Na Cidade Académica, uma cidade habitada sobretudo por crianças com poderes sobrenaturais, Misaka impressiona os líderes do Judgment ao impedir um assalto a um banco.

À medida que Misaka se torna mais popular na nova escola, Shirai fica com ciúmes.

Saten molha o seu uniforme e veste um uniforme Tokiwadai, emprestado, o que faz dela um alvo para a pessoa que anda a atacar as alunas da escola Tokiwadai com um taser.

Após discutir lendas urbanas com as amigas, Misaka vê algumas dessas lendas ganharem vida, incluindo uma que está ligada a um dos seus melhores amigos.

A impetuosa Shirai fica ferida ao tentar impedir o roubo de um carro e fala com Misaka, o que a leva a recordar-se de uma promessa que fez.

O Judgment procura a pessoa responsável pelas explosões que têm ocorrido na cidade. Misaka tem a oportunidade de trabalhar para o Judgment, mas depois arrepende-se.

Os ataques sucedem-se e Shirai e Konori descobrem que os membros do Judgment são os verdadeiros alvos, e que Uiharu é a próxima vítima.

Quando surgem provas da existência de um lendário Level Upper que potencia os poderes dos espers, Misaka tenta descobrir a verdade e os resultados são explosivos.

Saten, que ainda é uma esper de nível zero, tem um Level Upper e tenta impedir um assalto, mas Shirai intervém antes que aconteça uma desgraça.

Enquanto combate Kiyama, que se recusa a ceder o controlo da rede Upper Level, Misaka tem visões sobre aquilo que a levou a criar a referida rede.

Misaka tenta travar o ser que emergiu de Kiyama, mas as suas investidas só o tornam mais forte. A descontrolada rede Level Upper atormenta os seus utilizadores.

Wannai, Awatsuki, Misaka e outras raparigas fazem uma sessão fotográfica, mas o projetor holográfico do estúdio, que simula diferentes cenários, parece estar avariado...

Tsukuyomi cria uma disciplina para antigos utilizadores da Level Upper, para os ajudar a perceber que o verdadeiro potencial só se alcança através da realidade.

Quando um gangue ataca Kongou, Misaka e Shirai tentam descobrir os agressores e a identidade do homem que socorreu Kongou.

Após o ataque do gangue, Anti-Skill adota medidas rigorosas contra esse tipo de gangues, e Konori revela o seu passado em comum com o enigmático Kurozuma.

Farta de ter de fazer cumprir o recolher obrigatório, Tessou conhece um rapaz chamado Kounoe e os dois inspiram-se mutuamente.

Shirai e Misaka seguem a supervisora do dormitório no dia de folga dela. Mas, em vez de provas incriminatórias, acabam por conhecer o seu lado mais delicado e romântico.

Misaka mostra o espaço do festival às suas convidadas, Saten and Uiharu, e prepara-se para a sua muito aguardada atuação.

Uiharu recebe Haruue, uma nova companheira de quarto, ao mesmo tempo que o campus é abalado por uma misteriosa e potencialmente perigosa atividade poltergeist.

Os ataques poltergeist continuam e Misaka e Shirai desconfiam de Haruue, mas os estados de transe da nova aluna são consequência da ligação a uma amiga que perdeu.

Numa tentativa de resolver a atividade poltergeist que agora ameaça destruir a Cidade Académica, Heaven Canceller liberta Kiyama.

Quando a identidade de Therestina é revelada, Kongou impede Misaka de a combater sozinha, e as duas reúnem as amigas para salvarem os prisioneiros de Therestina.

As espers escapam a uma emboscada e tentam travar Therestina antes que ela cumpra os seus planos de fazer Haruue evoluir para o nível 6, para destruir a Cidade Académica.