Naruto und Killerbeat können aus dem Inselversteck entkommen, während der Krieg an Härte immer mehr zunimmt. Madara hat sich eingeschaltet, nachdem es ihm gelungen ist, die Ninja-Instrumente zu rauben. Und damit auch das Bernstein-Gefäß, in dem Kinkaku und Ginkaku mit ihrem Chakra versiegelt sind.

Naruto hat den eisernen Willen, den Krieg zu beenden, obwohl er von allen Seiten davor gewarnt wird. Vor allem davor, dass er den Hass anderer auf sich nehmen möchte. Nun meldet sich sogar der Neunschwänzige zu Wort und erinnert Naruto daran, dass er nicht einmal Sasuke helfen konnte, der so voller Hass war.

In der Sanitätseinheit werden plötzlich Ärzte ermordet. Aber alle Versuche, den Täter zu finden, scheitern vorerst. Auch Neji beteiligt sich an der Suche, obwohl er im Moment das Byakugan nicht einsetzen kann. Sakura gelingt es durch Zufall, Licht in das Dunkel zu bringen. Als Neji wieder einmal zu ihr kommt, um sich behandeln zu lassen, stellt sie fest, dass es der Falsche ist.

Um die Lücke im Bannkreis der alliierten Truppen zu finden, begeben sich Shino, Kiba und Hinata in eine Höhle, in der sie es mit den weißen Zetsus zu tun bekommen. Schnell sind sie sich sicher, dass dies der Ort ist, über den sich der Feind bei den eigenen Truppen eingeschlichen hat. Doch bevor ein Versiegelungsteam ihn versiegeln kann, kommt es zu einer großen Explosion.

Deidara fristet immer noch sein Dasein in seinem versiegelten Gefängnis, und fühlt sich dem Gespött seiner Gegner ausgesetzt. Das macht ihm sehr zu schaffen, denn er möchte doch unbedingt seine Super-Extrem-Kunst verwirklichen. Besonders schlimm wird es für ihn, als Kurotsuchi auftaucht, die Enkelin des Tsuchikage aus Iwa-Gakure.

Ebisu sieht sich in der Pflicht die Dorfbewohner Konohas vor Banden zu warnen, die die Abwesenheit der Krieger ausnutzen könnten, um sie zu überfallen. Für die Mütter des Dorfes ist das allerdings viel Lärm um nichts, denn es wäre nicht das erste Mal, dass Banden versuchen, zu plündern, und bisher haben die Frauen sie noch immer in die Flucht schlagen können.

Tsunade und der Raikage finden Naruto und Killerbeat. Sie wollen Naruto um jeden Preis aufhalten, um zu verhindern, dass er in die Hände des Feindes gerät, was das Ende der Welt bedeuten würde. Der Raikage ist sogar bereit Naruto zu töten, wenn es nötig sein sollte, doch Killerbeat stellt sich zwischen die beiden und bietet dem Raikage an, lieber ihn statt Naruto zu töten.

Kakashi und seine Einheit geraten in einen Hinterhalt. Mit der Guerilla-Taktik überfallen die von Akatsuki mit Edo Tensei wiedererweckten Kämpfer einzelne Teams, um dann wieder in den Bäumen zu verschwinden. Kakashi befiehlt seinen Ninjas zusammenzubleiben, aber um den Angreifern wirklich etwas entgegensetzen zu können, ist etwas anderes von Nöten …

Pakura, eine Shinobi, die das das Shakuton beherrscht, ein Hitze entwickelndes Jutsu, wird zur Heldin von Suna-Gakure, weil sie eine Verschwörung von Seiten Iwa-Gakures verhindert hat. Als nun mit Kiri-Gakure bestehende Unstimmigkeiten nicht beseitigt werden können, wird sie von den Dorfältesten dort hingeschickt, und plötzlich hinterhältig ermordet.

Nachdem der Raikage und Tsunade Naruto haben ziehen lassen, erinnern sie sich daran, wie sie sich kennenlernten: Tsunade suchte nach einer Unterkunft mit einem Casino, um ihrer Spielsucht nachzugehen und ihren Kummer mit Sake zu ertränken. Der Raikage suchte das gleiche Dorf auf, um den schwer unter einem Insekten-Geschwür leidenden Karai von dem Ninja-Arzt Amai behandeln zu lassen.

Der Raikage ist mit dem verletzten Karai und dem Ninja-Arzt Amai bei Tsunade, damit diese Karai helfen kann. Er hat ein Geschwür im Körper, welches aus einem explosiven Insekt besteht, das immer größer wird. Tsunade erklärt sich bereit, es zu entfernen. Alles wird vorbereitet, aber im letzten Moment erteilt Tsunade Shizune den Auftrag, die Operation zu übernehmen.

Kakashi, der seiner Truppe immer wieder sagt, dass man nie allein einem Gegner gegenübertreten soll, ist eben in einer solchen Situation. Da kommt ihm Guy plötzlich zu Hilfe und möchte die Angelegenheit selbst klären, gegen den Befehl von Kakashi. Dabei kommt heraus, dass es während einer Mission auf der Akademie zu einem ähnlichen Vorfall kam …

Kakashi und Guy erfahren, dass eine Einheit nach heftigen Verlusten Unterstützung braucht. Es haben nach mehreren Kämpfen nur Omoi, Yurui , Nurui und ein paar andere überlebt und sie haben es als Gegnerin mit der wiedergeborenen Ameyuri Ringo zu tun, die zu den Sieben Shinobi Schwertkämpfern gehörte und mit ihrem ersten Jutsu gleich Yurui ausschaltet.

Kabuto und seine skrupellosen Mitstreiter überfallen das Dorf Tonika, in dem Gerüchten zu Folge geheime Schätze versteckt gehalten werden. Außerdem liegt das Dorf an einem See, dessen besonderes Wasser Kabuto für seine Experimente nutzen möchte, um Edo Tensei zu verbessern.

Naruto und Sakura treffen im Dorf Tonika auf Dokku, die einzigen Überlebenden nach einem Überfall, und fünf Kinder, die Dokku retten konnte. Plötzlich laufen alle vor ihnen weg. Schuld ist das Abzeichen auf Narutos Stirnband – es trugen die Angreifer, die fast das ganze Dorf ausrotteten.

Naruto geht es schlecht und er weiß selbst nicht warum. Trotzdem bringt er den Waisenkindern aus Tonika ein richtiges Training, Naruto-like, bei. Die Kinder vermissen ihre Eltern sehr, doch Dokku und Shiseru kümmern sich gut um sie.

Kabuto hat es geschafft, den Neunschwänzigen in Naruto, und sogar selbst Naruto zu klonen, um damit noch mehr Unruhe zu stiften. Alles wird zerstört, die Dorfbewohner geraten in Panik. Beim Versuch, Naruto zu retten, wird Dokku, der fünf Waisenkinder gerettet hatte, zusammen mit Naruto von Kabuto festgesetzt. Dokku ist tatsächlich der echte, was man von Naruto nicht sagen kann.

Die Waisenkinder suchen Dokku, um ihn zu befreien, werden aber von Kabuto entdeckt. Reo bietet ihm die 2 Klänge an, die er extra zum Tausch gegen die Freilassung Dokkus mitgebracht hat. Als Disonasu davon erfährt, wähnt er sich am Ziel. Er nimmt Reo die Klänge ab, und versucht, das Saezuri in Gang zu setzen, aber Kakashi kann es rechtzeitig verhindern. Auch die anderen können nicht helfen.

Naruto kämpft unter dem Loch gegen Kabutos Klon-Neunschwänzigenn. Im Kampf verliert er immer mehr die Kontrolle über sich selbst und richtet sich schließlich gegen seine Freunde. Währenddessen versuchen Dokku und Shiseru, mit Hilfe des „Saezuri" den Speer des Himmels" zu deaktivieren. Doch Kabutos Klon-Neunschwänziger wütet weiter und zerstört den Felsen unter Shiserus Füßen.