Phim khởi đầu sau vụ việc xảy ra trong công viên giải trí nổi tiếng Tropical Land tại khu tàu lượn siêu tốc. Shinichi Kudo trong một lần đi chơi cùng người bạn thuở nhỏ Ran Mouri đã nhìn thấy hai người đàn ông có vẻ ngoài khả nghi được cho là nghi phạm trong vụ việc, nảy sinh nghi ngờ và quyết định bám theo để rồi phát hiện ra một cuộc giao dịch mờ ám. Trong một giây phút sơ suất khi theo dõi, anh bị tấn công bởi một trong người số họ có mật danh là Gin và đồng bọn của anh ta tên là Vodka. Sau khi đánh ngất, Gin đã ép anh uống một loại thuốc có tên gọi là APTX 4869 nhằm bịt miệng một lần và mãi mãi. Thực tế, loại thuốc này có một tác dụng phụ hiếm gặp, biến đổi cơ thể anh từ một cơ thể trưởng thành thành một đứa trẻ thay vì mất mạng. Sau sự cố quan trọng đó, anh quay về và lấy tên là Conan Edogawa. Shinichi Kudo đã cố gắng che giấu danh tính bí mật của mình với những người anh quan tâm và ở lại nhà của Thám tử Kogoro Mouri để có nhiều cơ hội tiếp cận và điều tra về tổ chức Áo Đen.