En landsforvist prins, der lever under en ny identitet, bliver fængslet af militæret, men undslipper med hjælp fra en pige, som giver ham særlige kræfter.

Lelouch kontakter Kallen, en af de terrorister der dukkede op inde i Shinjuku, og fører hende sikkert væk fra Britannias hær.

Lelouch undersøger sin mors død. Tilbage på skolen opdager han en klassekammerats særlige kræfter. Suzaku bliver anholdt for mord.

Suzaku bliver anklaget for mord, men Lelouch hjælper ham med at flygte og forsøger at rekruttere ham som oprører.

Pigen med det grønne hår flytter ind hos Lelouch. Suzaku viser prinsesse Euphemia byen Shinjuku, hvor de stopper et mordforsøg.

Suzaku og Lelouch står over for Britannias elevers fordomme. En kat forårsager et chok, og Lelouchs far holder en tale ved prinsens begravelse.

Lelouch mindes sit sidste møde med sin far før sin forvisning. Da Cornelia lægger en fælde for at afsløre Zero, beslutter Lelouch at bygge sin egen hær.

Da et hotel og dets gæster beslaglægges af en japansk terroristgruppe, planlægger Lelouch en redningsmission og danner De Sorte Riddere.

De Sorte Riddere går efter et kartel, der fremstiller et populært og farligt stof – en kamp, der er særligt personlig for Kallen.

Lelouch og hans riddere følger med Cornelia og hendes hær til Frontens hovedkvarter, hvor Kallen forsøger at frembringe et jordskred.

Da De Sorte Riddere tager Narita, beordrer Euphemia Suzaku til at redde Cornelia, hvilket efterlader Lelouch midt i en trevejskamp.

Zero og hans indre cirkel mødes med en vigtig person i den japanske undergrund. I Tokyo fortæller Shirley Fenette Zero om en alvorlig krigsulykke.

Villetta opfordrer Shirley til i hemmelighed at følge Lelouch. Lelouch sprænger et fragtskib i luften og står så over for sin egen mulige undergang.

Lelouch følger med Shirley til Narita, hvor en såret Villetta bliver opdaget, og kraften bag Shirleys angreb på Lelouch bliver afsløret.

Villetta vågner med et delvist hukommelsestab. Da C.C. bukker under for Maos tankespil, kommer Lelouch til undsætning og lover ikke at lade sine kræfter styre ham.

Milly møder sin fremtidige mand. Da Mao kidnapper Nunnally, går Lelouch og Suzaku sammen for at redde hende, og C.C. tager sig af Mao.

Et kunstmuseum åbnes til minde om Clovis. Lelouch rekrutterer en ny Sort Ridder lige i tide til en kamp med Lancelot.

Suzaku bliver Euphemias ridder. Lelouch rejser ud for at fange Suzaku og Lancelot, men en krigsskibskommandør fra Britannias har en anden plan.

På Kamine Island bliver hemmelige identiteter afsløret, og gamle ruiner bestrider en fælde. Den kinesiske føderation hjælper den landsforviste japaner med sit angreb.

De indtrængende møder modstand fra Britannias hær. Nina hjælper ubevidst Euphemia. C.C. og Zero haster i kamp for at hjælpe Suzaku.

Ohgi, Villetta, Euphemia og Kallen skjuler deres identiteter til skolefestivalen, men da Euphemias bliver afsløret, kommer hun med en skæbnesvanger bekendtgørelse.

En diskussion om Japans fremtid går galt, da Lelouch mister kontrollen over sine kræfter, og han sætter Euphemia på en kurs mod en utænkelig massakre.

Euphemia forsøger at bekæmpe Geass, mens hun kæmper for at overleve. Zero annoncerer sin plan om at oprette en ny nation, og en revolution begynder.

Ashford Academy bliver hovedkvarter for De Sorte Riddere, da Suzaku udfordrer dem. Villettas hukommelse vender tilbage, og Lelouch møder Cornelia.

Lelouch finder ud af, hvad Cornelia virkelig ved om sin mors mord. Lelouch rejser til Kamine Island for at redde Nunnally og har et endeligt opgør med Suzaku.

Lelouch Lamperouge vender tilbage til sit sædvanlige liv som en doven elev og gambler, mens hans hukommelse er blevet slettet og fyldt med falske minder.

Lelouch får sin hukommelse tilbage og leder De Sorte Riddere, men efter at have stormet Babel-tårnet, bliver ridderne angrebet på ny.

Zero erklærer fødslen af De Forenede Japanske Stater, men Guilford truer med at henrette alle de fangede Sorte Riddere, hvis han afviser udfordringen.

Lelouch har to store problemer: Han skal flygte fra Rolo, som har til hensigt at dræbe ham, og han skal finde en måde at redde De Sorte Riddere på.

Zero genvinder Riddernes tillid. I skolen vækker Suzakus tilbagevenden stor interesse, så elevrådet planlægger en fest for ham.

De Sorte Riddere udfører et overraskelsesangreb og vender Zero ryggen, fordi han infiltrerede Nunnally i forsøget på at kidnappe hende.

Lelouch får krise. Nunnallys valg til guvernørgeneral i Område 11 ledsages af flere chokerende nyheder om hende.

Zeros beslutning om at arbejde i Den Japanske Specialregion skaber bekymringer blandt De Sorte Riddere. Lelouch opfører sig mærkeligt.

De Sorte Riddere er nu i Kina. Den kinesiske føderation er officielt styret af den ærværdige hersker Lihua.

Efter Zero har kidnappet Lihua under hendes ægteskab med prins Odysseus, starter en kamp til døden mellem De Sorte Riddere og Xing ke.

Belejringen i mausoleet ser ud til at tage en slem drejning for Lelouch. De kinesiske og Britannias styrker er overvældende.

Lelouch og Shirley mødes ansigt til ansigt. Drengen må også afregne for konsekvenserne af de misforståelser, der blev skabt ved at involvere Sayoko.

Shirleys hukommelse er kommet tilbage. Hun kan nu huske alt om Lelouch. Hun kontakter Suzaku for at afsløre Zero.

Efter et tragisk tab beslutter Lelouch at udrydde Geassens Kult, at rasere organisationen og tilintetgøre Rolo.

Lelouch har et opgør mod sin far, kejseren, og han står over for ham i en parallel verden. Det endelige mål er tæt på, men alligevel langt fra.

De Forenede Staters Føderation vil give Lelouch de midler og mænd, der skal til for at kæmpe mod Britannia på lige vilkår.

Lelouch spiller sit sidste kort, mens han forsøger at redde Nunnally: Han bønfalder desperat og ydmygt Suzaku om at hjælpe ham.

Lelouch og De Sorte Riddere, med hjælp fra Jeremiah og Guilford, modsætter sig knap nok Suzaku og de andre Riddere.

På grund af Lelouchs fravær mødes Schneizel, som er i en forfærdelig fysisk og psykisk tilstand, med lederne af De Sorte Riddere.

Marianne afsløres i sin sande form over for C.C., og Zero bliver erklæret død.

Efter at have fanget sin far er Lelouch nu ved at opdage sandheden om sin moders død, da hun pludselig viser sig foran ham.

Lelouch, som nu er kejser, ødelægger alt det, der indtil da havde repræsenteret Britannia med Suzakus samtykke.

Schneizel tager Damocles med op for at true hvert hjørne af verden med FLEIJA. Han er klar til at dræbe for at sikre fred.

Mens De Sorte Riddere trænger ind i Avalon og redder gidslerne, løber Lelouch ind i Damocles.

Lelouch bruger Geass og Nunnally og får nøglen fra Damocles. Takket være den og FLEIJA har han en magt, der ikke kan udfordres.