La storia riprende dopo circa tre anni dalla fine della 1° serie. Naruto torna al Villaggio della Foglia dopo un lungo allenamento con Jiraiya (uno dei tre Ninja Leggendari assieme ad Orochimaru e Tsunade). La storia coinvolge altri nemici, ovvero l'Organizzazione Alba, dedita alla cattura ed all'imprigionamento di tutti i nove cercoteri, ognuno sigillato in un ninja. Dopo avere ucciso suo fratello Itachi, Sasuke scopre che lo sterminio del suo clan, gli Uchiha, era stato commissionato dal consiglio degli anziani del Villaggio della Foglia. Perciò, si unisce ad Alba, in cambio dell'aiuto di questa, per distruggere il villaggio. La storia prosegue, quindi, con Naruto che cerca di sfuggire all'organizzazione e di redimere il suo migliore amico, considerato da lui come un fratello.

As Ino and her team head toward an oasis, they are attacked by a team of Sand Shinobi comprised of Ameno, Shishio, and Kouji.

Everyone believes that Indra is the best choice to be Hagomoro's successor, and the sage's indecision begins to cause anxiety among his followers. Finally, Ashura returns home, and Hagoromo reveals who he has chosen.