Si la Cité académique ne semble pas en ébullition après les événements du 30 septembre, la crise est bien plus profonde qu'on ne le croit : preuve en est, un membre du Comité de direction de la Cité académique apostrophe Tôma concernant le conflit larvé entre la Cité et l'Église romaine.

Le feu membre du Comité croit en la force de la main droite de Tôma pour apaiser le conflit. Ce dernier est alors projeté au cœur des manifestations françaises accompagné de Tsuchimikado et Itsuwa, à la recherche d'une relique de l'Église romaine, l'archive C.

En plein conflit à Avignon, Tôma et Itsuwa affrontent Terra, un membre du Siège à la droite de Dieu. Ce dernier semble connaître ce qui se cache derrière le mystérieux Imagine Breaker de Tôma…

Group est chargé de veiller sur les arrières de la Cité académique en empêchant les agissements, dans l'ombre, de plus petites organisations. L'une d'entre elles, menée par un Niveau 5, semble déterminée à semer le chaos.

Le groupe Block prépare une opération armée d'envergure que Group tente d'interrompre. Musujime se retrouve au milieu et la cible d'un conflit où d'autres entités, comme School ou Member, viennent se mêler.

Teikoku Takine, déterminé à en découdre avec Aleister, décide d'attaquer le groupe Item pourtant composé d'espers de haut niveau. Un de ses membres, Hamazura, Niveau 0, essaie tant bien que mal de venir en aide à sa partenaire Takitsubo convoitée pour son pouvoir.

Suite à l'opération sur Avignon, retour à une vie quotidienne pour Tôma : mission commando pour se nourrir le midi, essayer de motiver Index à faire le ménage… mais c'était sans compter le squat d'Itsuwa qui affirme devoir assurer la protection de Tôma à cause de la menace du Siège à la droite de Dieu.

Suite au combat contre Acqua ayant grièvement blessé Tôma, Itsuwa est déterminée à en découdre avec le membre du Siège qui a le pouvoir de Tôma dans le collimateur.

L'Église chrétienne d'Amakusa tente tant bien que mal de lutter contre le puissant saint qu'est Acqua de l'Arrière. C'est donc Kanzaki qui va lui faire face à puissance égale. Mais devant l'écart de force, cette dernière cherche à déceler la source du pouvoir exubérant de ce membre du Siège…

Suite à la confrontation entre le Pape et Fiamma, l'Église romaine parvient à augmenter les tensions entre la France et le Royaume-Uni, causant un incident majeur dans le tunnel sous la Manche. C'est dans ce contexte qu'Index, accompagnée de Tôma, est convoquée en Angleterre. Mais c'était sans compter les incidents pour arriver à destination…

Suite aux péripéties du Sky Bus, Tôma et Index arrivent finalement en Angleterre rencontrer la reine qui les a convoqués. Si le conflit avec la France a toute son importance, l'arrivée de nouveaux terroristes connus sous le nom de Nouvelle Lumière met le doute sur les jeux d'influence entre la Cité et les différentes églises.

Même si Nouvelle Lumière a été neutralisée, l'objectif a été accompli : Curtana Original est entre les mains de la deuxième princesse Carissa, qui enclenche dans le pays tout entier un putsch sans précédent avec l'aide des chevaliers. Tandis que Tôma va tenter de rejoindre Index, chaque membre de la famille royale cherche à s'enfuir du joug de Carissa décidée à faire de l'Angleterre une puissance indépendante.

Le coup d'État se poursuit, mais est mis à mal par Acqua de l'Arrière, alias William Orwell, venu maintenir le Royaume-Uni en ordre. Ce dernier affronte le Maître Chevalier, qui a eu pour ordre de neutraliser chaque membre de la famille royale. Tôma s'empresse de rejoindre tout ce beau monde à Folkestone afin de retrouver Index, après s'être échappé du train en compagnie d'une membre de Nouvelle Lumière.

De nouveau au palais de Buckingham, Carissa se prépare à affronter la crème des mages déterminés à mettre fin à son coup d'État. Mais quel est donc l'objectif de cette deuxième princesse ? Comment Elizard, la reine actuelle, compte-t-elle riposter ?

Le conflit en Angleterre achevé, retour à la Cité académique auprès des membres de Group. Accelerator a pour mission de démanteler un nouveau groupe émergent nommé Spark Signal.

Spark Signal s'attaque à un immeuble de salons privés où se trouvait Takitsubo, au grand dam de Hamazura qui va mettre tout en œuvre pour la sauver. En parallèle, Accelerator poursuit sa mission au sein de Group et comprend rapidement qu'un des membres du Comité est derrière tout ça…

Tandis que chaque membre de Group essaie d'affronter les troupes de Shiokishi, Hamazura, malgré son absence de pouvoir, tente le tout pour le tout pour s'échapper avec Takitsubo. C'est au milieu de ce conflit qu'Accelerator cherche à savoir ce qui se cache derrière Dragon…

Suite à sa rencontre avec Aiwass, Accelerator se rend en Russie dans un contexte où le président de ce même pays a déclaré la guerre à la Cité académique. En parallèle, Tôma se rend également en Russie pour rattraper Fiamma de la Droite, qui a clairement montré posséder un dispositif influant sur l'état d'Index.

En plein conflit russe, Vento se dresse contre Fiamma sous les yeux de Tôma déterminé à sauver Index. En parallèle, non loin de là, Accelerator essaie de trouver un sens à la Loi évoquée par Aiwass. Mais le voilà face à face avec ses démons du passé.

Tandis que Hamazura aide les villageois à se défendre face aux Privateer, Accelerator ne sait plus quel rôle avoir auprès des clones de Misaka. Tôma part à la poursuite de Fiamma, mais sa route va croiser celle de quelqu'un d'autre…

La guerre contre la Cité académique continue de faire rage. Tôma et Lessar cherchent à rejoindre la cachette de Fiamma, Hamazura cherche à gagner l'Alliance des Nations, mais son chemin va croiser celui d'Accelerator.

Fiamma est arrivé à ses fins et a fait apparaître l'archange Gabriel. Carissa et la sainte tout droit venue de Versailles tentent de l'affronter tant bien que mal, tandis que la menace nucléaire russe commence à gronder.

Hyôka Kazakiri apparaît pour s'opposer à l'archange Gabriel aux côtés d'Accelerator. De même, Acqua semble vouloir tenter le tout pour le tout pour neutraliser l'archange. Quant à Fiamma, le principal instigateur, il est déterminé à s'emparer du pouvoir de la main droite de Tôma.

Hamazura va vite se retrouver face à ses vieux démons alors que le conflit continue de faire rage. Tôma, lui, est toujours armé de son Imagine Breaker, et se retrouve enfin face à face avec Fiamma, qui lui est déterminé à récupérer le pouvoir du bras droit du Niveau 0. Mais Tôma reste interloqué par toutes les machinations mises en œuvre par Fiamma pour arriver à ses fins…

Tôma est maintenant certain que l'objectif de Fiamma est biaisé et qu'il repose sur le pari de la guerre mondiale. Celle-ci n'ayant plus de sens, les opposants vont vite saisir que la cible à abattre est l'étoile de Bethléem. Accelerator, de son côté, cherche à résoudre le problème posé par Aiwass pour sauver Last Order.