Человеческая раса распространилась по всей Вселенной, создав огромное количество колоний на тысячах планет, численность населения превысила пятьсот миллиардов человек. Ресурсы оказались не безграничными и постепенно стали иссякать. Рождаемость падала, и люди решили вернуться на свою родную планету, но, к сожалению, планета не могла принять их всех. На этой почве разразилась война, которая получила название «Война за возвращение». Она продолжалась, пока однажды не создали правительство — «Коалиция Гая», которая объявила о том, что Земля священна, и никто не смеет на неё возвращаться. Земля стала чем-то далёким и недосягаемым, в то время как колонисты на умирающих планетах ждали своей кончины.

Однако космический пират Харлок с этим не согласен. На своем корабле «Аркадия» он грабил корабли корпорации на протяжении последних ста лет. Главный герой, агент главнокомандующего правительственного флота Эзры, вступает на борт «Аркадии» для раскрытия целей Харлока и его команды, но впоследствии начинает сомневаться в правильности своего решения.