호타루는 쓰러진 나루토와 우타카타를 보고 충격을 받아 눈물을 흘린다. 한편 야마토 일행은 기지를 발휘해서 아카보시 일당을 해치우는데 성공한다. 한편 우타카타는 거품으로 시라나미의 손을 잡아 인을 맺지 못 하게 만들지만 호타루의 상태는 더욱 안 좋아진다. 시라나미의 손을 풀어주지만 너무 방대한 자연에너지를 흡수한 호타루의 몸은 폭발을 향해가고 나루토는 호타루의 진실한 마음과 스승의 사랑을 항변한다. 기회를 보고 달아난 시라나미, 나루토는 시라나미를 잡으러 가고 우타카타는 옛날 스승이 자신에 살라고 한 말을 떠올리고 육미의 힘을 빌어 호타루를 구하는데 성공한다. 금지된 술법은 사라지고 우타카타와 함께 수행을 하러 길을 떠난 호타루, 우타카타는 안개마을의 츠루기일행을 만나러 잠시 길을 벗어나지만 그런 우타카타 앞에 페인이 나타나고 결국 우타카타는 페인의 손에 쓰러지고 만다.

이나리, 타츠나와 오랜만에 다시 만나 기쁨을 나누는 나루토와 사쿠라. 두 사람은 물의 나라 임무 직후에 말려든 사건을 회상한다. 약 3년전, ‘도망친 타조를 잡아 데리고 온다’라는 D급 임무를 마친 제7반이 들린 역참마을에는, 츠카토라는 남자가 원통하게 죽은 친척의 원수를 갚기 위해 범인(카타즈)에게 복수하려고 하고 있었다…

구름마을의 카루이, 오모이에게 사스케와 관련한 정보를 전달하라고 재촉 당하는 나루토. 두 사람이 스승을 생각하는 마음이 가득해, 한번은 정보를 전달 하였지만, 역시 동료를 내모는 일은 할 수 없다고 생각해 단념한다. 그 대신, 직성이 풀릴 때까지 때리라며 자청해서 말한 나루토를 항해, 사정없이 주먹으로 때리는 카루이. 저항없이 맞고 있는 나루토를 발견한 사이의 가슴 속에 있는 것은… 한편, 호카게가 된 단조는 5카게 회담에 출석하기 위해, 뿌리의 사람 중으로부터 농간의 호위를 부른다.

팔미 입수를 위해 찾아온 히사메와의 사투를 벌인 키라비. 미호의 차크라와 싸우지만, 대식가 사메하다는 다음으로 비의 차크라를 받아, 칼날이 거대해져 버렸다. 사메하다는 적대하는 자의 차크라를 빼앗아, 칼의 소유자인 스타미나 능력을 갖게 되었다. 사메하다로부터 강대한 스타미나를 받은 히사메는 ‘꼬리없는 미호’의 참다운 실력을 보여 주었다. 한편, 그 즈음, 도망간 단조를 쫓는 아오는, 단조 부하인 후가 건 무서운 함정에 빠지게 된다.

사이의 먹분신술로 사쿠라가 말하지 못한 진실을 들은 나루토 일행들. 사스케를 생각 해, 혼자서 사스케를 죽이는 걸로 결정한 사쿠라의 장렬한 각오에 나루토는 단지 말문이 막힌다. 그곳에 도착하여, 5카게 회담에서 일어난 사건을 대강 전해준 모래 삼형제, 가아라는 자신의 방침을 전하고, “사스케의 친구로서 나루토가 해야할 일”을 묻는다. 한편 그 즈음, 추격자로부터 급하게 피하는 단조 일행들 앞에, 갑자기 마다라가 나타난다.

나뭇잎 마을의 닌자 아카데미에서 학생들을 지도하는 시노는 학생의 질문에 대답하기 위해 자신이 아직 하급닌자였을 당시의 이야기를 시작하고 있었다. 언젠가 시노가 속한 제8반은 타켓인 도적닌자를 잡지 직전 이었지만 놓쳐 버린 일이 있었다. 그 원인 중 하나는 시노가 적에게 약점을 잡힌 것 이었다. 낙심한 시노를 걱정하는 키바와 히나타. 그런 셋에게 쿠레나이는 마을의 온천에 다녀오도록 지시한다. 온천에서 상처를 치료하면서 키바, 히나타와 열성적인 수업을 하고 서툴렀던 접근전도에도 대응할 수 있게 된 시노. 그럴 때 시노들이 놓쳤던 적이 가까이 있다는 정보가 들어온다. 그러나 자신의 부족함으로 임무에 실패한 것을 신경 쓰는 시노는 키바나 히나타의 동료로서 싸우는 것에 대해 아직 망설임이 있다.

나루토들은 바다에서의 긴 여행을 마치고 드디어 목적지인 섬에 도착했다. 드디어 왕두꺼비 선인의 예언에 있었던 문어를 만날 수 있다고 기뻐하는 나루토이지만 섬에 도착한 후 재빠르게 나타난 괴물 오징어에게 나루토가 잡혀 버린다. 그것을 도와 준 것은 낙지가 아닌 팔미의 인주역인 킬러 비였다. 킬러 비가 미수를 완벽하게 제어 한 인주력이라고 들은 나루토는 자신도 구미의 힘을 제어하기 위한 수업을 해 달라고 하지만 킬러 비는 딱 잘라 거절한다. 어쩔 수 없이 섬에서 일을 봐 주는 모토이에게 킬러 비의 수업에 대해 물어 보는데, 모토이는 나루토를 "진실의 폭포"라는 장소에 데려간다.

닌자도 7인방을 쓰러뜨리기 위해 분산된 소대의 하나, 오모이와 봉인반의 마키가 있는 부대는 예전에 대도 “사메하다”를 쓰는 스이카잔 후구키와 폭둔술사 가리를 마주친다. 그리고 가리와 싸우던 소대 대장은 돌연히 나타난 작둔술에 의해 목숨을 잃고 만다. 마키들의 앞에 나타난 작둔술사 파쿠라는 마키에게 있어서는 모래마을의 영웅이자 스승이었다. 안개마을의 닌자를 증오하며 조종당하고 있는 파쿠라를 막기 위한 마키의 싸움이 시작된다.