Kurz nach der Ernennung zum Rokudaime Hokage, erklärt Danzō Shimura Sasuke zu einem Nukenin. Naruto und Sakura wollen von Sai Informationen über den neuen Hokage erhalten. Jedoch aktiviert dieser das Anbu-Ne-Juin-Jutsu und kann somit nicht mehr über Danzō reden. Das Gespräch wird von Karui und Omoi belauscht. Die Ninja aus Kumogakure wollen daraufhin wissen, wo sich Sasuke aufhält.

Omoi und Karui erfahren von Naruto, dass ihr Meister Killer B wahrscheinlich noch am Leben ist. Daraufhin beschließen die Zwei, ihren Meister zu suchen. Doch zunächst fordert Karui sämtliche Informationen über den abtrünnigen Sasuke ein. Jedoch möchte Naruto seinen Freund nicht verraten. Derweil trifft Team Taka auf Tobi und Zetsu.

Das Gokage Kaidan, die Konferenz der fünf amtierenden Kage, findet im Eisen-Reich statt. Hierfür machen sich die Kage der unterschiedlichen Dörfer auf dem Weg, wobei jeder seine speziellen Charakterzüge aufweist. Neben dem Tsuchikage, der alt und gebrechlich ist und der Mikage, welche aufgrund ihres Alters gewisse Interpretationsschwierigkeiten hat, ist der muskelbepackte Raikage unterwegs.

Nachdem die fünf amtierenden Kage rechtzeitig im Eisen-Reich angekommen sind, beginnt das Gokage Kaidan. Gastgeber und Vorsitzender der Konferenz ist der Taishō des Tetsu no Kuni und Hauptmann der Samurai, Mifune. Schon der erste Tagesordnungspunkt lässt eine hitzige Diskussion zwischen den Anwesenden entbrennen. Schließlich beschließen die Kage eine Allianz gegen die Akatsuki zu formen.

Naruto sucht den Raikage auf. Der Shinobi möchte den Yondaime Hokage überreden, die Verfolgung von Sasuke aufzugeben und ihm zu verzeihen. Sakura erfährt unterdessen von Narutos Gefühlen und die restlichen Shinobi beschließen, im Kampf gegen die Akatsuki in Aktion zu treten. Währenddessen versucht Mifune einen Anführer für die neu gebildete Allianz gegen die Akatsuki zu finden.

Ununterbrochen muss Naruto an Sasuke denken, bis zu dem Moment als er von Tobi aus seinen Gedanken herausgerissen wird. Kakashi und Yamato eilen zu Narutos Hilfe herbei und greifen sofort den Anführer der Akatsuki an. Doch dieser möchte nicht kämpfen sondern lediglich mit Naruto reden. In der Zwischenzeit schleicht Team Taka im Gebäude herum und trifft schließlich auf den Raikage.

Team Taka kämpft weiterhin gegen den Raikage und seine Mitstreiter. In der Zwischenzeit hört Naruto von Tobi die Geschichte über Sasukes Bruder. Naruto erkennt, warum Sasuke von Rachegefühlen durchtrieben ist und die Chancen, Sasuke wieder nach Konohagakure zurückholen, gleich Null sind. Zudem erzählt Tobi die uralte Legende zweier verfeindeter Familien, den Uchihas und den Senjus.

Killer B wurde von den Akatsuki gefangen genommen. Mit der Hilfe seines Bijῡs ist er in Lage sich zu befreien. Er denkt allerdings nicht daran, in sein Dorf zurückzukehren. Denn dort wäre er nur der Bevormundung seines Bruders, des Raikages ausgesetzt. Unterdessen muss sich Sasuke, nach dem Kampf gegen den Raikage, einem weiteren Kampf gegen einen Kage stellen.

Während Sai, Kiba, Lee und Sakura auf der Suche nach Naruto sind, erklärt Madara dem Kage, dass er das Mondauge erschaffen will. Madara will Missgunst und Kriege verhindern, indem er eins seiner Augen auf den Mond projiziert und dadurch die Menschheit in einem Gen-Jutsu gefangen gehalten wird. Zudem erzählt Madara die Geschichte des Jubi.

Madara hat den Kage seinen Plan erzählt. Die Kage wollen keine Zeit verlieren und beginnen sofort, Gegenmaßnahmen zu ergreifen. Zunächst werden die Soldaten der Reiche zu einer Armee zusammengeschlossen. Oberbefehlshaber dieser Allianz ist der Raikage. In der Zwischenzeit findet Sakura ihren Teamkollegen Naruto.

Danzō, Torune und Fū werden von Ao verfolgt. Um an Aos Byakugan heranzukommen, stellt ihm Fū eine Falle. Aos Seele wird in einer Puppe versiegelt und Fū übernimmt dessen realen Körper. In der Zwischenzeit trifft Killer B auf das Akatsuki-Mitglied, Kisame. Schnell entbrennt ein Kampf zwischen den Beiden.

Naruto kann durch die Aussage von Sai endlich Sakuras Verhalten verstehen. Sakura liebt Sasuke und möchte nicht, dass Sasuke weiterhin dem dunklen Pfad folgt. Weiterhin beschließen die Shinobi aus Konohagakure, ebenfalls Sasuke zu suchen und Danzō, Torune sowie Fū treffen auf Tobi. Torune und Fū stellen sich einem Kampf gegen Tobi.

Nachdem Danzō gegenüber Sasuke seinen rechten Arm enthüllt hat, kommt es zu einem Kampf zwischen den Beiden. Sasuke möchte von Danzō erfahren, ob die Geschichte seines Bruders der Wahrheit entspricht. Dieser gibt aber nur widerwillig eine Antwort. Naruto, Sakura und Sai erfahren derweil, dass Sasuke Kumogakure überfallen und Danzō entführt haben soll.

Der Kampf zwischen Sasuke und Danzō geht weiter. Obwohl Sasuke seine stärksten Jutsu einsetzt, ist er nicht in der Lage Danzō zu besiegen. Madara beobachtet das Kampfgeschehen und kann den Grund für Danzōs Stärke herausfinden. Dieser setzt das Izanagi ein. Ein Jutsu, bei dem der Anwender selbst in ein Gen-Jutsu versetzt wird.

Sasuke und Danzō stehen sich weiterhin auf dem Schlachtfeld gegenüber. Kurz vor einem vermeintlichen Sieg muss Danzō erkennen, dass er auf ein Gen-Jutsu von seinem Widersacher reingefallen ist. Er schnappt sich Sasukes Teamkollegin Karin und nimmt sie als Schutzschild her. Trotzdem greift Sasuke Danzō an und durchbohrt Danzōs sowie Karins Herz.

Wie sich herausstellt, ist Sakuras Liebesgeständnis gegenüber Naruto nur ein Vorwand, damit Naruto nicht weiterhin nach Sasuke sucht. Gemeinsam mit Sai, Kiba, Akamaru und Lee macht sich Sakura auf den Weg, Sasuke zu suchen. Kurz bevor sie zu dem abtrünnigen Ninja stoßen, setzt Sakura ihre Begleiter mit Schlafgas außer Gefecht.

Nach seinem Ohnmachtsanfall wacht Naruto in einer Herberge auf. An seiner Seite sitzt Yamato, der auf Naruto aufpassen soll. Jedoch kann Naruto Yamato mit einem Schattendoppelgänger täuschen und macht sich daraufhin wieder auf die Suche nach Sasuke. Seine Gedanken drehen sich die ganze Zeit um die Ratschläge, welche er in Bezug auf die Suche nach Sasuke von seinen Freunden erhalten hat.

Nachdem Sakura endlich Sasuke gefunden hat, gesteht sie sich ein, dass sie damals mit Sasuke gemeinsam das Dorf hätte verlassen sollen. Weiterhin erklärt sie sich bereit, Sasuke zu begleiten. Dieser würde das Mädchen allerdings nur mitnehmen, wenn sie Karin tötet. Als Sakura sich umdreht, greift Sasuke sie mit Chidori an.

Erneut versucht Sasuke seine ehemalige Teamkollegin Sakura anzugreifen. Naruto kann Sakura vor Schlimmerem bewahren und schildert Sasuke die Wahrheit über seinen Bruder Itachi. Im Anschluss offenbart Sasuke seine Pläne in Bezug auf die Zerstörung Konohas. Kakashi sieht es als seine Pflicht als Teamleiter an, gegen seinen ehemaligen Schüler anzutreten.

Naruto hat die Hoffnung noch nicht aufgegeben. Immer noch möchte er seinen Freund überreden, nach Konoha zurückzukehren und somit vom dunklen Pfad abzuweichen. Zetsu berichtet Madara über die Schwierigkeiten, in welchen sich Sasuke befindet. Madara kann infolgedessen Sasuke in sein Versteck bringen.

Dem Raikage und seinem Bruder Killer B ist nicht bewusst, dass sie ein ganz besonderes Mitbringsel im Schlepptau haben. Den Brüdern war es möglich, das legendäre Schwert Sameheda an sich zu reißen. Jedoch konnte sich Kisame im Inneren des Schwertes verstecken und somit unbemerkt in das Reich des Blitzes gelangen.

Die Daimyō der fünf großen, versteckten Dörfer stimmen der Bildung einer Shinobi-Allianz gegen die Akatsuki zu. Als die Kage nach dem Gokage Kaidan in ihrem Heimatdorf zurückgelangt sind, erfahren sie neben der Zustimmung der Daimyō, auch vom Danzōs Tod. Die Anführer sind sich bewusst, dass ein erneuter Weltkrieg, nicht mehr zu verhindern ist und treffen deswegen erste Vorkehrungen.

Ein neuer Hokage wird ernannt. Nachfolger, des verstorbenen Danzō soll Kakashi werden. Bevor er dieses ehrenwerte Amt antritt, stellt er sich noch einem ganz besonderen Wettbewerb mit seinem alten Freund und Rivalen Maito Guy. Kurze Zeit darauf beginnt ein Wettrennen vom Eingangstor des Dorfes bis hin zum Hokage-Berg. Im Anschluss beginnt die offizielle Zeremonie zur Ernennung des Hokage.

Als erste Amtshandlung nach ihrer Krankheit beruft Tsunade eine Kriegskonferenz zusammen, bei der unter anderem auch Shikamaru teilnehmen soll. Naruto möchte nach der Anstrengung der letzten Wochen in Ruhe in seinem Lieblingsrestaurant eine Nudelsuppe essen. Noch bevor er den ersten Bissen zu sich nehmen kann, wird er von Fukasaku zum Myouboku-Berg beschworen.

Naruto steht ebenfalls im Zwiespalt gegenüber dem Schlüssel für das Siegel des Neunschwänzigen. Einerseits möchte er dieses erhalten, um beim erneuten Aufeinandertreffen mit Sasuke vorbereitet zu sein. Andererseits hat er vor der Kraft des Neunschwänzigen große Angst, da er schon Freunde mit dieser Kraft verletzt hat.