經過長時間的渡海，鳴人一行人抵達雲忍者村海域中央的一座被巨型猛獸盤踞的「樂園之島」，而島上的惡劣環境跟鳴人所想像的大相徑庭。尾獸化的殺人蜂親自前來接待客人，使鳴人初識這名能完美控制體內尾獸力量的八尾祭品之力。只顧玩樂休閒的殺人蜂不情願幫忙教導鳴人，而鳴人只好在島的看守者雲忍基的指引下，靜坐在能反映出內心的「真實瀑布」前，在精神世界中見到瀑布中映出的另一個自己，其源自鳴人成為木葉英雄後、因為一時難以接受村民的態度轉變所產生的自我懷疑。由於使用的招數均相同，鳴人無法將其擊退，一籌莫展之下返回現實，被基告知若想戰勝尾獸則必須先戰勝自己，通不過這一關則無法向前行。

基對陷入苦惱的鳴人講述自己與殺人蜂曾是形影不離的摯友，直到自己父親在三十年前制止八尾暴走時不幸陣亡，導致自己受家庭破碎影響而敵視著成為八尾祭品之力的殺人蜂。一次試圖暗殺他卻未成功，後來目睹殺人蜂備受村民冷漠對待之下最終罷手。聽完兩人經歷的鳴人陷入思索，佩服殺人蜂強大的自信心與自豪感。基隨後突然被島周圍的巨型烏賊抓到，直到殺人蜂出手救他，表示自己始終視基為摯友，為此如釋重負的基與殺人蜂重歸於好、互相對拳。

殺人蜂正式決定教導鳴人，而鳴人也以殺人蜂的經歷為啟發，順利通過真實瀑布的考驗而進入瀑布內的大型宮殿，該地作為歷代祭品之力的修煉場所。在大和的陪同以及殺人蜂的互助下，鳴人進入精神世界中會面九尾，靠鑰匙打開四象封印，與脫籠而出的九尾正面交鋒。鳴人準備盡全力削弱九尾的力量並抽取出牠的查克拉，但意識到鳴人企圖的九尾同樣盡全力抵抗，緊接著面對鳴人靠仙人模式準備的超大玉螺旋丸攻擊。

就在鳴人即將抽出九尾查克拉之際，內心卻開始被九尾的憎恨動搖，就快要撐不下去時突然見到一名美麗的紅髮女子。鳴人從她的說詞與相似的「口頭禪」，發覺她就是自己從未見過的母親漩渦九品，而九品用自己的查克拉形成「金剛封鎖」鎖鏈將九尾牢牢捆住，與鳴人在內心世界中享受母子相聚。九品表示自己與湊生前將各自的查克拉輸進鳴人的八卦封印中以防萬一，並交代自己的來歷、童年、以及曾經被湊救過後愛上他的整個過程。

在母親的關懷、指導及互助下，鳴人擺脫憎恨而用仙人模式全力攻向九尾，最後成功抽取出牠的整體查克拉，並將九尾關入更強的「六道封印」中。九品決定在彌留之際告訴鳴人關於他十六年前出生時的所有真相，從頭講述自己來自已滅亡的渦之國，秘密被帶到木葉村從最初的九尾祭品之力、初代火影之妻漩渦水戶手中接下重任，並學會作為祭品之力必須「用愛澆灌」的道理。後來隨著湊成為火影、自己懷上鳴人，在預產期逼近時聽從第三代火影蒜山指示，到遠離村子的特殊結界中分娩，以防止體內的九尾會趁祭品之力封印最虛弱的「分娩」時刻衝破出來。當所有人聯合幫九品生下孩子、阻止九尾逃脫時，卻未察覺到結界外蠢蠢欲動的「面具男」。

湊與九品歡喜地迎接兒子鳴人降世，但面具男突然無聲無息地出現，殺死幫忙接生的蒜山之妻琵琶子，並用繈褓中的鳴人脅迫湊。別無選擇的湊靠飛雷神之術先帶鳴人撤退，面具男伺機釋放九品體內的九尾，並以寫輪眼加以操縱，直接在當時安定祥和的木葉村內部釋放九尾大肆破壞、引發巨大騷亂。湊隨即趕到救走九品，換上火影斗篷趕回村子靠時空結界轉移九尾的攻擊，然而面具男再次以詭異的時空間忍術偷襲，迫使湊離開村子對付這名幕後黑手。湊獲知面具男此行釋放九尾是為改變世界格局而「一時興起的順勢而為」，深感不安之下與他進行一番時空間較量，最後靠「飛雷神二段」外加螺旋丸重擊面具男背部並留下標記，還靠「契約封印」成功切斷他對九尾的控制。

脫離控制的九尾仍肆意破壞村子，造成木葉村內部死傷慘重，僅能靠蒜山通靈出猿魔爭取時間。湊目視面具男撤退時預感他將來仍會對村子不利，隨後趕回村子並將九尾整體轉移至九品與鳴人的所在處。湊不願看到九品用性命冒險，立刻使用屍鬼封盡將一半九尾封入自己體內、而另一半封入鳴人體內，確保鳴人將來能使用這股力量對付造成此劫難的幕後黑手。九品深思熟慮後同樣決定以大局為重，但一半查克拉被封印的九尾本想趁機殺死年幼的鳴人，爪子卻被湊和九品夫婦捨身擋下；夫妻倆強忍著痛苦，對鳴人交代各種叮囑與遺言後伴隨著封印至別。時間回到現在，瞭解經過的鳴人表示自己已從父母身上得到滿滿的愛，讓九品在消散之際擁抱感謝鳴人成為她們的兒子。

經過與母親的見面，鳴人成功控制住九尾力量，自如地進入耀眼的「九尾模式」。由於同時增強鳴人的查克拉感知能力，使他迅速探知到藏身在鮫肌內的鬼鮫，並表示是感覺到蠢蠢欲動的「惡意」。見藏不住的鬼鮫撒腿就跑，逃出瀑布外卻遇到自己兩度交手的凱。鬼鮫靠鮫肌從殺人蜂身上吸回一點查克拉後全力逃出島嶼，並將記載所有重要情報的卷軸放置在一頭鮫鯊體內，並使出「水遁·千食鮫」掩護突圍。凱以開六門的形態意圖阻止他，但由於六門體術朝孔雀不起作用，便直開第七道門·驚門使用絕技「晝虎」。鬼鮫本使出靠吸收對手攻擊進行增幅的「水遁·大鮫彈之術」，然而未料到晝虎實屬非查克拉的風壓，因此最後被突破大鮫彈的晝虎直接命中而完敗。

鬼鮫敗於凱後落入敵手，由會讀心的青葉窺探腦中記憶獲取情報。青葉在窺探中得知鬼鮫曾是負責保護重要人員的霧忍者村暗部，但充當保鏢的同時也身負在遭遇不測的情況下將保護對象滅口的使命，長期執行此類「本末倒置」的任務讓他感受忍界的「虛假」，最後殺死同樣私下裡通外敵的上司後獲得鮫肌。而長期靠寫輪眼控制第四代水影·枸橘櫓的鳶以斑之名向他伸出援手，提議他加入曉以創造一片沒有虛假的夢境世界。此刻，鬼鮫拼勁最後的力氣咬舌掙脫束縛、對自己使出水牢術、通靈出鯊魚吞噬自己，命喪水牢以死守情報。鬼鮫以此奉行自己從鼬身上學到的忠言：「人只有在死前一刻才能看清自己」，以至於最後當一名誓死效忠的男人；而情報卷軸也順利靠通靈鯊魚成功送出去。

鳶來到雨忍者村質問小南關於長門遺體及輪迴眼的所在，在她不肯順從後決定在此將她剷除。小南同樣決定殺死這名暗地裡操縱本由彌彥建立、以嚮往和平為主之曉組織的罪魁禍首，鳶卻聲稱自己其實才是曉的「最初創始者」、甚至是長門輪迴眼的實際擁有者，諷刺這兩件事物都應物歸原主。為了支撐自己、長門與彌彥共同的夢想，小南冒著必死的決心以式紙之舞衝向鳶，刻意被他擒住後誘使鳶吸入大量混入紙中的起爆符，導致鳶險險避開時被炸成輕傷。小南表示長門死前將他與彌彥共同的夢想寄託在鳴人身上，如今自己也決定繼續維持這座「邁向和平的橋梁」，最後將鳶腳下的海平面一分為二，形成一座由無數張折紙構成的萬丈深淵。

小南施展「神之紙者之術」阻止鳶逃入時空間，並瞄準鳶僅能維持五分鐘的虛化能力，靠足足六千億張起爆符設下長達十分鐘的爆炸。但絕境中的鳶被迫靠左眼上的備用寫輪眼、加上自身的千手力量使出伊邪那岐改寫自己被殺的現實，重新出現在查克拉耗盡的小南身後給予致命一擊。小南無法置信對方的強大，萬念俱灰之時突然目睹雨過天晴、甚至出現難得一見的彩虹，由此重獲希望與信念而做出最後的抵抗。鳶對小南施展致命幻術，獲知長門遺體下落後順利摘走輪迴眼。小南為捍衛希望而葬身海面，其中一張被鮮血染紅的折紙自動飛回她與彌彥、長門和自來也相處三年、如今雜草叢生的小屋中，覆蓋在代表「回家」的青蛙牌上，以此兌現她們師徒四人有朝一日回家團聚的承諾。

隨著鬼鮫的情報成功傳遞給鳶一方，大和一行人向聯軍本部匯報後，靠他們身處的這座實為一頭巨大海龜的「龜島」轉移位置。上忍們為了不讓鳴人起疑而繼續圓謊，刻意將鳴人正在進行的任務升格為島上生態調查的「超S級極密任務」，讓鳴人跟島上眾多野生動物打交道而轉移注意力。這時，鳶將其中一顆輪迴眼植入左眼上，身換全新戰鬥服飾與面具而整裝待發，兜自告奮勇代替他前去龜島捕捉八尾和九尾，同時企圖捕捉作為柱間細胞實驗體的大和，以此強化鳶手中為參戰準備的多達十萬的「白絕分身」。兜操縱以穢土轉生復活的地達羅飛至龜島座標位置，首先發現島早已轉移陣地，而聯軍方同樣派出土影·大軒與其孫女黑土、弟子赤土對兜和地達羅進行攔截。

兜讓地達羅以未束縛意志的情況下，讓他與曾經的師父大軒進行空中對決，自己則控制以克隆技術造出的第二代萬蛇迅速找到龜島位置，並將其當場掀翻成底朝上。在瞞著鳴人的情況下，大和、青葉與基趕到外圍伴隨黑土一同作戰，而兜刻意身中黑土的熔遁·石灰凝之術而被水泥覆蓋，假裝動彈不得之下趁機靠蛻皮脫身，當場吞下大和後迅速潛入萬蛇鼻中再以逆向通靈撤退，最後同時召回地達羅返回墳場，準備靠俘虜的大和的基因強化十萬白絕大軍。

大軒靠超輕重岩之術而親自一手將龜島抬回雲忍者村，放置在聯軍本部周邊海域再靠多重結界封鎖，而島內部的鳴人本開始起疑，在殺人蜂開展新一輪尾獸查克拉控制訓練之下轉移注意力。聯軍方靠身在敵人總部周邊監視的紅豆偵察小隊傳信通知，敵人數量多達十萬，因此決定先下手為強而取得先機，迅速集結五大忍者村加鐵之國武士組成的為數八萬之忍者聯軍，在首席戰略師奈良鹿角的規劃下分為五支戰鬥大連隊，分別由懶、黃土、卡卡西、三船、以及同時擔任聯軍總指揮的我愛羅率領。而曉一方同樣集結十萬白絕大軍擔任尖兵、外加穢土轉生大軍擔任主力軍，當中由前曉成員、前祭品之力、先代四影、等眾多已故忍界傳奇強者所組成，為第四次忍界大戰打開序幕。

從小沒有父母、無依無靠的鳴人不停地靠惡作劇吸引村民注意，每個月固定會收到第三代火影的生活費，卻無法問出關於已故父母的所以然來。在忍者學校中認識同樣失去家人的佐助，在一次忍組手敗於他後近距離察覺到佐助擁有一雙「充滿憎恨的眼神」，卻並不是恨著自己。畢業後，鳴人與佐助和小櫻分入由卡卡西帶領的第七班，乃至成功通過搶鈴鐺考驗，並從波之國任務中學到忍者該有的覺悟。

從波之國任務回村後，第七班參加危機四伏的中忍考試，面對由大蛇丸假扮的草忍強敵時，鳴人替佐助擋下致命一擊。三人僥倖通過第二場考試進入預選，鳴人和佐助幸運勝出，約定在第三場中作為對手對抗彼此。而佐助心裡同時不服鳴人快過自己的成長速度，不得不陪卡卡西參與嚴格修煉為第三場考試做準備，並在即將失去資格的一刻及時抵達考場。

中忍考試隨著毀滅木葉行動而中斷，佐助因鳴人強過自己且屢次帶領第七班化險為夷、以及自己不久前跟鼬的意外重逢，因而陷入比以往更強烈的復仇怒火。鳴人不知道佐助所處的焦慮，在與他的醫院打鬥中「勝出」後，導致兩人友情之間出現看不見的裂痕。恰好音忍四人眾代表大蛇丸前來向佐助發出邀請，導致不知深淺的佐助自願投奔大蛇丸以快速獲得力量。

鳴人得知佐助逃跑出村直接加入佐助奪回小隊意圖將他勸回，起初誤以為佐助只是一時想不開，然而在終末之谷最終追上佐助時，卻發現佐助的樣子跟自己一直以來想像的大相徑庭。受咒印增幅影響的佐助，無論是行事與為人變得暴戾，與爆發九尾力量的鳴人經過一番激烈的戰鬥後，在戰後昏迷的鳴人身邊留下自己的護衛，前去投奔黑暗而與鳴人正式分道揚鑣。

眾穢土轉生大軍服從兜的指令奔往各處，當中包含再不斬、白、半藏、阿斯瑪、綱手的戀人斷等眾多熟悉的身影，且集體維持死前的記憶與意志。兜單獨派遣蠍、地達羅、感知型霧忍中吉、以及木葉的前根成員信組成奇襲部隊，針對當時全線撤退的先行偵察小隊進行網羅，獨身留下來的紅豆則不幸被兜俘虜。另一邊，就在忍者聯軍各部隊因把持不住長年以來的種種恩怨而出現內槓時，我愛羅站出來以自己被鳴人改變的經歷、加上謙虛的態度發表莊重演說，指出在場的各位如今集體身為不分國界、經歷過同等傷痛的「忍者」，希望眾人能助他一臂之力。強而有力的言辭使眾聯軍為之動容乃至歡呼鼓舞，紛紛為各自的得罪行為致歉，最後萬眾一心奔向戰場捍衛朋友與忍界的未來。

隨著聯軍各部隊分別奔往指定的不同戰場時，由勘九郎帶領的奇襲部隊集體搭乘祭的超獸偽畫巨鳥進入敵區建立防線。但當時偵查小隊集體被敵方的奇襲部隊抓獲，由地達羅混入起爆黏土外加蠍的查克拉線操縱淪為人肉炸彈。而祭驚訝地發現敵人當中竟包含自己在根組織中一起長大的已故哥哥信，導致祭一時無法對哥哥下手。面對與宿敵蠍的重逢，勘九郎吸取上次敗於他的經驗，召喚出由自己改良的蠍原先的傀儡本體參戰。

祭目睹自己的哥哥一同被當作人肉炸彈，一怒之下施展「超神偽畫」一舉擊敗地達羅和蠍，兩人直接落入勘九郎預備的黑蟻傀儡中遭五花大綁。而信突然看到祭之前畫完的畫冊中間頁，一睹自己在根的最終試煉中病逝時未能看到的畫，心靈得到解脫而靠自主意志解開穢土轉生的束縛而靈魂升天。潰敗的蠍遭到勘九郎語出驚人的一番教育下，不甘願淪為被人操縱的「傀儡」而同樣解開兜的控制而升天，臨走前將自己的父母傀儡託付給繼承傀儡技藝的勘九郎。

對外面的戰況一無所知的鳴人繼續陪殺人蜂進行新一輪修煉，由於鳴人跟九尾交惡而無法尾獸化或施展「尾獸玉」，只能靠與尾獸玉擁有相似雛形的螺旋丸找感覺；而八尾同時提醒鳴人要時刻注意使用尾獸查克拉模式時的相互代價風險。另一邊，兜決定靠吸收紅豆體內的大蛇丸咒印之查克拉來強化控制，而鳶強制兜供述關於穢土轉生的所有秘密，搬出自己之前抓獲的風與斗留音作為實驗品。兜靠風作為活人祭品當場復活死去的斗留音進行演示，同時指出此術無法復活「靈魂被封印之人」或是「遺體下落不明的亡者」。為了精確控制麾下穢土大軍，兜暫時與鳶分頭行動。與此同時，第二部隊靠黃土和黑土父女的「土遁·開土升掘」逼出地底行進的大量白絕，使雙方戰鬥一觸即發。

基於大量鐵之國武士前去參戰，水月和重吾趁機脫防守薄弱的監牢後繼續尋找佐助。斬首大刀當時被水月的哥哥、剛經由穢土轉生復活的忍刀七人眾之一·鬼燈滿月通靈回再不斬手中，除鮫肌與比目鰈魚外的另外四把忍刀也全部刀歸原主。面對藏於濃霧中的強敵，第三部隊身處伸手不見五指的絕境，直到卡卡西再次以身上劃一刀的代價相繼制伏再不斬與白，將其靈魂封印而排除威脅，同時決定全力阻止違背死者意願、褻瀆亡者心靈的穢土轉生術。另一邊由黃土帶領的第二部隊對抗成群的白絕時，由我愛羅帶領的第四部隊則駐守在荒漠區域，所面對的敵人則是先代四影：第二代土影·無、第二代水影·鬼燈幻月、第三代雷影、以及我愛羅的亡父第四代風影。

第四部隊即將對打緩緩靠近的先代四影，而由懶帶領的第一部隊即將在海岸線面對眾多白絕及穢土轉生，其中包含角都、阿斯瑪、斷、日差、以及雲忍者村怙惡不悛的傳奇叛忍兄弟金角與銀角。各部隊如臨大敵使雷影焦慮不安，直到身為木葉天才軍師兼首席戰略師的鹿角站出來，完美地重新規劃聯軍的作戰陣形、以便為所有部隊提供充分的支援部署。大軒認同鹿角的安排，但決定親自打頭陣加入我愛羅的戰場，親自對付自己一樣擁有「血繼淘汰」的師父無。

五大國大名在照美冥的護送下定時轉移陣地，然而鳶同樣派出黑絕四處尋找大名下落。在本部的一聲令下，聯軍各部隊撥出指定數量的軍隊互相支援。身處海岸線戰場的懶曾從第三代雷影身上繼承「雷」字紋身與黑色雷電力量，使用雷遁·黑斑差當場電斃海面上的大量白絕，迫使其他敵人一湧而上與聯軍正面交鋒，日差、斷和阿斯瑪被迫跟曾經的戰友及親人們戰鬥。而最前線的懶同時做好準備，意圖靠自己的嵐遁血繼限界同時對抗金角與銀角。

懶協同雲忍姐弟熱與寒對付手持四件「六道忍具」的金角和銀角，然而三人都不慎被幌金繩擊中而逼出言靈、還被七星劍斬斷言靈後吸入紫金紅葫蘆中而受「詛咒」。經過芭蕉扇的火遁烈焰，熱一不留神道出口頭禪「好熱」而被吸進葫蘆中，寒也因沉默片刻而被自動吸入葫蘆中。獨身留下的懶隨後同樣不慎「禍從口出」而開始被吸進葫蘆，懊悔自己的失算而連續對同伴道歉，然而也因此幸運地靠自己一生中第二多的口頭禪「對不起」而倖免，竄出海面偷襲使銀角撞到幌金繩而逼出言靈。懶奪得七星劍與紅葫蘆後開始以其人之道還治其人之身，驚慌失措的銀角剛對金角求救，直接對應自己的口頭禪而被吸進葫蘆裡。目睹兄弟敗北的金角勃然大怒，釋放自己體內的九尾查克拉。

金角直接進入六尾查克拉形態大肆破壞海岸線，源於他與銀角曾共同被九尾吞入腹中長達兩星期，靠啃食九尾腹肉生存加上他們兄弟的六道仙人血脈而成功結合。懶無法抗衡暴走的金角時，聯軍本部準備好應付措施，靠雷影秘書馬布伊使用「天送之術」，將足以封印八尾的第五件六道忍具「琥珀淨瓶」傳送至懶身邊。為了使金角上鉤，新一代豬鹿蝶鹿丸、丁次與井野在內的援兵在黃土帶領下及時趕到。三人迅速打出完美配合，井野靠心轉身之術佔據金角精神，回應懶的一聲喝令而使金角成功被吸入琥珀淨瓶中封印。而豬鹿蝶三人隨後折返參戰時重逢正在四處奪取心臟的宿敵角都，被他告知除了綱手的戀人斷以外，三人的已故恩師阿斯瑪也身在其中。

本集作為當時上映的《火影忍者劇場版：忍者之路》聯動集，內容講述來自「限定月讀」平行世界中的小櫻無意間穿越到現實世界，以失憶狀態結識不熟悉的同伴與小櫻的真正父母而引發的一系列風波。

三船帶領第五部隊及時援助撤退中的奇襲部隊，獨自對付曾與自己有過一戰的宿敵半藏。然而半藏對三船隻是略有印象，完全不記得自己曾給予三船寶貴的一課以及山椒魚劇毒的解藥。如今三船也是靠此經歷接連撐過半藏的所有致命攻擊，乃至在「決鬥」中用名刀「黑澤」劈開半藏的面罩及鎖鐮，感歎半藏無論是實力及心中的信念都遠不如從前。半藏最終自認不如而甘拜下風，以忍者身份切腹釋放體內的劇毒，使自己無法動彈之下被封印。

豬鹿蝶三人強忍內心的痛苦對付曾經的恩師阿斯瑪，即使鹿丸和井野成功打出完美配合，瞄準阿斯瑪的弱點下手，然而擔任重要攻擊方的丁次卻無法對恩師下手，導致他們屢次命懸一線。阿斯瑪曾總結丁次的「溫柔」既是優點也是缺點，在此戰中更是變成他不敢對恩師出手而逃避戰鬥的怯弱。隨著丁次逐漸喪失鬥志，阿斯瑪決定趁自己還保留自主意志的時候改變丁次。

丁次目睹鹿丸和井野兩人獨自對付阿斯瑪，靠挖掘自己童年的回憶進行思索，最終在同伴及父親丁座的關懷及鼓勵下，選擇直面自己的強大而不再心慈手軟。丁次以一副堅定的眼神以及保護同伴的決心，成功在不藉助家族秘藥的情況下熟練蝶化之術，給予阿斯瑪重重一擊。阿斯瑪佩服地五體投地後遭到封印，道別前將他們三人評為「完美的豬鹿蝶」。此刻丁次正式獲得父親的認可，接過秋道一族新一代家主重任，準備以一人之力掃清海岸線戰場。

鳴人修煉時感應到另一邊的金角身上爆發的九尾查克拉，察覺到異狀之下跑出去一探究竟，卻遭到以伊魯卡為首的多數忍者阻攔。而鳴人靠仙人模式衝出瀑布，感應到當時各處進行的慘烈戰爭後，才被伊魯卡告知所有實情。鳴人堅持要自己前去保護同伴、結束戰爭，而伊魯卡悄悄塞給他一封信以默默支持他後縱使鳴人離開，並囑託準備一起去的殺人蜂照看鳴人。即使島外由雲忍結界班佈下重圍，但兩名祭品之力合力靠尾獸玉打破三十六重結界而成功逃離。