Lelouch Lamperouge regressa à vida habitual de estudante preguiçoso e jogador, agora que a sua memória foi apagada e preenchida com recordações falsas.

Lelouch recupera a memória e lidera a Ordem dos Cavaleiros Negros. Após tomarem a Torre de Babel, os Cavaleiros são atacados por uma nova Frame.

Zero declara o nascimento dos Estados Unidos do Japão, mas Guilford ameaça executar todos os Cavaleiros Negros capturados se ele recusar o desafio.

Lelouch tem dois grandes problemas. Primeiro tem de escapar de Rolo, que tenciona matá-lo, para depois arranjar forma de salvar os Cavaleiros Negros.

Zero recupera a confiança dos Cavaleiros. O regresso de Suzaku deixa a escola inteira intrigada, por isso o conselho de estudantes organiza uma festa em sua honra.

Os Cavaleiros Negros levam a cabo um ataque surpresa ao Pacífico e viram as costas a Zero, que foi tentar capturar Nunnally.

Lelouch sofre uma crise. A eleição de Nunnally como governadora geral da Área 11 é acompanhada por mais notícias surpreendentes acerca dela.

A decisão de Zero de trabalhar na Região Especial Japonesa é motivo de preocupação para os Cavaleiros Negros. Lelouch comporta-se de forma estranha.

A Ordem dos Cavaleiros Negros está agora na China. A Federação Chinesa é oficialmente regida por Lihua, a venerável soberana.

Quando Lihua é raptada por Zero durante o seu casamento com o príncipe Odysseus, dá-se início a uma luta até à morte entre os Cavaleiros Negros e Xing ke.

O cerco ao mausoléu vaticina o desastre para Lelouch. As forças chinesas e de Britannia são avassaladoras.

Lelouch e Shirley defrontam-se. Lelouch terá também de lidar com as consequências do mal-entendido criado pelo envolvimento de Sayoko.

A memória de Shirley regressou. Ela lembra-se agora de tudo acerca de Lelouch e contacta Suzaku para desmascarar Zero.

Lelouch defronta o pai, o imperador, num mundo paralelo. O objetivo final está próximo, mas uma revelação deixa-o perturbado.

A incipiente Federação dos Estados Unidos providenciará a Lelouch os meios e os homens para combater Britannia em condições de igualdade.

Enquanto tenta salvar Nunnally, Lelouch joga a sua última cartada, implorando humilde e desesperadamente a Suzaku que o ajude.

Mesmo com a ajuda de Jeremiah e Guilford, Lelouch e os Cavaleiros Negros mal conseguem oferecer resistência a Suzaku e aos Cavaleiros da Távola Redonda.

Tirando partido da ausência de Lelouch, que se encontra em péssimas condições físicas e psicológicas, Schneizel encontra-se com os líderes dos Cavaleiros Negros.

Marianne revela na sua verdadeira identidade a C.C. e Zero é declarado morto.

Após capturar o pai, Lelouch está agora prestes a descobrir a verdade por detrás da morte da mãe, que subitamente se materializa perante ele.

Lelouch, agora declarado imperador, destrói tudo o que até então representou a Britannia, com o consentimento de Suzaku.

Schneizel leva a Damocles a uma elevada altitude para ameaçar o mundo inteiro com as armas de destruição massiva FLEIJA. Está disposto a matar para garantir a paz.

Enquanto os Cavaleiros Negros logram entrar em Avalon e salvar os reféns, Lelouch irrompe pela Damocles adentro.

Lelouch usa o Geass e Nunnally e obtém a chave da Damocles. Graças a isso e aos FLEIJA, o seu poder agora não tem como ser contestado.