隨著地達羅先行一步，勘九郎便召喚出三個傀儡「烏鴉」、「黑蟻」和「山椒魚」速戰速決，然而各種眼花繚亂的傀儡攻勢，卻被保持原地不動的蠍在短時間內識破。勘九郎很快無計可施，蠍直接出手擊碎三個傀儡，聲言自己身為這些傀儡的製造者，因而洞悉竅門與弱點所在。身中劇毒倒地的勘九郎用餘力採集到蠍的衣服殘片後失去意識，蠍為了趕時間而饒其一命，聲稱「中此毒者、三日必亡」。這時，木葉村收到砂忍者村求援而得知事態緊急，綱手不得不取消原要為卡卡西班準備的D級任務，指派他們三人趕往砂忍者村進行援助及聽從對方指示，即使當時一部分人不放心作為曉目標的鳴人冒險去跟曉戰鬥。

小櫻回憶起自己與師傅綱手的艱辛修煉，學會醫療忍者必須無時不刻躲避對方的攻擊而提高生存幾率，在戰鬥中很快看出蠍的攻擊方式，將所有砂鐵柱體逐一打回去。雙方的激烈戰鬥使洞穴徹底坍塌，蠍耗費大量查克拉使用第三代風影的砂鐵界法，形成巨大規模的飽和攻擊而使小櫻身體多處擦傷，再加上砂鐵含劇毒之下很快不支倒地。隨著千代被石塊壓住而無法動彈，認為勝利在望的蠍放鬆警惕，操控傀儡衝向倒地的小櫻發動近身攻擊。然而小櫻卻突然起身，一拳打碎第三代風影傀儡。

面對大蛇丸持續言語挑釁，鳴人徹底憤怒而露出九尾查克拉外衣與兩條尾巴，一拳將大蛇丸擊至森林中。然而大蛇丸迅速爬起緩緩走回橋上，破爛的臉皮之下露出上一任轉生容器幻幽丸的臉。大蛇丸同時指出大和其實身為自己原先在木葉村進行的非法木遁實驗的實驗品之一，也是60名實驗嬰孩的唯一倖存者；大和身上因此獲得初代火影的DNA而學會木遁忍術，得以成為鳴人的監護者，因木遁能夠壓制九尾的力量。聽到大蛇丸提及佐助，狂怒的鳴人露出第三條尾巴。

被抓現行的祭認為自己只是服從命令，即使結果是造成木葉毀滅，三人只能先將他抓去外面審問。對於祭的冷漠態度，大和能有所理解，源於祭從小經歷過根用來抹殺情感、殘酷程度猶如「血霧之裡」的忍者試煉。小櫻歸還祭的畫集，以此認為祭心中仍然保留一絲情感。祭提及自己已見過佐助，不認為鳴人能成功將他勸回，鳴人卻自信地表示自己一定會救回「認可過自己」的佐助，即使拼上自己的性命。鳴人的一番話以及笑容滿面讓祭陷入深深的思索，然而兜此時發現祭從房間中消失。

鳴人在修煉過程中找上查克拉同樣是風之屬性的阿斯瑪，詢問有關風遁忍術的訣竅，觀摩阿斯瑪用自己專屬查克拉刀的示範指導下，大致理解風遁的性質變化。與此同時，綱手獲知火之國境內不少村落被毀，疑似是鄰國雨忍者村所為，因此指派阿斯瑪帶領第十班前去被毀的村落查實敵人的身份。綱手同時為卡卡西班安排由火之寺委託的盜墓調查之D級任務，由於卡卡西要去執行別的任務，鳴人只好暫停修煉，在大和帶領下隨同小櫻和祭踏上旅程。

暗部突然捉回擅自出村的段藏，包括捉回一名曾是木葉暗部的雨忍間諜達次。兩名顧問門炎和小春出面挑明達次同身為他們麾下的間諜，並證實雨忍者村與連續摧毀邊境村落無關，真正的始作俑者是盜走十二士遺體的四名盜墓賊。為了使綱手難堪，段藏看準時機指責綱手收留身體蘊藏恐怖力量的空，甚至認為必須剷除村子的「禍害」。這些話被一路尾隨阿斯瑪且躲在審訊處上方的空聽見，當在場暗部發現他並抓獲時，證實心中猜疑的空開始失去理智地發起攻擊，繃帶下的左手開始形成野獸爪子。遠處看到狼煙的鳴人到場幫空擋下暗部的順利將攻擊，縱使空倉惶逃離後回去見降土並與之聯手。晚間恢復傷勢的鳴人四處尋找空時，卻撞見他襲擊火影辦公室且試圖刺殺綱手。

木葉村各處進行修復期間，阿斯瑪來到自己的父親第三代火影·蒜山的墓前祭拜，回憶起年輕氣盛的自己還未能領悟「玉將」的真正含義，由此理解當時的自己為何始終得不到父親的認可。而卡卡西結束參與自來也的曉調查任務後回村匯報，準備陪出院的鳴人進行下一輪的風遁性質變化的修煉。而另一邊，飛段與角都準備捕捉身為二尾祭品之力的二位柚木斗，卻發現她能自如地控制體內尾獸的力量，乃至「尾獸化」而發起攻擊。然而經過一場激烈的戰鬥，原本勝券在握的柚木斗仍淪落為釘在墻上的瀕死局面；心臟被利樁捅穿的飛段平躺在一個「圓形三角法陣」的正中心，完成「邪神教」祭祀儀式後若無其事地爬起來，與坐在一旁、毫發無損的角都完成二尾的捕捉任務。

阿斯瑪小隊碰巧找到正確地點，共同對在外等候的飛段來一個出其不意的必殺戰術。然而，四人驚恐地發現要害被兩把刀刺穿的飛段竟沒有死，由此見識到真正的「不死之身」。角都衝出來後選擇靜觀戰局，同時看上值三千五百萬兩賞金的阿斯瑪，飛段在原地用血劃好法陣後決定獨自上陣。意識到敵我懸殊的阿斯瑪私下暗示鹿丸，自己打算採取「棒銀」戰術而獨戰飛段、堅持到最近的援軍趕到，讓鹿丸集中精力分析對方的不死能力。目睹飛段即將去攻同伴後，阿斯瑪奮不顧身跑去攔截，然而正好中計而被飛段用三刃鐮刀擦傷出血。阿斯瑪隨即發動大範圍的「火遁·灰積燒」，飛段卻先舔一口鐮刀上沾的阿斯瑪之血，隨後從容地回到法陣中心任由自己被焚燒…

幾近全軍覆沒的阿斯瑪小隊苦苦堅持三十分鐘才等到援軍抵達，井野和丁次負責營救與治療傷兵，另外兩名特別上忍雷同和青葉盡全力跟角都周旋。這時，曉首領召集全員封印二尾，飛段和角都僅能放棄懸賞目標而撤退。由於阿斯瑪身中四處致命傷，井野的醫療忍術於事無補。深知自己撐不下去的阿斯瑪，便對自己帶領的第十班成員分別交代遺言，同時作為最後的教導，將使命與「玉將」託付給自己最驕傲的學生鹿丸後，伴隨著最後一根香菸熄火而結束生命。

身體四分五裂的飛段落入坑中，用僅存的頭部奮力地狂吼，而鹿丸毫不猶豫地炸毀洞口使飛段永埋地下，撿回打火機後走出森林迎接趕來的小櫻和祭。另一邊的眾人目睹鳴人氣勢浩大的螺旋手裡劍，強大的風壓使角都提高警惕。但鳴人第一次進攻時卻維持不住忍術，撤回去後僅能再次製造影分身嘗試一次。角都因此將自身地怨虞的力量提升至最高，直接攻向最後面手持螺旋手裡劍的本體，認為破壞忍術則沒有威脅。然而角都卻發現自己被影分身矇騙，鳴人真正的本體則衝在最前方，迅速重造螺旋手裡劍而以背後偷襲形式給予角都重重一擊。遭到螺旋手裡劍直接命中的角都，身體猶如被無數風刃斬過而奄奄一息，而卡卡西等同伴不由得驚歎鳴人的成長。

卡卡西上前補刀使角都一命嗚呼，鳴人施術的右臂遭重創而受井野治療，眾人集體回木葉匯報任務圓滿完成。鹿丸經此一役學到全新價值以及「玉將」的真正含義，其代表著肩負著木葉村未來的孩子們，因此在阿斯瑪的墓前向有孕在身的紅發誓，自己會持續守護她與阿斯瑪的孩子，以兌現阿斯瑪的遺願。綱手查看被運回木葉的角都屍檢報告，獲知其身體因鳴人的螺旋手裡劍重創導致經脈盡斷，察覺到鳴人右臂上也遭到相同的輕微傷害，因此禁止鳴人再次使用新忍術。飛段與角都之死引起大蛇丸和兜的注意，兩人決定乘勝追擊，繼續削弱曉的力量。為了趕在木葉與曉之前搶先將尾獸的力量收入囊中，大蛇丸命令兜去傳喚自己麾下的晶遁使·紅蓮。

紅蓮震驚於自己的晶遁被攻破，第七、八班會聚後靠出其不意救走困入水晶牢中的雛田。搬運過程中不慎使水晶牢受損，但雛田卻平安無事地出來，源於她及時靠全身穴道釋放查克拉而形成保護層，讓眾人獲知晶遁無法將查克拉結晶化。兜親自帶領敗逃的紅蓮一行人回到湖泊上執行任務，命令麟兒四人看守周邊以防木葉一方接近。兜讓幽鬼丸服下大量藥，使他足以釋放比之前更大的查克拉，再由紅蓮製造「水晶六角柱」形成封鎖，準備捕捉湖中的尾獸·三尾。

為了讓幽鬼丸覺醒更多的力量，麟兒暗下殺手刺傷及時逃生的紅蓮作為「催化劑」。但幽鬼丸剛好耗盡力量，紅蓮被迫忍著傷痛以綿薄之力對抗三尾，發誓不惜性命保護幽鬼丸免受傷害。鳴人最先趕到戰場，但決定暫時阻止三尾為優先，與紅蓮找出三尾的眼部弱點後將其擊退。然而三尾因此被激怒而跳出湖面，當場將鳴人和紅蓮兩人吞入腹中後潛入回湖底，而力盡昏倒躺在湖邊的幽鬼丸，被後來趕到的卡卡西一行人救回去。

自小父母雙亡的大蛇丸受啟蒙恩師蒜山說過的有關「轉世」與「再生」的安慰話，從此引發對生命永恆的思考，乃至走上禁忌科學的道路，覬覦寫輪眼的力量卻遙不可及 只能選擇鼬的弟弟佐助以方便下手。時至今日，看似落敗的大蛇丸靠混入空氣中的毒液使佐助麻痺後趁機吞噬，在異空間之中進行轉生儀式。但佐助卻靠咒印增幅寫輪眼的力量反向侵蝕整片異空間，最終使大蛇丸無助地被反噬。外出取藥回來的兜目睹慘況，被佐助用寫輪眼幻術一睹看到大蛇丸之死的景象。

卡卡西安排八人小隊分頭行動進行大範圍搜索，每人各跟兩隻忍犬搜索佐助氣味並通報，而另一邊的佐助同樣命令小隊分頭行動搜集有關曉的情報。鳴人協同雛田與大和搜索時撞見前來接觸的兜，其為鳴人留下一本關於曉的情報作為「答謝」，並展示自己如今與已故大蛇丸「融為一體」的駭人模樣，走前表示等到自己修成正果會再碰面。與此同時，地達羅和鳶先找到獨身在外的佐助，由於不甘心佐助搶先殺死本要由自己解決的大蛇丸，地達羅決定就此與佐助過招。

深感不安的自來也為以防萬一，召出負責看管鳴人體內九尾八卦封印之鑰匙的蝦蟆寅，囑託牠看準時機將鑰匙交給鳴人以覆行第四代火影·波風湊的遺志。自來也懷疑湊死前之所以將九尾封入幼小鳴人體內，是源於發現九尾之亂其實是「人為導致」，因此希望鳴人有朝一日有能力對付這名「幕後黑手」。一切安排妥當後，自來也操縱著俘虜進入培因的高塔，一眼認出培因和天使大人的真實身份為自己曾經照顧三年、如今性情與樣貌大變的長門和小南，並獲知彌彥「已死」。培因表示自己統領曉收集尾獸是為開發某種足以毀滅一座國家的「禁術兵器」，準備將兵器平均分給各國起到威懾作用，藉此終結戰爭形成「永久和平」。自來也不認同他的瘋狂執念，下定決心打敗誤入歧途的弟子。

正當宇智波兄弟之戰告終時，木葉一行人仍被鳶耽擱在森林中，卡卡西察覺到鳶能使用強大的時空間忍術，使身體進入「虛化狀態」而穿透任何物理攻擊。絕隨即趕到匯報佐助勝利以及鼬戰死的結果，當場震驚木葉一行人，聞之大喜的鳶換回斑的身份，被卡卡西短暫注意到面具之下的寫輪眼後用時空間移動消失，搶在木葉一行人前抵達戰場帶走昏倒的佐助以及鼬的遺體。鳶幫佐助療完傷，以斑的身份做自我介紹並準備亮相面具下的寫輪眼，然而此舉觸動鼬死前設在佐助寫輪眼中的天照。鳶險險避開這一擊，斷言這是鼬為防止自己對佐助交代「真相」所採取的保險措施。當佐助疑惑鳶提及的「真相」時，被鳶親口告知鼬的所作所為都是為了保護他這個弟弟。

如同鳴人所預料，村民和村長因恐懼身上藏有恐怖禁術的螢，不惜將她出賣給埋伏在村子裡的盜賊團。螢靠機關卷軸逃出村落，但無法逃出盜賊四人的包圍網，所幸毫髮未傷的羽高及時前來救走螢，使盜賊團再次空手而歸。當兩人逃到森林中一座小溪邊時，突然受到四名霧忍者村暗部的偷襲，其指名道姓要求羽高跟他們回去霧忍者村。由於羽高不肯順從，對方不惜抓螢為人質進行脅迫，直到鳴人、祭與大和及時趕到發展為三方打鬥。

鳴人被深作告知學會仙術必須是要在完全靜止狀態下，吸收一定量的自然能量才能使用，但若吸收過多則會淪為青蛙而石化。為了使鳴人能迅速掌握，深作將妙木山的蝦蟆油塗在鳴人身上，加上鳴人靠影分身以縮短修煉時間。鳴人起初修煉坎坷，但很快就找到訣竅而順流而上，深作佩服鳴人比自來也學習得更快。深作同時將自來也的首作《堅毅忍傳》交給鳴人，而鳴人閱讀後獲知自己名從這本小說的主人公，並理解自來也的用心良苦。另一邊，培因六道與小南準備進攻木葉捕捉九尾，而先前被自來也殺死的培因則以新的女性身體行動。鳶傳喚鬼鮫和絕開始封印被佐助捕獲的八尾，但三人封印到一半才發現該八尾只是一截觸角分身，意識到佐助並未成功捕獲本體。

卡卡西發現任何攻擊在培因天道面前都無所遁形，察覺到他身邊不但被某種斥力保護，還能以自身為引力奇點發動「萬象天引」，將周圍的人或物體吸附過去。而修羅道同時現身形成一對二局面，險險避開一擊的卡卡西伴隨丁次父子共同作戰。天道僅憑一發「神羅天征」當場彈飛周圍的援軍與攻擊，卡卡西觀察到天道發動術需有五秒的緩衝間隔，三人瞄準此空檔發動奇襲，但即將消滅天道時卻不幸被修羅道擋下。偷襲失敗的卡卡西雖然用萬花筒空間瞳術躲過培因的致命一擊，但被迫耗盡枯竭的查克拉、最後一次使用空間瞳術掩護丁次逃跑，也因此順利為綱手傳達天道的情報。使命完成的卡卡西力竭而死，在來世中看到湊、帶土及凜的身影，直到最後與亡父佐久茂重聚。

培因意圖靠餓鬼道吸走鳴人的仙術查克拉，而鳴人靈機一動誘使餓鬼道吸收過多自然能量而淪為青蛙且石化。但天道卻將正要配合施展蝦蟆臨唱幻術的深作吸附過去刺死，沒來得及救他的鳴人被天道用黑棒釘死雙手、動彈不得。面對鳴人的怒罵，培因訴說自己的「暴行」源於家鄉雨忍者村歷年來淪為火、風、土三國的戰場而千瘡百孔，造成自己與同村難民受盡凌虐、家破人亡，總結戰爭只會給受害者帶來永無止境、聯繫雙方的「憎恨」。隨著鳴人不知如何看待憎恨而啞口無言，培因表示唯一的方法是靠自己即將完成的尾獸兵器，藉以靠恐懼來抑制戰爭形成永久和平。而同時，身為培因本體的長門藏身在小南的紙樹中，身處大型機關上遠程發送信號操縱培因完成使命。

趕回村子的凱班及時營救重傷卻倖存的雛田，讓她在小櫻的全力救治下平安清醒，而眾人同時被活蝓傳達鳴人勝利以及即將去找培因本體的消息。而鳴人前去路上遇到同樣破解培因身份謎團而全力尋找的鹿角和亥一，表示自己要去找培因進行面對面交談，即使受到亥一的反對、但鹿角決定像兒子鹿丸一樣相信鳴人。而鳴人最終找到本體藏身的紙樹，會見自己的師兄姐長門和小南。見到殺死師父、老師及大量同伴的仇人使鳴人一度控制不住憤怒，抵抗長門的查克拉控制後一拳衝上去，但最終回憶起師父自來也以及父親湊說過的忠言而克制住憎恨，決定問出與自己同身為自來也弟子的他們淪為如此的起因。長門被鳴人的舉動所折服，決定跟他分享自己的故事。

隨著長門發動輪迴天生之術，木葉村中戰死的忍者們開始一個接一個復活，其中包括在來世與亡父達成理解、撫平遺憾的卡卡西，伴隨著深作、靜音等其他死難者一併清醒。此舉使長門耗盡生命，臨終之際將使命交託給師弟鳴人。小南將長門與改造成天道的彌彥的遺體帶回雨忍者村安葬，走前表示自己會脫離曉、並為鳴人造出一束紙花以支持鳴人的理想。鳴人在森林中為師父自來也造一座墓，並留下紙花與忍傳以示紀念，折返回村期間幾近累到的他被卡卡西背回村子。鳴人剛一回去就受到全體村民的熱烈迎接，以及同伴們的擁抱與鼓舞，經此一役正式成為「木葉的英雄」。群眾中的伊魯卡欣慰現在的鳴人實現第四代火影的遺願，最後伴隨村民集體高舉鳴人歡呼。

第七班三年前曾由佐助帶頭受貓婆婆委託尋找一頭巨大貓又的爪印，以補全佐助自小起開始收集的爪印收藏系列，而貓又當時全力以赴與佐助對打，暗中兌現曾與鼬立下的承諾。

佐助帶領鷹小隊奔往木葉期間經過一座亭子，讓佐助回憶起自己三年前離開木葉之前，曾從敵國叛忍手中救過一名身為大名親戚的公主，而那次任務也導致佐助開始深陷黑暗之中。

小櫻抱著殺死佐助的決心，伴隨牙、祭與小李踏上旅程，首先在鐵之國找到鳴人一行人。她本想告知鳴人關於眾人的決定，卻又不忍心傷害鳴人而對他上演一段「告白」；原意是想讓鳴人放下她們之間無法兌現的約定，並圓滿鳴人長期對自己的好感。然而鳴人識破小櫻是刻意演戲來掩飾內心，加上此前從鳶口中獲知的宇智波真相，即使難以啟齒卻仍表示是自己想救佐助、並不是為別人。小櫻只好作罷而轉身離去，暗中帶領牙一行人繼續追蹤佐助。而四影們隨著會談上取得的成果而各自回村通知備戰，大軒折返途中開始思索我愛羅講的話之真正用意。另一邊，殺人蜂在一片雪林跟阿三師傅學演歌時被前來的鬼鮫打斷，其由鳶指派前來捕回八尾。

面對處在自我毀滅邊緣的佐助，鳴人表示自己知悉鼬的真相、因而能理解他的所作所為。但佐助不屑同伴舉手相助，親口承認自己不久前殺死段藏，還揚言會繼續血洗木葉。鳴人沒有用言語回答，而是用螺旋丸衝向手持千鳥的佐助。以攻擊為交流方式的兩人隱隱約約重現三年前在終末之谷的交鋒，鳴人表示自己兒時曾經也想過報復對他冷眼相待的木葉村民，若沒有伊魯卡乃至第七班的陪伴，極有可能會走上跟佐助一樣的路。加上他與佐助在孤獨方面是同類人，因此默默將佐助視為嚮往的目標。

鳴人、大和、阿凱、青葉因為不習慣搭船，全都暈船了。尤其是阿凱暈船的情況最為嚴重，一行人於是決定先到附近的無人島上靠岸。鳴人們在那座島上遇到了小櫻、井野與丁次。因為這座島是藥用植物的寶庫，小櫻一行便在綱手的指示下前來採草樂。鳴人決定在阿凱休養的期間，幫忙小櫻他們採草樂，但是卻在到達指定地點後遲遲採不到藥草。因為藥草已經被一個名叫紅州的小國商忍們採走了。然而小櫻他們也不能因此空手而回，但擅長做生意的商忍們，似乎是用盡所有方法趕在小櫻他們前面，先將草樂採走。

為了與暴風雨奮戰，鳴人動員影分身幫忙處理大量的工作，在一直得不到休息的情況下，分身們決定要綁架鳴人，要求改善工作環境與待遇。面對鳴人被俘的狀況，大和、青葉與阿凱這些上忍們，只好展開救援作戰…

航程最後的補給地就在眼前，船行至此雖然可以暫時放心，但最近有種連查克拉都能拷貝的變身之術，於是大和還是慎重地提醒大家不可掉以輕心。就在當天晚上，阿凱在半夢半醒之際，竟然看到了本該待在木葉村內的卡卡西。

小南施展「神之紙者之術」阻止鳶逃入時空間，並瞄準鳶僅能維持五分鐘的虛化能力，靠足足六千億張起爆符設下長達十分鐘的爆炸。但絕境中的鳶被迫靠左眼上的備用寫輪眼、加上自身的千手力量使出伊邪那岐改寫自己被殺的現實，重新出現在查克拉耗盡的小南身後給予致命一擊。小南無法置信對方的強大，萬念俱灰之時突然目睹雨過天晴、甚至出現難得一見的彩虹，由此重獲希望與信念而做出最後的抵抗。鳶對小南施展致命幻術，獲知長門遺體下落後順利摘走輪迴眼。小南為捍衛希望而葬身海面，其中一張被鮮血染紅的折紙自動飛回她與彌彥、長門和自來也相處三年、如今雜草叢生的小屋中，覆蓋在代表「回家」的青蛙牌上，以此兌現她們師徒四人有朝一日回家團聚的承諾。

鳴人得知佐助逃跑出村直接加入佐助奪回小隊意圖將他勸回，起初誤以為佐助只是一時想不開，然而在終末之谷最終追上佐助時，卻發現佐助的樣子跟自己一直以來想像的大相徑庭。受咒印增幅影響的佐助，無論是行事與為人變得暴戾，與爆發九尾力量的鳴人經過一番激烈的戰鬥後，在戰後昏迷的鳴人身邊留下自己的護衛，前去投奔黑暗而與鳴人正式分道揚鑣。

再不斬帶領三名血繼限界忍者、冰遁·白、灼遁·羽藏、爆遁·狩偷襲在空中偵查的祭與重，而卡卡西帶領第三部隊及時趕到，也剛好與再不斬與白這對宿敵重逢。再不斬被卡卡西告知自己死後發生的事情，以及當年擊敗他們的鳴人因他們而確立忍道、乃至成長為英雄一事，然而轉眼間就集體開始被兜抹殺人格以全力應戰。意識彌留之際，白被卡卡西告知自己被再不斬視作「重要之人」，讓白感動落淚且撫平遺憾。隨著再不斬使用霧隱之術籠罩整片森林，伴隨著白一同發動無聲息暗殺。而一波未平一波又起，羽藏與狩服從兜的指示當場召喚出另外六名穢土轉生亡者，卡卡西驚恐地發現對方身為「先代忍刀七人眾」；使包含再不斬在內的七人全部集齊。

本集作為當時上映的《火影忍者劇場版：忍者之路》聯動集，內容講述來自「限定月讀」平行世界中的小櫻無意間穿越到現實世界，以失憶狀態結識不熟悉的同伴與小櫻的真正父母而引發的一系列風波。

隨著聯軍面對白絕滲透的威脅，第八班的牙、志乃與雛田受令前去調查白絕用來入侵的一座洞穴，但三人在洞穴裡被白絕設的陷阱沖散，回過神來後同樣陷入敵我不分的窘境。經過隨機核實過彼此的身份與信息後，機智的志乃自導自演一場苦肉計，誘使正在冒充雛田的白絕自行暴露，兩人殺死冒牌貨後救出真正的雛田，斷言敵方是從被俘的大和記憶中獲知他們的個人信息。

在綱手治療期間，軒猿衆全員在外埋伏等待時機，計劃藉此對雲忍方面進行敲詐；基於雷影自己也身中肉眼不可見的爆裂蟲。因綱手仍受恐血症影響，被迫由靜音出面完成手術，並告知雷影關於綱手的陰影由來。隨著卡拉伊體表的爆裂蟲被成功取出，最終使軒猿衆罷手離去，雷影也因此欠綱手一個恩情。如今，相繼走出陰影的綱手與雷影都將賭注放在鳴人和殺人蜂身上。

鳴人和殺人蜂奔往戰場時巧遇鼬與長門，兜便專心操縱兩人進行攻擊。雙方戰鬥一觸即發，鼬被鳴人告知關於佐助已與斑狼狽為奸，意識到自己生前的佈局均失敗。長門以畜生道力量召喚出多隻通靈獸，鼬看準時機展露自己的萬花筒寫輪眼，呼應出自己死前置於鳴人體內的「力量」；該力量實為宇智波止水的寫輪眼，靠足以改寫他人意志的強大瞳術「別天神」，再以「守護木葉」的指令使鼬脫離兜的控制而恢復自由之身。鼬表示別天神原是要為誤入歧途的佐助所準備，才將力量寄宿於必定會去阻止佐助的鳴人體內作為「雙重保險」。鳴人感謝鼬信任自己，表示會靠自己的力量阻止佐助。但這時，兜全力操縱意識被抹殺的長門使用培因六道的力量，意圖將八尾與九尾先收入囊中。

兜企圖竊取醫療部隊掌有的特殊遺體卷軸以竊取聯軍重要情報、順便加以利用當中的部分遺體，靠穢土轉生復活三年前偶然發現毀滅木葉計劃而遭到滅口的月光疾風。兜為疾風講述這三年來的所有經過後，控制疾風與另外兩名穢土轉生忍者攻入醫療營搶奪卷軸。然而身在醫療營支援的前木葉暗部卵月夕顏，一眼認出自己的已故戀人疾風，一時無法下手而眼睜睜地看著疾風帶著卷軸逃之夭夭。

兜為了爭取更多時間而釋出自己四處收集個人信息物質時、用穢土轉生復活的大量失敗作品，聚集來自不同忍者村、實力一般的已故忍者組成「穢土轉生聯合軍」。大部分亡者被輕易封印，儘管少數人得以與聯軍之中的家人重逢。僅剩的三人由實力最強的油女斗留音帶領，試圖解開第三代雷影的封印，卻仍遭到手鞠等大量聯軍干預而失敗。最後剩下的斗留音則服從兜的指令，奔往別處實行後備計劃。

鳴人、我愛羅、手鞠、土台、大軒等少數忍者在斑的攻擊中僥倖生還，卻很快面對斑的樹界降臨。情急之下，不甘願落入斑之手的九尾勉強助鳴人一臂之力，供給查克拉讓鳴人全力抵消樹界降臨。身在本部坐立不安的綱手決定伴隨雷影參戰，兩人冒險靠馬布伊的天送之術迅速抵達戰場；另一邊保護大名的照美冥伴隨長十郎成功戰勝黑絕，同樣靠玄馬小隊共同使用飛雷神之術抵達戰場。齊聚一堂的五影史上首次攜手共戰，與斑展開一場旁人無法企及的激烈戰鬥。鳴人希望助五影一臂之力，但五影們堅持由他們對付斑，並將對付鳶的使命託付給鳴人，表示守護忍界未來的成敗在此一舉。被五影給予厚望的分身鳴人答應會贏後消失，鳴人本體則與鳶正面交鋒。

綱手再次解放陰封印全力發動創造再生，以賭命的形式伴隨其他四影對斑發動輪番攻勢，然而斑暗中施展木遁分身迷惑五影，躲入地底靠須佐之劍刺穿綱手。但經受致命一擊的綱手卻迅速起身，以創造再生迅速復原傷勢。原以為穩站局勢的五影，卻緊接著面對斑釋出的二十五個實力接近本體的木遁分身，形成二十五對五的局面。鼬事先靠長門的逆向感應而找到兜藏身的鐘乳洞，而兜仍得意洋洋提醒鼬關於該術一旦術者死去則無法停止的忠告，加上堅持尾隨鼬的「戰利品」佐助自行送上門，認為自己已勝券在握。鼬自信地表示穢土轉生的一大風險則是能夠逆轉局勢的自己，而佐助決定在解開自己的內心疑惑前，先與鼬達成共識聯手對付兜。

卡卡西抑制住內心的慌亂而陪鳴人發動新一輪攻勢，耗費巨大查克拉用神威偷偷將鳴人的一個影分身送入時空間。對此渾然不知的鳶從容地進入時空間躲避尾獸玉，卻緊接著面對被卡卡西的神威送進去的影分身。避無可避之下，鳶的面具被螺旋丸徹底擊碎，乃至在眾人面前露出讓卡卡西無法置信的真容，曾經捨身救己的前戰友兼木葉英雄「宇智波帶土」。然而物是人非，帶土早已拋棄原先的名字與成為火影的理想，取代而之的則是一個瘋狂的執念，還聲稱自己會淪為如此是源於卡卡西對凜「見死不救」。面對曾經教會自己「重視同伴」、如今卻判若兩人的帶土，使卡卡西頓時不知如何是好。就在這時，斑結束與五影的戰鬥來到眾人面前，還與帶土同惡相濟。

甲的存在讓卡卡西深入調查罕見木遁血繼限界，獲得蒜山授權來到機密文檔庫獲知，木葉曾試圖盡全村之力針對僅初代火影·千手柱間擁有的木遁展開研究與實驗，表面上因大批實驗受試者犧牲而被立行終止，然而暗地裡卻疑似有人在村內和村外連續擄走平民及嬰兒私自進行該非法人體實驗。了解真相的卡卡西將段藏安排的刺殺行動如實匯報給蒜山，隔天由自己假扮蒜山親自阻止刺殺進行，最後將參與暗殺的甲放走，也希望他能回心轉意。原以為高枕無憂的段藏直接被蒜山抓到現行，然而蒜山最終以村子的未來為主而既往不咎、以示警告，並提醒段藏能時刻認清他們倆之間「一光一暗、缺一不可」的關係。卡卡西同樣被蒜山諒解而重新調入火影直屬暗部，並提報甲的存在。

止水之死並沒有遏制宇智波政變的進行，鼬以13歲的年齡當上暗部分隊長，並將宇智波政變的消息如實上報給木葉高層，寄希望村子能和平解決衝突。然而面對毫無對策的蒜山、主張先下手為強的段藏、再加孰不可忍的宇智波一族即將發動革命，逼迫鼬最後決定一人擔起責任，與段藏私下達成協議，暗中伴隨統領曉的「面具男」聯手殺光父母在內的全族後「叛離」木葉。蒜山率領眾暗部首先趕到據地回收所有遺體，憤而撤去段藏的火影輔佐一職，命令他解散根組織且關罰禁閉。鼬暗地裡警告段藏不准傷害佐助，並得到蒜山針對守護和平而私下表示謝意。事件過後，經過凱、阿斯瑪和紅的聯合請求之下，蒜山將卡卡西調離暗部，並任命為擔當上忍。

柱間和斑最初在混亂無序的戰國時代中以打水漂的形式相識，由於當時各家族之間彼此忌憚、爭鬥不斷，兩人在沒透漏家族姓氏的情況下，成為一對擁有相同想法的知己，一段時間下來幾乎無時不刻地聚在一起玩樂、思考未來，乃至坐在岩壁上產生「建立忍者村、實現和平」的想法。在當時忍者平均壽命不到三十歲、孩童接連在戰場上夭折的慘況下，柱間的兩個弟弟板間和瓦間相繼戰死、而斑則失去過三個兄弟，縱使兩人決定實現理想以保護各自唯一僅剩的兄弟。然而經過一次打水漂各回各家後，柱間卻被父親佛間告知斑來自於千手一族不共戴天的宿敵宇智波一族，命令柱間隔天見面時設陷阱將其引出後殺死，導致無法對摯友動手的柱間陷入兩難困境。

在這則原創特別篇中，曉組織闖入大蛇丸的一處因實驗意外而遺棄的研究所中，重啟大蛇丸的科學實驗作品並輸入「搶奪九尾」的指令。該實驗作品闖入木葉村尋找目標，讓眾人發現實為一架機械化的機器鳴人，不但全副武裝、甚至能吸收鳴人的九尾查克拉，迫使鳴人的同伴與上忍們聯合起來，幫忙爭取將鳴人送出村躲避的時間。

帶土接著回想起自己曾在凜的幫助下勉強撐過中忍考試，努力修煉與身為天才的卡卡西競爭，慢慢變強追上他以獲得凜的青睞，並深知凜無論如何都會「好好看著他當上火影」。而如今，帶土逐漸開始表現出懊悔的樣子，鳴人繼續指出帶土之前靠意志戰勝十尾源於不想割捨掉湊班的回憶，以此作為突破口讓帶土重新回想起曾經的身份與夢想，並以凜說過話來勸服帶土「無需用逞強來掩飾自己」。鳴人最後對帶土伸出援手，奉勸他回頭是岸。

第一場限時30分鐘的筆試由鹿丸擔任監考官，為了考驗每組隊伍的團隊精神以及勝任隊長的資質，首先將各個三人小隊分別拆分至三間不同的隔音密閉教室，並在試卷上準備不同分的三個問題，表示會以三人小隊的總分與整體平均成績判定；無論是總分過高或是低於平均成績都不合格。如此另闢蹊徑的安排一時讓所有考生不知所措，由於不知身在別間教室的同伴會如何作答，在難以聯繫上同伴的情況下只能各自另想辦法。

在對決中，小李吃力地抵抗拳速和防禦更勝一籌的紫羅，而寧次看出紫羅利用自身的體術查克拉、利用貓頭鷹原理而發動悄聲無息的攻勢。即將不敵的小李情急之下回憶起自己的訓練及凱教導的動腦筋，硬是防住紫羅的攻勢且直開八門遁甲的第三生門。而紫羅同樣打開相似於八門遁甲的自創招「七天呼法」，靠增大肺活量而使全身活性化。小李不得不開到五門才取勝，但紫羅也因此對小李刮目相看。與此同時，我愛羅隱約察覺到楓的祭品之力身份。

小櫻、井野和丁次一路上不慎丟失水和食物、加上還未集齊卷軸而陷入進退兩難的境地。三人隨後遭遇一隻巨大毒蠍襲擊，小櫻奮力一拳打死毒蠍，卻也讓手留下傷。井野用自己努力學會的醫療忍術治療小櫻時，回想起自己為了和鹿丸和丁次並肩而行，為了盡快確定自己的位置而同樣拜綱手為師的艱苦學習過程。與此同時，由雨乃、光司與志志雄組成的砂忍醫療小隊，感知到她們三人的所在位置而決定奪取卷軸。

帶土用最後的瞳力將小櫻安全送回現實，無力還擊之下落入斑之手。當斑發現帶土心臟上原先由自己種下的控制符咒、已被帶土先前借卡卡西之手而摧毀時，冷笑道帶土和凜都是靠「相同的方式」摧毀心臟上的符咒。帶土聽完後恍然大悟，得知是斑一手策劃凜之死而導致自己淪為他的棋子，絕望又無奈之下被斑奪回左眼。在現實，鳴人、佐助和小櫻在卡卡西面前齊聚，鳴人還靠陽遁幫卡卡西植回左眼而恢復健全。斑此刻伴隨已無生命體征、由黑絕控制的帶土返回現實，利用輪墓邊獄外加多顆地爆天星爭取時間，一人飛往空中對著月亮、遵從宇智波石碑上記載的詳細步驟，在額頭上開啟用來實現無限之夢的「月之眼」。在第七班和眾聯軍阻止不及的情況下，斑結完印正式發動無限月讀。

無限月讀時隔千年再次發動，穿透一切物體的耀眼光芒瞬間普照大地，使戰場上的眾聯軍、包括世間所有人與動物全部難逃劫數。所有中術者瞬間陷入永恆的幻術中，斑緊接著遵從步驟使用神樹界降臨，所有中術者被神樹鬚條如同蛹一般地包裹起來。唯獨逃過一劫的人只有第七班全員，其被佐助靠特殊的完全體須佐保護，另外包括身為穢土轉生之軀的歷代火影。蒜山同時找到失蹤至今的大和，其從操縱木遁觀音像的漩渦白絕內釋放出來，但大和剛被釋放出來沒多久就一同受困於無限月讀幻術中。大和在夢中回想起自己的過往，以及自己加入第七班起的一系列失敗。但在無限月讀的夢境中，大和帶領第七班戰勝一個又一個強敵，乃至被推選為第七班的新領袖而找到歸屬。

寧次驚訝地發現面具男竟有白眼，得知他遷怒於木葉村墨守陳規、不顧及他人性命與想法而「一成不變」的現況。面具男緊接著為兩人展示日向事件的全貌，以及寧次的父親日差憑藉自身意志而做出的「自我犧牲」，諷刺他僅是自欺欺人般的淪為村子的替死鬼，因此企圖拉攏寧次聯手藉由外力來改變村子現況。另一邊，鹿丸和彌彥兩方聯手營救成功，讓兄弟倆回到母親的懷抱中，但兩隊最終因意見不合而分道揚鑣，但仍開始對彼此改觀。

面對根組織的四大精英前來阻攔，鳴人一行人不得不以「一對一」的形式相繼留下來抵擋追兵，以此確保能順利追上佐助。當鳴人、鹿丸和寧次找到佐助前進方向時，只剩紅豆和祭窮追不捨。另一方面，沉寂三年的曉組織在蠍的帶領下，開始四處擴充軍力與資源以征服忍界。為了達到目的，他們三年前靠地達羅的爆炸摧毀彌彥所在的村莊，並將罪名嫁禍給木葉村，以此煽動悲憤的長門和小南加入麾下。長門將彌彥的遺體改造為培因，準備對木葉實施復仇。

以失去同伴為契機而開啟寫輪眼的鼬受到父親讚揚，即使鼬心裡不滿父親完全不顧自己的心情，但還是故作一副謙虛的樣子。鼬隨後與身為上忍的止水搭檔，在死亡森林中進行回收卷軸、追蹤「逃亡者」的演習，期間驚歎於止水更勝一籌的實力與追蹤術，並從止水身上學到要從不同角度看待事物的深刻道理。而當夜間宿營時，鼬和止水碰巧牽扯進一名火影直屬暗部與三名根成員的情報爭奪戰，止水控訴根不擇手段的方式，強調「憑藉暴力維持的秩序不算真正的和平」。鼬決定與止水並肩作戰，兩人都靠實力和智取擊敗三名對手，並對上級隱瞞戰鬥的經過。經此一役，鼬決定追隨止水的腳步，很快以11歲的年齡加入暗部，成為一名「在黑暗中支撐和平的無名者」。

輝夜不滿兒子羽衣違逆自己，狂怒之下決定奪回屬於自己的力量，用瞳術控制羽村而讓他們兄弟相爭。但羽衣靈機一動而對羽村造成致命傷使其清醒，再用蝦蟆丸賜予的一張仙術符使羽村復原傷勢、一同獲得仙術力量；羽衣還靠此覺醒輪迴眼。兄弟倆聯手大戰輝夜持至數月，神樹同時受輝夜呼喚而暴走變成十尾大肆破壞，漫長的戰鬥直到羽衣和羽村看準時機，聯手施展「六道·地爆天星」將輝夜封印、形成月球。羽衣戰後將十尾查克拉分成九隻尾獸，而羽村決定前去月球守護封印。但兄弟倆卻未注意到輝夜封印之際製造出黑絕，其生來便賦予復活母親輝夜的使命而躲在暗處行動、篡改六道仙人石碑、假扮成斑的意志並促使其復活等等，進而「操縱」忍界千年歷史。

羽衣原希望阿修羅和因陀羅能互助彼此，但不服氣的因陀羅執著地認為同樣能靠「自己的力量」建立完美秩序，受黑絕誘惑而就此走上極端，忍痛殺死兩名忠誠弟子而開啟萬花筒寫輪眼。因陀羅以完全體須佐能乎襲擊家鄉，意圖摧毀父親建立的一切。然而阿修羅靠一年的修行以及從父親身上繼承的六道之力，並在村民的互助下施展木遁·真樹千手一舉摧毀須佐。敗在「羈絆的力量」手中的因陀羅從此離開忍宗、自立門戶，數十年後回到即將壽終的羽衣面前揚言，自己的無數轉世者們會戰鬥到忍宗毀滅為止。為了與其抗衡，阿修羅向臨終的父親發誓自己也會一同轉世下去。而兄弟倆的轉世者們無止境的宿命對決，如今來到鳴人和佐助這一代，但羽衣堅信他們能結束這漫長的因緣。

鹿丸考慮給鳴人和雛田安排一個溫泉蜜月旅行，但在街上偶遇手鞠後，便與她尷尬地走訪村外的溫泉旅館。而手鞠誤以為是鹿丸即將為他和自己準備的「蜜月」，後來得知掃興的真相後扇出一陣龍捲風「招呼」鹿丸。井野和小櫻共同看上一個鏡框，互不謙讓之下以做軍糧丸的廚藝比賽來決勝負，但最後造成當裁判的丁次血糖過高而昏倒，使她們二人全部放棄而另找更合適的鏡框。