Misaka je jednou ze sedmi nejsilnějších osob v Akademickém městě, "vědeckém městě budoucnosti", kde se studenti učí ovládat své zvláštní schopnosti. V tomto příběhu se potýká s programem na vylepšování esperů, který se poněkud zvrhl, a zároveň chrání svou mladší sestru..

Jedná se o druhý Railgun a čtvrtý příběh v celé zastřešující dějové linii - nejprve byste měli shlédnout Index 1 a 2 a opravdu byste měli shlédnout Railgun 1, abyste mohli věci lépe pochopit.

被称作“学园都市”的东京西部的巨大都市中，进行着超能力的开发。在此接受特殊课程而或的能力的学生被分为“无能力（Level 0）”到“超能力（Level 5）”等六个阶段，位于顶点的就是七名的“超能力（Level 5）”。其中御坂美琴是能够自由操纵电力的“电击使”中最上位的能力者，拥有“超电磁炮”异名的她是在常盘台中学就读的14岁女子中学生。作为后辈，同时是“风纪委员”的白井黑子，景仰大小姐的初春饰利，和她那喜欢都市传说的朋友佐天泪子。这样的同伴们一起过着和平但又有点奇妙的日常生活，但突然之间学园都市的“黑暗”逼近了。

총인구 230만 명, 도쿄도 서부의 거의 대부분을 점유하고 있는 거대한 도시. 인구의 80%가 학생이라는 점에서 학원도시'라는 이름으로 불리는 그곳에서는 초능력의 개발이 이뤄지고 있었다. 특수한 수업을 받아 능력을 얻은 학생들은 정기적인 신체검사(시스템 스캔)에 의해 레벨 0(무능력)에서 레벨 5(초능력)까지 6단계로 평가를 받게 되며, 그 정점에 위치해 있는 것이 최강이라 불리는 7명의 레벨 5(초능력자)들이었다.

Misaka es una de las 7 personas más fuertes en Ciudad Academia, una 'ciudad científica del futuro' de estudiantes que aprenden a controlar sus habilidades especiales. En esta historia, ella lidia con un programa de mejora de esper que se vuelve un poco loco junto con la protección de su hermana menor. Esta es la segunda Railgun y la cuarta historia en toda la línea de la historia general: primero debe mirar el índice 1 y 2 y realmente debería mirar Railgun 1 para ayudar a entender más sobre las cosas.

Mikoto découvre qu'un projet secret vise à la cloner, et qu'une armée d'Espers est mobilisée pour conquérir la Cité Académique.

Misaka is one of the the 7 strongest people in Academy City, a "scientific city of the future" of students learning to control their special abilities. In this story she deals with an esper enhancement program run slightly amok along with protecting her younger sister..

This is the second Railgun and fourth story in the entire overarching story line -- you should watch Index 1 and 2 first and you really should watch Railgun 1 to help understand more about things.

総人口230万人の8割を学生が占める「学園都市」。そこでは学生全員を対象にした超能力開発実験が行われており、全ての学生はレベル0（無能力者）からレベル5（超能力者）の6段階に分けられ、様々な能力を開花させている。学園都市でも7人しかいないレベル5の一人であり、電撃を操るその能力から「超電磁砲（レールガン）」の通称を持つ御坂美琴は、学園都市で起こる様々な事件を解決していく。

レベルアッパー事件、ポルターガイスト事件が解決し、穏やかな日常を取り戻した学園都市。御坂美琴は、後輩で風紀委員（ジャッジメント）の白井黒子や、同僚の初春飾利、その友達の佐天涙子と夏休みを満喫していた。そんな美琴の日常に、彼女の運命を大きく動かす、ある出会いが迫っていた…