Lupin se marie avec Rebecca Rosselini, une célébrité mondiale, en Italie, dans la ville de Saint-Marin. L'inspecteur Zenigata débarque pour tenter d'arrêter la cérémonie, mais échoue. Lupin est donc marié sous les yeux de ses compères Jigen, Goemon et Fujiko. Mais le mariage était-il réellement par amour ou cache-t-il autre chose ?

Le football est le sport le plus populaire en Italie, aussi quand Fujiko ramène Mauro Brozzi alias le trésor de Saint-Marin, pour que Lupin l'aide à récupérer des documents qui prouvent son dopage, ce dernier y voit une nouvelle occasion de briller. Comment Lupin va-t-il se sortir des griffes de la mafia qui règne sur la ville ?

Nyx, agent du MI6, est chargé de la protection du prince James et se voit pour cela envoyé arrêter Lupin et Jigen. Cet agent est tellement doué qu'il devance nos héros dans chacune de leur tentative. Comment vont-ils réussir à se sortir de ce mauvais pas ?

Jigen débarque dans un hôpital pour se faire soigner les dents. Ce qu'il ne savait pas c'est que dans cette ville, il est interdit de porter une arme sous peine de se voir transformer en "cadavre en sursis". Jigen, privé de son arme, va devoir faire face à Eric et sa bande. Comment va-t-il faire pour se sortir de cette impasse ?

Fujiko s'est faîte embaucher dans un cirque pour se rapprocher de Luca dont on dit qu'il est la seule personne à connaître les tours de Tony Belcastro, célèbre magicien disparu trop vite. Lupin commence à s'intéresser de près à cette histoire car il est jaloux de la relation qu'entretien Luca avec Fujiko. Comment régler les affaires de meurtres du cirque et les histoires de cœur de Lupin en même temps ?

Elena Gotti est la veuve d'un riche magnat des médias. La rumeur prétend que sur son lit de mort, Roberto lui aurait révéler où était caché son trésor. Dès lors tous les hommes qui l'ont approchés ont voulu savoir où était ce fabuleux trésor. Lupin en entendant cette histoire ne fera pas exception à la règle et fera tout pour le retrouver.

Pour sa couverture, l'agent Nyx a une vie de famille, une femme et 3 filles. L'une d'entre elle est fan de Rebecca et l'aborde pour avoir un autographe. Ceci est le point de départ d'un immense quiproquo, entre kidnapping, vol et meurtre.

Lupin et Jigen se rendent dans un hôtel où un mystérieux trésor serait caché. Cependant la rumeur dit que l'hôtel serait hanté par les fantômes du passé. Jigen surmontera-t-il sa peur du surnaturel ? Lupin trouvera-t-il le trésor ?

Goemon est engagé ainsi que 11 autres tueurs à gage pour éliminer Samuel Dékéré, un dictateur africain, lui même protéger par Zola, son garde du corps. Des années plus tard les tueurs à gage se font éliminer les uns après les autres. Se pourrait-il que Zola soit toujours en vie ? Goemon survivra-t-il à cet expert ?

Fujiko et Rebecca invitent toutes les deux Lupin a une vente aux enchères de vins réservée aux couples. Lupin décide d'y aller en jouant sur les deux tableaux. Durant cette vente, le vin "philtre cochon" va être mis en vente, la légende raconte que le couple qui boira de ce vin sera heureux pour toujours. Lupin réussira-t-il à choisir une seule femme ? Réussiront-ils à obtenir le vin ?

En tentant d'en apprendre plus sur son livre, Rebecca se rend dans une maison abandonnée et se fait kidnapper par le MI6. Enfermée et torturée, elle n'a plus d'espoir. Robson, son majordome décide de demander de l'aide à Lupin et sa bande. Réussiront-ils à la sauver ?

Lupin réussi à déchiffrer le livre de Rebecca et se retrouve transporté dans un monde onirique où il fait la rencontre de Kô, l'ancien amoureux de Rebecca. Nix est toujours à sa poursuite et le MI6 est aussi de la partie. Comment l'histoire du rêve d'Italie va-t-elle finir ?

Lupin qui s'est fait arrêter, est jeté en prison. Comme à son habitude, il tente de s'évader, mais cette fois-ci Zenigata réussi à le contrer à chaque fois. Afin d'avoir moins d'options, Lupin est enfermé dans une cellule blindée sur un petite île déserte avec Zenigata comme seul surveillant. Lupin va-t-il réellement mourir en prison ?

Lupin est à court d'argent après sa longue détention et décide de voler la Joconde afin de la vendre à un millionnaire italien nationaliste. Il réussit à accomplir son vol, mais la provenance du tableau est remise en question.

Lupin vole un diamant précieux, mais pendant sa fuite, le bijou se retrouve dans le sac à dos d'un garçon qui va à l'école. Pour récupérer le diamant, Lupin se faufile dans le lycée du garçon en tant que nouveau professeur, où il découvre que le diamant est utilisé par un groupe de professeurs comme élément d'une bombe qu'ils ont fabriquée.

Lupin, Jigen et Goemon ont prévu de se détendre à l'extérieur de Rome quand ils trouvent un chien perdu. Le chien appartient à une femme riche qui est prête à offrir une grosse récompense s'ils peuvent lui ramener le chien avant que son bateau ne quitte le port.

Greco est un homme vénéré comme un sauveur pour avoir vaincu les méchants les uns après les autres. Tous ceux que Greco vise meurent dans les 24 heures, tuant et étant tués par leurs propres camarades. Lorsque le Greco les provoque, Lupin et la bande se rendent à l'église du Greco. Là, ils apprennent que le Greco complote pour manipuler l'un d'entre eux comme une marionnette afin de tuer les autres, ce qui les amène à se méfier les uns des autres. Qui est en fait la marionnette du Greco ?

Un mystérieux portrait de Lupin apparaît lors d'un grand défilé de mode à Milan. Les portraits de Jigen et Goemon apparaissent également, alors le trio se rend à Milan, pensant qu'il s'agit d'une sorte de défi. Zenigata et Fujiko sont également là, ainsi que des portraits d'eux deux. Lorsqu'il est établi que les portraits ont été peints par Léonard de Vinci, Lupin réalise quelque chose et se précipite à l'église où est exposée "La Cène". Que va-t-il y trouver ?

Lupin a volé la voiture que la célèbre chanteuse Nora Anita aimait et conduisait depuis près d'un demi-siècle. Zenigata et la police sont à sa recherche, mais ils ne bougeront pas de peur d'endommager l'inestimable voiture. Où va Lupin dans la voiture précieuse ? ! Pendant ce temps, le mari de Nora Anita se remémore ses souvenirs avec Nora dans sa jeunesse tout en s'occupant de sa femme âgée.

Pendant son séjour en Italie, Lupin reçoit un appel de quelqu'un qui prétend avoir kidnappé Fujiko. Le kidnappeur fait chanter Lupin pour qu'il vole une marionnette ayant appartenu à Gennai Hiraga et conservée dans un manoir de Tokyo. Lupin se précipite au Japon, vole le trésor et l'apporte à l'endroit où Fujiko est retenue, mais il apprend que son enlèvement a été mis en scène. Aux côtés de Fujiko se trouve le grand détective qui a résolu de nombreuses affaires difficiles, Akechi Holmes Kousuke, et Lupin est arrêté !

Des déclarations de vol apparaissent dans toute la ville, et elles portent toutes le message "Ce soir, je vais t'avoir, Lupin III", avec une marque de rouge à lèvres en dessous. La personne qui a distribué ces notes est Rebecca. Lorsqu'elle trouve Lupin en fuite après s'être introduit dans une banque, elle fait tout ce qu'elle peut pour le capturer... Mais pourquoi Rebecca veut-elle voler Lupin ?

Léonard de Vinci annonce qu'il va dévoiler sa dernière œuvre à Saint-Marin. Son titre est "L'harmonie du monde". Après l'annonce, pour une raison quelconque, les gens de toute la péninsule italienne tombent inconscients... et Lupin et la bande ne font pas exception. Lupin se réveille plus tard à San Marino, et devant lui, il aperçoit Da Vinci. En suivant l'artiste, Lupin découvre ce qu'est réellement "l'harmonie du monde" !

La personnalité de Rebecca est sous le contrôle de Da Vinci. Dans un effort pour la sauver, Lupin pénètre dans son esprit, où il se heurte à toutes sortes de pièges tendus par Vinci. Il parvient à rencontrer la personnalité capturée de Rebecca, mais sa vitalité a disparu et Vinci a écrasé tous ses souvenirs. Elle a même oublié Lupin...