英国・ロンドン。初老の男、フォークナー卿の仕事場に飾られた一枚の「絵」――それは、「レイブン」と呼ばれる組織の隠し財宝に繋がっていた。ルパンにとっては、十年も前から狙っている因縁の宝。スコットランドヤードやMI6の妨害をかわしながら絵を盗み去るが、逃走劇のドサクサで絵は半分に破れてしまう。そして事態は、ロンドンに眠る名探偵――シャーロック・ホームズを呼び覚ますこととなる。

ルパンの姿を見て、気絶してしまうリリー。ホームズは怒りをあらわにし、ルパンを見つけ出すと語気を荒げる。一方アジトに集ったルパンたちは、手に入れた絵の分析中。レイブンは、第二次世界大戦後、英国政府を影から操ってきたとされる秘密組織――メンバー等はすべて謎に包まれ、その実態は雲を掴むよう。レイブンの謎は、ルパンとホームズの因縁にも関係している様子で……？

マーキス侯爵は鉄道マニア。ご自慢の品は、リバプール＆マンチェスター鉄道が催した、伝説的な試乗会の切符。そしてもう一つの自慢は――広大な庭に築き上げた、こだわりの庭園鉄道！　ルパン一味は切符を狙って、その庭園で開かれるパーティーに潜り込む。美女に目がない二人の少年・リーとダネイも、不二子を追ってパーティーへ……。線路をドタバタ駆け巡る、インチキだらけの冒険譚！

ある日の夕方。寂れたダイナーのドアを開けて、二人の男が入ってきた。カウンターに座る彼らに、「何にします？」と問うウェイトレス。二人の男はメニューを眺め、しけた料理を注文する。――ダイナーには、先客が六人。全員男で、皆、殺し屋。ウェイトレスに絡みながら料理をむさぼる二人の男に、ただならぬ視線を向けていた……。

「一体これはどうなってんだ！？」なぜかルパンが降り立ったのは、昭和初期の帝都東京。そこでルパンは、銭形そっくりの警部・波越に追い回される。ルパンを救ったのは、これまた不二子そっくりの女盗賊・黒蜥蜴。彼らは皆一様に、ルパンのことを「黄金仮面」と呼ぶのだった……。幻のような異世界で、ルパンは果たして何を盗む！？

五ェ門を名乗る用心棒に驚愕するルパン。その斬撃をかわしつつ、からくり時計の展示室へと急ぐ。が、現場では大道寺がサラントヤに銃を向け、時計の鍵を奪おうと迫っていた。警報が鳴り、押し寄せる警察。大道寺の策動により、さらなる危機に陥る瑠璃子とサラントヤ……。そして騒ぎを聞きつけた明智は、静かに推理を働かせる。――夢とうつつの大騒動、ここに決着。

あれから、ホームズの様子は変わった。復活したホームズは、ここ数年の未解決事件を片っ端から解決し、ロンドンの裏社会は震撼。リリーは、そんな鬼気迫るホームズの様子に、一抹の寂しさを覚えていた。――そんな中、ルパンの耳に、ある男の情報が飛び込んでくる。男を追って再びロンドンへ入ったルパン。そこには、ルパン逮捕に燃える銭形が待ち構えていた。

時は遡り、三年前。スコットランドの寄宿学校に通う少年・ケニーは、クラスメイトのリリーに対して、仄かな恋心を抱いていた。だがある日、美術館での課外学習の最中、リリーが何者かに連れ去られそうになる事件が発生する。そこでケニーは、リリーを陰から守る不思議な男と出会うのだった。――リリーの身を案じたホームズは、彼女を学校から引き取る決意をする。

ロンドンの地下で開かれた闇オークション。出品されたのは、百年前に大西洋で大暴れし、ブラジルの監獄で処刑された「海賊王ジーク」の秘宝。だがルパンの狙いは、その中にぽつんと紛れた、古びたこけしにあった。会場に乱入する警察。ルパンはそのドサクサで、こけしの中に秘められていた地図を入手する。それは、未発見のジークの宝、「漆黒のダイヤモンド」の在処を示すもので……。

「あの”鳥”が美しいのは、あれが真贋のあわいを飛ぶ鳥だからです」――依頼人は、不二子にそう語った。ターゲットは、大英自然史博物館に眠る「始祖鳥化石」。生物の進化の過程を克明に表すその化石には、真価を揺るがす「いわく」があった……。聞けば聞くほど依頼に漂う、なんともいえない空虚な香り。不二子に協力を請われたルパンも、その怪しさに眉をひそめる。

ロンドン市街で、あるデベロッパーが殺された。ホームズは、事件をレイブン絡みであると見て捜査。リリーも、ベイカー街のご近所さんを従えて、情報収集の手助けをする。一方、レイブンの財宝へと近づくために、ルパンもまた推理を展開。事件は、殺されたフォークナー卿へと繋がっていた。フォークナーが守っていた重大な秘密……「絵」が揃えば、それが解明出来るかもしれない。

ニューヨークに構えられたアジト。次元の手料理を食べながら退屈を憂うルパンのもとに、不二子があるオークションの話題を持ち掛ける。世界各地の秘宝が一度に出品されるという、異様な競売――当然、興味を持つルパンだったが、出品リストにあった宝石の記載を見て目つきが変わる。出自も謂れも『unnknown』とされたその宝は、かつて幼少のルパンが住んでいた屋敷から盗み出されたものだった。

女の名は、メルセデス。強盗グループ『エルヴィラ』を率い、各地を騒がせている女盗賊だ。入院したマティアの無事を確認したルパンは、メルセデスを追ってメキシコへと足を運ぶ。その道中、一味に語られるルパンの過去――メルセデスが口にした「トモエ」という女のこと。そして彼女にまつわる、不可解な「謎」のこと……。ルパンは真実を探るため、メルセデスとの勝負に向かう。

フランスの名門貴族・フェルナン伯爵の結婚。ルパンは、結婚式で花嫁に贈られるという伝統の宝石「マルセイユの涙」に狙いをつける。しかし花嫁の姿を見た次元には、いつもと違う表情が浮かんでいた。伯爵の結婚相手は、貴族の出身ではない一介の町医者・ミレーヌ。聖女のような優しさを持った彼女は、次元にとっても忘れられない存在で……。

独創的なセンスで世界中を熱狂させるカリスマデザイナー・ギャビー。5年ぶりとなる新作ファッションショーで、なんと五ェ門がミューズに選ばれた！？　剣士としての飢えた目が琴線に触れたのだというギャビー。ファッションの世界でも武士道を貫く五ェ門は、慣れないモデル修行にも真剣に向き合っていき……？　サムライとデザイナー。二人の道が、今交差する。

『Lシステム』――それは、ICPO出身の天才エンジニア・リンファが作り上げた最強の警備システム。彼女はその真価を世間に証明するため、ルパンにあるゲームを提案する。舞台は、彼女がCEOを務めるワンティック・セキュリティーズ本社タワー。ルパンを阻むのは、何重にも張り巡らされた異常な量のセキュリティ！　前代未聞の不敵な挑戦に、ルパンは一体どう立ち向かう！？

オークション騒動以来のニューヨーク。退院したマティアと再会したルパンは、彼女が花屋を離れることにしたと知る。一抹の寂しさを感じつつ、ふと目にした新聞から「トモエ」の情報を入手――コトルニカ共和国の女性議員・ヘイゼルが、かつてトモエから教育を受けていたというのだ。トモエの生存を確かめるため、コトルニカに飛ぶルパン。しかしそこにはなんと、偶然旅行中のマティアがいた。

ヘイゼル殺害容疑で囚われた銭形。二党の対立は、コトルニカに疑惑と動揺を広める。ヘイゼルとの約束のため手を出さないルパン。銭形を救うのは、八咫烏とアリアンナの役目だ。――地元警察の妨害を受けながら捜査に奔走する二人。ディープフェイク事件が起こす「謎」の連鎖……。真実の裏に隠された、もう一つの深い嘘とは？

不二子の目の前に現れた、屈託のない輝く笑顔。彼女の名はアメリア――かつて不二子と組んで、共に盗みを働いた女。天性の愛嬌で人の懐に入り込む天才だが、作戦の詰めが甘いことが不二子の不興を招き、関係は長くは続かなかった……。そのアメリアが持ち掛ける、新たな誘い。不二子は溜息をつきながら車を飛ばす。真逆な性格を持つ、二人の泥棒のドライブが始まった。

穏やかな時が流れる島・ミトン。橋の故障で島に閉じ込められたルパンたちは、思いがけない休暇を過ごすことになる。暇をもてあそぶルパン一味の佇まいに、カフェで働く娘・ムルーは興味津々。夢見がちな彼女は、スケッチブックを片手に、ルパンたちの関係を勝手に妄想し始めた。そんな中、不二子は島に古くから伝わる人魚の伝説を聞きつけて……？

フィン・クラーク。極北の国・レヴォンランドへホームステイにやって来た、15歳の少女。彼女が知りたいのは、ママのこと。そして、顔も知らないパパのこと。「私のパパは誰？　16歳のママはなぜこの国で亡くなったの？」――雪に埋もれた家から、フィンは母親の記録を掘り起こしていく……。一方ルパンもまた、ネット上に転がるあらゆる記録を頼りに、何かを探し続けていた。

レヴォンランドで銭形と鉢合わせたルパン。銭形は、自分がマティアを追ってここへ来たこと、アリアンナがマティアに襲われたことを語る。衝撃的な事実を受け入れられず、困惑するルパン。だが、銭形が携えたアリアンナのボイスレコーダー……その録音を聞いた瞬間、ルパンの脳裏に浮かぶ、いくつもの言葉たち。それらはルパンの記憶を揺さぶる、美しい思い出の断片だった。

「狙った獲物は、必ず殺す」トモエのもとへ戻ったルパンに、暗殺者としての牙を剥くマティア。その眼差しには、自らの人生を呪う苦悩の色が映っていた。応戦するルパンだが――二人の対峙に割り込む、一発の銃弾。次元、五ェ門、不二子がそこに立っていた。「天下の大泥棒が聞いて呆れるわ。自分の意識を盗まれるなんて」――不敵に笑うルパンは、盗まれた「ルーツ」を取り戻せるのか？