サンマリノ共和国。ルパン三世から銭形警部宛に、盗みの予告状ではなく結婚式の招待状が届く。ルパンは、ロッセリーニ財閥の若き会長 レベッカ・ロッセリーニと結婚するという。結婚の裏にはルパンのある目的があった。それはサンマリノ共和国の国宝・リベルタスの王冠を盗み出す事。だが、何故かルパンが出した覚えのない偽の予告状が銭形に届いており、ルパンの行動は読まれていた。一体、誰が何のために予告状を送ったのか？

「サンマリノの至宝」と呼ばれるサッカー選手・ブロッツィ。彼が率いるＡＣサンマリノが、コパイタリア（イタリア国内サッカークラブチームNo.1を決めるカップ戦）で快進撃を見せている。そんなブロッツィがルパン三世のもとを訪れる。マフィアにドーピングの証拠を握られ、それを取り返してほしいという。だが、ブロッツィはある秘密を隠していた。

カリオストロ伯爵に深い関わりのあるマリーアントワネットの首飾りの欠片。それを盗んだルパン達だが、次元が何者かに捕まってしまう。次元を捕まえたのはイギリス諜報機関ＭＩ6の二クスという凄腕スパイ。ルパンが盗んだ宝の奪還指令を受けた二クスは、逃亡したルパンを追いつめる。うまく逃げ切れたと思ったルパンだったが、何故か二クスにことごとく追いつかれてしまう。そして、二人は銃を向けあい…。

寂れた町。虫歯が疼く次元はたまらず病院にかけこむ。医師リービアは診察するかわりに、次元が持っている銃を預けてほしいと頼み、次元は仕方なく銃を渡す。リービアの診察を待つ次元は、病院の一室で死んだように横たわっている無数の患者達を目撃する。彼らは「生きた屍」と呼ばれて、すべてエリクというギャングのボスの仕業だという。この町ではエリクの許可なしに銃も持つことはできない。そんなとき病院にエリクが現れる。

落ち目のサーカス団の中に峰不二子の姿があった。そのサーカス団は10年前、魔法使いと称されたトニー・ベルカストロという男が事故死した。亡きトニーのマジックの種が書かれた「トリックレシピ」。誰もがそのレシピを欲しがったが、それを受け継いだのはルカという若い団員だった。そのルカに近づく不二子の影。峰不二子の狙いは果たして何なのか？ルパンがその真相を追っていく。

亡き夫の隠し財産の在処を知る未亡人エレナ。隠し財産を狙うルパンからエレナを守るために銭形が現れる。エレナと銭形は、ルパンの手から逃れるためにエレナの山荘へと身を隠す。しばらく二人だけで過ごしているうちに、疑心暗鬼だったエレナは徐々に銭形に心を開いていった。だが、エレナはどうしても銭形を信じきる事ができず、山荘をひとり抜け出す。エレナを追っていく銭形が、その先に見たモノとは…？！

イギリス諜報機関MI6の二クスは、家族で食卓を囲んでいた。二クスは妻や娘達を何よりも大切にしており、自分がMI6である事を内緒にしている。そんな二クスの娘の一人ブリジットが謎の男達に誘拐される。男達は二クスが追っていた犯罪組織の連中であり、それを知った二クスは怒りの中、娘を誘拐した連中を追跡する。一方ルパンはいつものように銭形に追われ、逃走用に車を拝借する。その車には何故かブリジットが乗っていた！

フィレンツェの郊外にたたずむ不気味な古城。現在はホテルとして使われているが、「呪われた花嫁の館」とも云われ、花嫁の幽霊が出るという噂がある。そのホテルに貴重なお宝が眠っているという情報を得たルパン達。次元はそのホテルで幽霊らしきものを目撃する。ルパンは次元の言う事を信じようとせず、黙々とお宝の在処を探していると、カーラという少女と出会う。

昔起こった西アフリカ小国の独裁者暗殺事件。その事件に関与した殺し屋達が次々に殺されていく。独裁者暗殺事件には殺し屋の一人として五ェ門も関わっていた。暗殺した独裁者の用心棒だった伝説のスナイパー・ゾラが、復讐しているのかもしれない…。五ェ門は、同じく暗殺に関わった殺し屋ベラドンナと共に、ゾラの行方を追っていく。

カップル限定のワインのオークションパーティ。ルパンは不二子とレベッカに同時にそのパーティに誘われる。不二子とレベッカには共通するある目的があった。そのオークションに出品される幻のワイン「恋煩いのブタ」が狙いである。そのワインを飲んだカップルは愛し合い必ず幸せになるという。ワインをめぐる不二子とレベッカの敵対心むき出しの女同士の争奪戦が始まり、さすがのルパンもお手上げ状態！？

レベッカがイギリス諜報機関MI6によって誘拐された。レベッカ救出にルパンが動き出す！誘拐される前レベッカは、ある天才科学者が遺した書物の解読を試みており、ＭＩ6の口からは「イタリアの夢」という謎の言葉が…。レベッカが監禁されているMI6の隠れアジトに向かうルパン。だが、そこには厳重な警備体制とMI6のエイジェントの精鋭達が待ち構えていた。

天才科学者・浦賀が遺した奇書。ついにその書物を解読したルパンは、何故か眠りについてしまう。夢なのか現実なのか摩訶不思議な世界に迷い込んだルパン。これが「イタリアの夢」なのか…！？。そして、若き日のレベッカと死んだはずの浦賀と出会うルパンは、浦賀に「イタリアの夢」の真相を聞く事となる。一方、暴走化した二クスがルパンを追う！そして、二クスとルパンの最終決戦の時が迫り…!!

逮捕され監獄の中に閉じ込められたルパン。あらゆる手を使い脱獄を試みるが、銭形にことごとく動きを読まれて阻止されてしまう。銭形は念には念をということで、更に完璧な牢獄へルパンを移送する。ついに観念したルパンは、銭形が差し出した食事にも手をつけず、やがて体は衰弱していく。そして、ついにルパン三世の最期の日がやってきた。

お金に困り明日の飯も食べられないルパンは、一稼ぎしようと名画モナリザを盗む計画を思いつく。モナリザといえば世界最高峰の美術品であり、そう簡単には盗めないはず。銭形が指揮する警備網をくぐり抜けようとするルパンだが、あと一歩のところで盗めず逃げていく。ルパンが指一本触れることができなかったモナリザを見ながら銭形はある違和感を感じていた。一方ルパンは何故か本物のモナリザを手にしていたのだった！？

まるで悪女のように持ち主が転々と変わっていくダイヤ「クレオパトラの心」。ダイヤの行方を求めてルパンが向かった先は、一見何の変哲もない学校だった。だが、そこに居たのは爆弾を自作して何かを企む怪しげな教師たち。ルパンは教師に変装してダイヤの在処を探そうとするが、ダイヤは爆弾を作っていた教師たちの手元にあり、事態はとんでもない急展開を迎える！！

今日は仕事の話はやめにして、おいしい寿司を食べにいこう！ルパン、次元、五ェ門は車に乗りこみ寿司屋へ向かうが、なぜか車の中には一匹の犬。ルパンは寿司を食べに行くついでに犬を不二子に届ける約束をしていた。せっかくの休日のはずが、相変わらず銭形に追われたり、犬をめぐる大騒動に巻き込まれてしまう三人。ルパン達の休日は一体どうなってしまうのだろうか？

悪党たちを次々に葬り、救世主と謳われるグレコという男。この男に指名された者は皆、24時間以内に仲間同士で殺し合い死んでしまう。そしてグレコが次に指名したのはルパン三世だった。グレコの挑発にのったルパン達は、グレコが待つ教会へ向かう。グレコはルパンファミリーの中の一人をマリオネットのように操り、皆殺しにしようと計画していた。皆が疑心暗鬼になる中、果たしてマリオネットは一体誰なのか？

ミラノのファッションショーの会場内に、何者かによってルパンの肖像画が描かれる事件が起こる。ルパンだけでなく、次元、五ェ門の絵まであり、何者かの挑戦状であると考えたルパン達はミラノへ。会場には銭形や不二子の姿もあり、彼らの肖像画も描かれていた。鑑定の結果、肖像画を描いたのは、レオナルド・ダ・ヴィンチだという事が判明する。何かに気づいたルパンは、名画「最後の晩餐」がある教会へ急ぐ。するとそこには…！？

二クスは、家族とショッピング中に何者かに狙撃され意識を失う。目が覚めると二クスは縛られており、目の前にはMI6時代の上司パーシバルの姿があった。パーシバルは二クスに「ドラゴンズテイル」を奪い返してほしいという。「ドラゴンズテイル」が何者かによって盗まれたというのだ。一方ルパン三世もまた「ドラゴンズテイル」を狙っており…。皆が狙う「ドラゴンズテイル」とは一体？

有名な歌手ノラ・アニタが半世紀近く愛用した車をルパンが盗み出す。銭形ら警察達に追われるルパン。しかし警察達は、あまりにも貴重な車なので、車の破損を恐れて手出しできない。ルパンが運転する車が向かった先は……！？一方、年老いたノラ・アニタを、夫マーティンが看病していて、マーティンは若き日のノラとの想い出を懐かしんでいた。

町中にばらまかれた予告状。そこには「今宵、ルパン三世、頂きに参ります」の文字。文字の下には女性のキスマークがある。予告状をばらまいたのはレベッカだった。銀行に侵入して逃走中のルパンを見つけたレベッカは、なんとかしてルパンを捕まえようとするが…。ところでレベッカは、一体何のためにルパンを盗もうとしているのか？

レオナルド・ダ・ヴィンチがサンマリノ共和国で新作を発表するという。題名は「世界の調和」。その発表後、イタリア半島中のすべての人々は、なぜか昏睡状態に陥ってしまう。ルパン達も例外なく…。そして、ルパンは目覚めるとサンマリノ共和国にいた。ルパンの前にダ・ヴィンチが姿を現す。ダ・ヴィンチを追っていく中、ルパンは「世界の調和」の正体に気づく！

ダ・ヴィンチに人格を支配されてしまったレベッカ。ルパンはレベッカを救い出すために、レベッカの脳内に入りこむ。脳内ではダ・ヴィンチが作りだした罠の数々に悪戦苦闘するルパン。なんとか囚われていたレベッカの人格に会うことができたが、生気を失ったレベッカはすべての記憶がダ・ヴィンチにより塗り替えられてしまっていた。そして、ルパンの事も忘れてしまい…。