En landsforvist prins, der lever under en ny identitet, bliver fængslet af militæret, men undslipper med hjælp fra en pige, som giver ham særlige kræfter.

Lelouch kontakter Kallen, en af de terrorister der dukkede op inde i Shinjuku, og fører hende sikkert væk fra Britannias hær.

Lelouch undersøger sin mors død. Tilbage på skolen opdager han en klassekammerats særlige kræfter. Suzaku bliver anholdt for mord.

Suzaku bliver anklaget for mord, men Lelouch hjælper ham med at flygte og forsøger at rekruttere ham som oprører.

Pigen med det grønne hår flytter ind hos Lelouch. Suzaku viser prinsesse Euphemia byen Shinjuku, hvor de stopper et mordforsøg.

Suzaku og Lelouch står over for Britannias elevers fordomme. En kat forårsager et chok, og Lelouchs far holder en tale ved prinsens begravelse.

Lelouch mindes sit sidste møde med sin far før sin forvisning. Da Cornelia lægger en fælde for at afsløre Zero, beslutter Lelouch at bygge sin egen hær.

Da et hotel og dets gæster beslaglægges af en japansk terroristgruppe, planlægger Lelouch en redningsmission og danner De Sorte Riddere.

De Sorte Riddere går efter et kartel, der fremstiller et populært og farligt stof – en kamp, der er særligt personlig for Kallen.

Lelouch og hans riddere følger med Cornelia og hendes hær til Frontens hovedkvarter, hvor Kallen forsøger at frembringe et jordskred.

Da De Sorte Riddere tager Narita, beordrer Euphemia Suzaku til at redde Cornelia, hvilket efterlader Lelouch midt i en trevejskamp.

Zero og hans indre cirkel mødes med en vigtig person i den japanske undergrund. I Tokyo fortæller Shirley Fenette Zero om en alvorlig krigsulykke.

Villetta opfordrer Shirley til i hemmelighed at følge Lelouch. Lelouch sprænger et fragtskib i luften og står så over for sin egen mulige undergang.

Lelouch følger med Shirley til Narita, hvor en såret Villetta bliver opdaget, og kraften bag Shirleys angreb på Lelouch bliver afsløret.

Villetta vågner med et delvist hukommelsestab. Da C.C. bukker under for Maos tankespil, kommer Lelouch til undsætning og lover ikke at lade sine kræfter styre ham.

Milly møder sin fremtidige mand. Da Mao kidnapper Nunnally, går Lelouch og Suzaku sammen for at redde hende, og C.C. tager sig af Mao.

Suzaku bliver Euphemias ridder. Lelouch rejser ud for at fange Suzaku og Lancelot, men en krigsskibskommandør fra Britannias har en anden plan.

På Kamine Island bliver hemmelige identiteter afsløret, og gamle ruiner bestrider en fælde. Den kinesiske føderation hjælper den landsforviste japaner med sit angreb.

De indtrængende møder modstand fra Britannias hær. Nina hjælper ubevidst Euphemia. C.C. og Zero haster i kamp for at hjælpe Suzaku.

Ohgi, Villetta, Euphemia og Kallen skjuler deres identiteter til skolefestivalen, men da Euphemias bliver afsløret, kommer hun med en skæbnesvanger bekendtgørelse.

En diskussion om Japans fremtid går galt, da Lelouch mister kontrollen over sine kræfter, og han sætter Euphemia på en kurs mod en utænkelig massakre.

Euphemia forsøger at bekæmpe Geass, mens hun kæmper for at overleve. Zero annoncerer sin plan om at oprette en ny nation, og en revolution begynder.

Ashford Academy bliver hovedkvarter for De Sorte Riddere, da Suzaku udfordrer dem. Villettas hukommelse vender tilbage, og Lelouch møder Cornelia.

Lelouch finder ud af, hvad Cornelia virkelig ved om sin mors mord. Lelouch rejser til Kamine Island for at redde Nunnally og har et endeligt opgør med Suzaku.