Touma Kamijo é aluno numa escola onde a ciência estuda o sobrenatural. Um dia conhece uma freira que está a tentar fugir do mundo da magia.

Kamijo encontra Index caída à porta do seu quarto, coberta de sangue. Um mago aparece para levá-la, lançando um ataque surpresa.

Kamijo visita o seu professor para tentar conseguir o tratamento mágico que curará as feridas de Index. Entretanto, Index começa a revelar quem é e porque fugiu.

Kaori Kanzaki ataca Kamijo com uma espada e acaba por fazer uma revelação chocante sobre Index.

Index morrerá se a sua memória não for apagada uma vez por ano. Enquanto Kamijo procura uma forma de salvar Index, Stiyl e Kaori aparecem.

Kamijo descobre algo sobre a memória de Index. Será que Kamijo é capaz de proteger os livros de feitiços e destruir o santuário?

Kamijo conhece uma rapariga que acaba por ser levada por um homem de fato. Stiyl pede-lhe que salve uma jovem que consegue matar vampiros.

Kamijo e Stiyl tentam destruir a barreira mágica que rodeia a escola, mas os alunos lançam-lhes um feitiço.

Aureolus capturou Index e ataca Kamijo, Stiyl e Aisa com um poder capaz de transformar as palavras em realidade.

No regresso a casa, Kamijo conhece Misaka, a irmã mais nova de Mikoto, mas Mikoto acaba por afastá-la. Mais tarde, estranhamente, Kamijo volta a ver Misaka.

Kamijo descobre o cadáver de Misaka, mas o corpo e as manchas de sangue acabam por desaparecer. Mais tarde, Kamijo vê Misaka a carregar cadáveres.

Kamijo percebe que Mikoto foi apanhada num esquema e ela culpa-se por ter permitido que o seu ADN fosse usado em projetos de investigação.

Mikoto está disposta a sacrificar-se para salvar as suas irmãs. Entretanto, Accelerator prepara-se para enfrentar Misaka.

Kamijo mantém-se na defensiva ao combater o poderoso Accelerator. Mikoto tem um plano para travar Accelerator e desperta Misaka, que está ferida.

Kamijo é expulso da escola. As caras e as personalidades das pessoas são trocadas. Kamijo tem um encontro com uma freira de capa vermelha.

Misha veio até ao Japão em busca de um feitiço. Kamijo, Kanzaki e Tsuchimikado juntam-se a Misha para encontrar o autor do encantamento.

Kamijo confronta Toya, que começa a falar do seu passado. Kaori chega a tempo de travar um ataque de Misha e faz uma revelação chocante sobre ela.

Um jovem chamado Unabara persegue Mikoto, e ela finge ser namorada de Kamijo. Quando os dois se separam, cada um conhece um Unabara diferente, e um deles segue Mikoto.

Accelerator é abordado pelo clone de Misaka. Entretanto, vê Ao Amai, líder do projeto responsável pela criação das irmãs.

Accelerator captura Amai num centro de investigação e recupera o clone de Misaka, mas o vírus que existe nela é ativado antes do que era esperado.

Aisa Himegami é transferida para a turma de Kamijo. Index faz amizade com Hyoka Kazakiri, e as duas tornam-se próximas. Há um mago infiltrado na escola.

Após a ordem de evacuação do centro comercial, Kamijo, Index e Kazakiri veem um olho na parede. Mikoto e Index discutem por causa de Kamijo.

Kazakiri depara-se com o golem solto por Sherry Cromwell. Kamijo combate-o, mas é travado por Sherry. E onde estarão Index e Mikoto?