L'umanità è tormentata dagli attacchi di una razza di mutanti marini dediti a sradicarla. La nostra ultima speranza è il sottomarino blu n. 6 e il suo equipaggio, composto dal miglior personale disponibile.

Dopo essere sopravvissuto a un'altra battaglia sottomarina con le forze di Zorndyke, l'equipaggio del Blue Submarine n. 6 torna alla base per le riparazioni. Mentre è alla base, Tetsu continua a mostrare la sua caratteristica mancanza di preoccupazione per l'autorità e continua a infastidire Mayumi.

I poli si stanno spostando e la maggior parte della terraferma è ora sott'acqua! Lo scienziato Zorndyke ha creato una razza di bestie per sfidare gli umani per la supremazia globale. Ma chi è il vero nemico: Zorndyke o l'umanità stessa?