 누명을 알게 된 블랙 잭은, 의뢰비를 받고 그를 조국으로 돌려보내기 위해 군인들과 함께 움직인다. 재판받기 전부터 이미 시한부 인생을 살고 있던 크루즈는 국경까지 가기도 힘든 상황. 과연 그들을 잡기 위한 적군의 눈까지 피하며 올테가로 돌아갈 수 있을까?

평소 포르노 배우로 활동하던 미셸은 처음 들어온 유명한 감독의 영화 주연 자리에 최선을 다한다. 그러나 어느 날부턴가 음식을 먹을 수 없게 되어 말라가고, 결국 영양실조로 쓰러지기까지 한다. 영화를 찍을 수 없을 만큼 망가진 몸 상태에 도망친 미셸은 블랙 잭에게 병을 고쳐달라 의뢰하게 된다. 그러나 쉽게 낫지 않는 병에 미셸의 몸에는 붉은 반점까지 생겨나고, 우연히 만난 이에게 안락사시켜주는 의사에 관해서 묻기까지 하는데...

주기적으로 발작을 일으키며 환각을 보는 남자. 그럴 때마다 자신도 모르는 총상 자국이 터져 큰 출혈을 일으킨다. 우연히 만난 블랙 잭과 피노코에게 사정을 털어놓은 그는, 자신의 병을 고치는 대신 어릴 적 그를 완벽하게 수술한 의사를 함께 찾아보기로 한다. 그렇게 향하는 곳은 환각 속 여자가 노래로 부르던 선메리다 마을. 처음 와본 마을임에도 정확한 기억을 가진 남자는 밀어닥치는 진실에 오열하고 만다.

어느 날 블랙 잭의 집에 도착한 낡은 소포. 2년 전에 도착했어야 할 소포가 어째선지 지금에서야 도착한다. 안에는 잔돈으로 모은 의뢰비와 편지, 지도가 들어 있는데... 병을 앓고 있는 자기 아내를 구해달라는 한 남편의 절실한 편지 내용에, 블랙 잭은 만약 시기를 놓쳤다면 돈을 돌려줘야 한다는 목적으로 지도의 적힌 목적지를 찾아간다. 그러나 눈보라에 갇혀버린 채, 갑자기 시대를 초월하며 기묘한 현상을 겪기 시작한다.

결혼을 앞둔 예비 신랑 시라뵤시는 갑자기 내전 중인 나라로 자원봉사를 하러 간다는 캐서린으로 인해 예정이 모두 미뤄진다. 불만은 있지만 그녀를 보내준 시라뵤시는 곧 편지를 통해 그녀가 만난 무면허 의사 블랙 잭의 이야기를 전해듣는다. 그의 업적은 결국 뉴욕까지 전해지고, 의사 연맹에선 블랙 잭에게 의사 면허를 주자는 의제까지 나오게 된다. 그러나 완벽주의자인 시라뵤시는 의사라는 순백의 정의 속 이물질인 블랙 잭을 받아들일 수가 없어, 극심한 반대를 내세운다.

어린 소년에게 걸려 온 한 통의 전화. 남동생의 손에 식물이 자라난다며 도와달라는 의뢰에 놀란 블랙 잭이 바로 그들에게 향한다. 원인 불명의 식물은 전신을 뒤덮어가고, 정밀 검사를 위해 잠시 아이들을 돌려보낸 사이 식물에 홀린 듯한 동생 로렌스가 행방불명된다. 설상가상으로 자리를 비운 사이 피노코까지 사라져 블랙 잭의 마음은 까맣게 타들어가는데... 식물의 의지를 따라 움직이는 인간. 광활한 자연의 진짜 목적은 과연 무엇일까?

이번에도 손가락에 꼽히는 재벌 가문, 츠즈키 가문에 불려 간 블랙 잭. 8대 당주 츠즈키 코이치로는 자기 하복부에 나타난 인면창처럼 생긴 종기를 치료해달라고 의뢰한다. 종기가 말을 걸었다는 이야기에 당황하는 사이, 침실에서 스스로를 가두고 잠든 코이치로가 갑자기 사라지는데... 한편 청소년과에서 일하는 타카스기 경감은 최근 외제 차를 부수고 다니는 소년과, 러브호텔에서 남자를 죽이는 여성 피의자의 지문이 같다는 사실을 듣는다. 그렇게 범인을 수색하는 타카스기와 코이치로를 쫓던 블랙 잭 일행에게 묘한 접점이 생기고 만다.

기업의 실수는 1급 하천이던 미카즈키만이 오염됐다. 어업으로 생활하던 그곳의 주민들은 중금속 중독으로 인해 고통스러워하고, 결국 소송에서 승리를 거둔다. 그러나 망가져 버린 강과 건강은 되돌릴 길이 없고, 다급하게 만들어진 기업의 공해병 구제 위원회로 우수한 의사들이 모여든다. 블랙 잭 역시 의뢰를 받고 그곳으로 향했다가 우연히 다리가 불편한 신비한 소녀를 만나게 된다. 미카즈키만의 인어 전설과 애틋한 사랑이 함께 하는 이야기.

여느 때처럼 블랙 잭의 귀가를 기다리던 피노코가 갑작스러운 발작 증세를 일으키며 쓰러진다. 원인도 모른 채 몇 번이나 반복되는 발작에 블랙 잭의 속을 타들어 가고, 그러던 중 본래 피노코의 가족이었던 유리에의 의뢰를 받는다. 그리고 알아낸 사실은 피노코와 유리에의 발작과 진정 시간이 완전히 동일하다는 사실. 종양에서 살아남은 피노코와 언니 유리에의 가문, 사이온지에서 쌍둥이 전설이 모습을 드러낸다. 블랙 잭이 찾아낸 전설을 이겨낼 방법이란?

갑작스러운 기내 환자의 발생으로 인천 공항으로 착륙한 비행기. 그러나 그것은 환자와 함께 내린 블랙 잭을 납치하기 위한 안련국 군인들의 책략이었다. 안련의 총책임자 최혁을 치료해달라는 비밀 의뢰를 받고 처음에는 무례한 초대 때문에 거절하던 블랙 잭은 마취제에 알레르기 반응을 일으키는 그의 특이 체질에 흥미를 느끼고 의뢰를 받아들인다. 그러나 머물 호텔 로비에서 누군가에게 도착한 폭탄과 군인들에 의해 다시 쫓기는 신세에 처한다. 블랙 잭, 마지막 이야기. 최혁을 구하려는 블랙 잭과 엘, 정권을 차지하려는 태병, 그리고 반란군 판론의 싸움이 시작된다.