Nach den letzten Ereignissen brodelt es überall auf der Welt und es häufen sich Demonstrationen gegen die Bildungsstadt. Touma und Index ihrerseits versuchen wieder ein normales Leben zu führen. Was bei Touma bedeutet, sich in der Schule Ärger einzuhandeln und bei Index, den ganzen Tag mit ihrem Kätzchen Sphinx und futtern zu verbringen. Doch Touma wird bald schon von der Vergangenheit eingeholt.

Normale Menschen fliegen Lufthansa, doch nicht so Touma. Er wird kurzerhand von Tsuchimikado entführt und aus dem Flieger geworfen, wodurch er vor den Füßen Itsuwas landet. Allerdings ist er nicht da, wo er erwartet hat zu sein und steckt auch schon bald wieder mittendrin im ganzen Chaos auf den Straßen der Stadt. Und zu allem Überfluss ist da noch dieses C-Dokument, weswegen er überhaupt dort ist.

Touma und Itsuwa stehen plötzlich Terra, dem Linken, gegenüber, einem Mitglied des rechten Stuhl Gottes. Mit Fähigkeiten, die jene eines gewöhnlichen Magiers weit übertreffen, treibt Terra die beiden ohne Weiteres in die Ecke. Doch der Kampf wird bald schon unterbrochen durch die Reaktion der Bildungsstadt auf das Geschehen in Avignon.

Unter der Oberfläche der Bildungsstadt brodelt es gewaltig. Mehrere Organisationen, die gegensätzliche Ziele verfolgen, beginnen in Aktion zu treten. Unter ihnen GROUP, der Tsuchimikado angehört und neuerdings auch ein gewisser Level 5 namens Accelerator. Als Tsuchimikado auf Informationen über ein Attentatsversuch auf Oyafune Monaka stößt, beginnen sich die Ereignisse zu überschlagen.

Die Organisationen aus dem Dunkeln der Bildungsstadt sind in einen erbitterten Schlagabtausch verwickelt. Sowohl Accelerator als auch Kakine Teitoku werden von Mitgliedern von MEMBER konfrontiert. Unabara ist derweil nach wie vor bei BLOCK undercover, die einen anderen Plan zu verfolgen scheinen als angenommen. Und als er gezwungen wird, seine Deckung auffligen zu lassen, wird er von jemandem aus seiner Vergangenheit gestellt.

Nach dem fehlgeschlagenen Angriff auf die Esper-Unterkunft setzt nun Kakine seinen Plan in Bewegung, um an Aleister ranzukommen. Er beginnt mit einem Angriff auf ITEM, die ihm nicht viel entgegenzusetzen haben. Als das nicht ganz den gewünschten Erfolg bringt, greift Kaknie zum nächsten Plan. Und zwar den Nummer-Eins-Esper der Bildungsstadt zu töten: Accelerator.

Als Touma und Konsorten aus der Schule ausbüxen, weil sämtliches Brot ausverkauft ist, läuft er unverhofft Itsuwa über den Weg, die ihm eröffnet, dass sie von nun an als seine persönliche Leibwächterin bei ihm unterkommen wird. Index ist die Sache natürlich höchst suspekt. Als Index es fast schafft, beim Putzen die Hütte abzufackeln, entschließen sich die drei, ein Badehaus in der Stadt zu besuchen.

Acqua, der Hintere, hat Touma ein Ultimatum gestellt: Entweder er händigt ihm seinen rechten Arm aus, oder er wird ihn umbringen. Itsuwa macht sich Vorwürfe, dass sie Touma nicht beschützen konnte. Als Tatemiya sie anstachelt, fassen sie einen Plan, um Acqua entgegenzutreten. Doch sind sie der Macht eines Heiligen gewachsen, der zudem Mitglied des rechten Stuhl Gottes ist?

Nachdem er selbst den Heiligen-Vernichter überstanden hat, wendet sich Acqua nun Kanzaki zu. Eine epische Schlacht zwischen zwei Heiligen entbrennt, welche die Anhänger der Amakusa-Kirche staunend zurücklässt. Doch ist Kanzaki der Macht Acquas gewachsen, oder muss auch sie vor der geballten Macht eines Heiligen, der zugleich Mitglied des rechten Stuhl Gottes ist, kapitulieren?

Nach dem ganzen Ärger mit Acqua hofft Touma endlich mal einen ruhigen Abend zu Hause verbringen zu können. Doch weit gefehlt, denn Tsuchimikado hat andere Pläne mit ihm. Und so finden er und Index sich einmal mehr in einem Flugzeug wieder - und das zu allem Übel auch noch in einer hochexplosiven Situation, da soeben der Eurotunnel zwischen Frankreich und Großbritannien gesprengt wurde.

Die versuchte Entführung seines Fluges unbeschadet überstanden, landen Touma und Index in London, wo sie von Kanzaki abgeholt und zum Buckingham-Palast gebracht werden. Wie sich herausstellt, ist Großbritannien sowohl landesexternen als auch landesinternen Angriffen ausgesetzt, denen einerseits Kanzaki und die Amakusa-Kirche und anderseits der Knight Leader mit seinem Ritterorden auf den Grund gehen sollen.

Carissa, die zweite Prinzessin Großbritanniens, holt zum Staatsstreich aus. Derweil versucht Touma sich mit Orianna und einer schwer verletzten Lessar im Schlepptau durch London zu kämpfen. Doch der Ritterorden macht die Sache nicht ganz so einfach. Carissa beginnt damit, sich ihre Familienmitglieder vorzunehmen und spürt als erstes ihre kleine Schwester Villian auf, die scheinbar von allen aufgegeben wurde.

Der Staatsstreich in Großbritannien ist in vollem Gange. Um Prinzessin Carissa aufzuhalten, müssen Touma, Index und Prinzessin Villian Curtana Original ausschalten, indem sie eine Barriere unter dem Buckingham-Palast öffnen. Während andererorts ein erbitterter Kampf zwischen William Orwell und Knight Leader tobt.

Um Carissa mit ihrem Curtana Original beizukommen, müssen Touma und seine Verbündeten alle Register ziehen. Auch Carissa zieht einen überraschenden Trick nach dem anderen aus dem Hut. Selbst mit gebündelten Kräften gelingt es ihnen kaum, ihr und ihrem übermächtigen Curtana Original die Stirn zu bieten. Bis im letzten Moment jemand auf den Plan tritt, mit dem sie kaum noch gerechnet hatte.

Accelerator und die übrigen Mitglieder von GROUP räumen weiter in den Schatten der Bildungsstadt auf. Als eine terroristische Gruppierung, die sich Spark Signal nennt, damit droht, den größten Teilchenbeschleuniger der Welt in die Luft zu jagen, greifen sie ein. Doch als sie Spark Signals Forderungen hören, beginnen sie ihre Befehle zu hinterfragen.

Die letzten Überbleibsel von Spark Signal besetzen ausgerechnet das Gebäude, in dem sich der Privatsalon befindet, in dem Hamazura und die anderen verabredet waren. Bevor Hamazura dort eintrifft, hat Accelerator aber bereits aufgeräumt. Kaum sind die letzten Terroristen tot, die auf der Spur DRAGONs waren, geraten auch Accelerator und seine Mitstreiter von GROUP in Gefahr.

An mehreren Orten in der Bildungsstadt toben erbitterte Kämpfe. Etzali muss sich gegen Tecpatl behaupten, Kinuhata wird von Stephanie Gorgeouspalace bedrängt und Accelerator gerät an Sugitani. Als sich der Rauch verzieht, wird jedoch klar, dass die wahre Gefahr jemand anderem droht.

Russland stellt der Bildungsstadt ein Ultimatum und fordert sie bis zum 30. Oktober dazu auf, sämtliche fortschrittlichen Technologien auszuhändigen und alle Projekte stillzulegen. Hamazura ist derweil auf der Flucht dazu gezwungen, einen Laden zu überfallen. Kamijou seinerseits findet sich plötzlich in Begleitung Lessars wieder und Accelerator reist in einem Zug mit Last Order nach Russland.

Accelerator, der sich geschworen hat, seine Fähigkeit nicht mehr gegen Sisters einzusetzen, wird von Misaka Worst, einer neuen Sister konfrontiert. Andererorts legt sich Vento, die nach ihrer letzten Niederlage ihre Spezialfähigkeit göttliche Strafe verloren hat, mit Fiamma an. Während unweit davon in einem kleinen Dorf am Rande der Allianz unabhängiger Staaten Takitsubo untersucht wird.

Hamazura sitzt in einem Dorf fest, das von skrupellosen Soldaten angegriffen wird, die jeden einzelnen Bewohner des Dorfes umbringen wollen. Derweil stehen in der Straße von Dover britische und französische Truppen einander gegenüber. Und Touma reist nach seiner Konfrontation mit Fiamma weiter mit Lessar durch Russland, bis ihm etwas Eigenartiges ins Auge springt.

Accelerator geht weiter dem Geheimnis der seltsamen Pergamente auf den Grund, die er russischen Magiern abgenommen hat. Dabei helfen soll ihm ausgerechnet Misaka Worst. Hamazura, der den Angriff der Freibeuter mit Willams Hilfe überstanden hat, reist mit Takitsubo weiter, bis er einem alten Bekannten über den Weg läuft. Und Toma und Lessar versuchen sich ein weiteres Mal an Fiamma ranzuschleichen.

Hamazura fällt ein Stein vom Herzen, als Takitsubo komplett genesen die Augen aufschlägt, doch seine Freude währt nicht lange. Fiamma scheint derweil unaufhaltsam. Nicht nur verfügt er über eine gewaltige fliegende Festung, zudem hat er auch noch die Kontrolle über den Erzengel Gabriel in Form Misha Kreutzevs. Ihr stellen sich die geballten Mächte Großbritanniens und Frankreichs in Form Carissas und Jeanne d'Arc's entgegen, doch selbst diese geraten mehr als nur ins Schwitzen.

Nachdem es Fiamma gelingt, den Erzengel Gabriel in Form Misha Kreutzevs zu manifestieren, wird dieser von Kazakiri Hyouka konfrontiert. Zugleich ist auch Accelerator fest überzeugt davon, dass der Schlüssel zur Rettung Last Orders bei eben diesem Erzengel liegt. Während Hamazura und Takitsubo zu verhindern versuchen, dass das russische Militär eine bakterielle Waffe zündet.

Nachdem sie unerwartet bombardiert wurden, sucht Hamazura fieberhaft nach Takitsubo. Doch schnell steht er vor einem ganz anderen Problem: Eine alte Bekannte aus der Bildungsstadt hat den Weg nach Russland gefunden. Touma steht derweil Fiamma gegenüber, der neben den Zaubern des rechten Stuhl Gottes auch auf Index’ 103.000 Grimoires zugreifen kann.

Hamazura gelang es zwar, Mugino auf seine Seite zu ziehen, doch die Bildungsstadt lässt nicht locker. Accelerator und Misaka Worst arbeiten weiter an einem Weg, Last Order zu retten. Stiyl beschäftigt Index, um Touma Zeit zu geben, Fiamma zu besiegen. Doch Fiamma gibt sich nicht so einfach geschlagen.