Der Krieg geht weiter, und nach wie vor bereiten die weißen Zetsus, die in der Lage sind, sich samt Chakra in Shinobi zu verwandeln, den Kämpfern der Allianz große Probleme. Doch nun kommt endlich Verstärkung in Person von Naruto und Killerbee. Naruto gelingt es, einen verwandelten Feind nach dem anderen aufzuspüren, und die Divisionen der Allianz können immer mehr Erfolge verbuchen.

Madara möchte gerne von Mu erfahren, wer ihn wiederbelebt hat und plötzlich erscheint Kabuto im Körper Mus. Sofort wird es spannend. Kabuto möchte unbedingt etwas von der legendären Kraft der Uchihas spüren, die in Madara stecken soll. Und der wiederum möchte diese auch zeigen. Der Tsuchikage, der einst gegen Madara gekämpft hatte, weiß allerdings, wie man sich dagegen wehren kann.

Madara und Kabuto, als verwandelter Mu, sorgen für Verwirrung auf dem Schlachtfeld. Nachdem sich der Tsuchikage trotz seines Alters bereit erklärt hat, wieder einmal gegen Madara zu kämpfen, begreifen auch die anderen Kage, dass es nur eine Chance gibt, den Krieg zu gewinnen, wenn sie gemeinsam gegen den Feind vorgehen. So lassen sich Tsunade und der Raikage von Mabui zur Front teleportieren.

Ist es wirklich möglich, dass die fünf Kage gemeinsam gegen den übermächtigen Feind kämpfen, um den Krieg endlich siegreich zu beenden? Es scheint so. Aber es tauchen immer neue, durch Edo Tensei wiederbelebte Figuren auf, unter anderem Utataka, der mit seiner Schülerin Hotaru einst auf Wanderschaft gehen wollte, dann aber in einen Hinterhalt geriet und getötet wurde …

Die Hoffnung, der Krieg würde langsam in die entscheidende Phase gehen und bald beendet sein, scheint wohl nicht so schnell in Erfüllung zu gehen. Obwohl die Shinobi-Allianz immer mehr Gegner ausschalten kann, kommen immer mehr durch Edo Tensei wiederbelebte, als brandgefährlich eingestufte alte Kämpfer nach, wie Kisame, der mit seinem Schwert Samehada schon viel Unheil angerichtet hat.

Kakashi und Guy eilen Naruto zu Hilfe. Sie bekommen es mit mehreren Bijuus zu tun. Naruto wird vom Vierschwanz verschluckt und dieser wirft ihm vor, dass die Menschen nur an der Kraft der Schweifbestien, nicht aber an ihren Persönlichkeiten interessiert sind. Er erklärt Naruto auch, dass sie richtige Namen haben und nicht nur nach der Anzahl ihrer Schweife benannt sind.

Der versiegelte Kyuubi bemerkt, dass der Vierte Hokage die Absicht hat, seine Macht dem jungen Naruto zu übertragen, und das gefällt ihm gar nicht. Allerdings erkennt er, dass er sich dies zu Nutze machen kann, um die Versiegelung zu lösen und freizukommen, denn wenn Naruto besonders viel von seiner Kraft benutzt, wird die Versiegelung schwächer.

Naruto möchte unbedingt den Kyuubi von seinem Hass befreien, der ist aber nicht davon überzeugt, dass es funktioniert. Und Madara setzt alles daran, seine Gegner schachmatt zu setzen. Dabei geht es ihm zuerst um die Schweifbestien, durch die er Naruto außer Gefecht setzen will. Den Vierschwänzigen kann er mittels eines Pfahls mit einer Kette fesseln.

Naruto hat es immer noch mit den fünf von Madara gesteuerten Bijuus zu tun. Seine einzige Möglichkeit, ihnen etwas zu entgegnen, ist, sich selbst in einen Bijuu zu verwandeln. Guy und Kakashi trauen ihren Augen nicht, als Naruto tatsächlich die Gestalt des Kyuubi annimmt. Gemeinsam mit dem Hachibi versucht er, die Pfähle aus den Bijuus zu ziehen, um sie endgültig zu besiegen …

Die Nachricht, dass Naruto, Bee, Kakashi und Guy Madara in Schach halten, ist bisher nicht mehr als ein Gerücht. Die meisten Kämpfe sind beendet und die Einheiten machen sich auf den Weg an die vorderste Front, um Naruto und die anderen zu unterstützen. Sie wissen nicht, was sie dort erwartet, aber Kakashi weiß es.

In Konoha sind alle gespannt, wann der entscheidende Angriff auf das Dorf kommt. Für die Kinder ist es glücklicherweise mehr ein Spiel. Sie haben Spaß daran, auf Patrouille zu gehen. Im Gefängnis sitzt Karin, die vor einiger Zeit noch mit ihren Kameraden Suigetsu und Jago und Sasuke unterwegs war, bis dieser plötzlich verschwand …

Madara überrascht die fünf Kage mit der Holzfreisetzung. Plötzlich entsteht ein ganzer Wald mit riesengroßen Blüten, die den Kage das Atmen schwer machen und sie besinnungslos werden lassen. Als er zu sich kommt, fällt dem Tsuchikage ein Erlebnis aus früheren Jahren mit seinem Vorgänger ein.

Itachi und Sasuke versuchen Kabuto zu töten, doch der schlägt sich, bestehend aus den Resten von Orochimaru, wacker und ist stärker als je zuvor. Itachi und Sasuke haben sich früher häufig gestritten, doch jetzt müssen die beiden Brüder über sich hinauswachsen, wenn sie eine Chance gegen Kabuto haben wollen.

Itachi und Sasuke stehen weiterhin von Angesicht zu Angesicht mit Kabuto. Er möchte Sasuke auf seine Seite ziehen, indem versucht ihm klarzumachen, wie ähnlich sie eigentlich sind. Und auch in Itachis Leben sieht Kabuto eine Menge Parallelen zu seinem eigenen. Beide waren Spione für Konoha, beide opferten sich für ihr Dorf und wurden zum Dank verachtet und beschimpft.

Kabuto erinnert sich an seine Zeit im Waisenhaus, als er Orochimaru kennengelernt hat und später den ANBU Ne beigetreten ist, um das finanziell bedrohte Waisenhaus zu retten. Jahre später wird er von einer Frau angegriffen und tötet sie. Erst als es zu spät ist bemerkt er, dass es sich um seine Ersatzmutter handelte, die ebenfalls eine Mission für die Ne ausführen sollte.

Der Kampf zwischen Kabuto und den Brüdern Itachi und Sasuke geht weiter. Kabuto erzählt, wie viel er sich von Orochimaru abgeguckt hat und Itachi stellt fest, dass er ihn immer nur imitiert hat, statt sein wahres, eigenes Ich zu entdecken und anzuerkennen. Der Kampf beginnt und Itachi bereitet sich auf den Einsatz eines besonderen Genjutsus des Uchiha-Clans, mit dem Namen Izanami vor.

Kabuto ist in Itachis Izanami gefangen. Sazuke nutzt die Zeit, um von seinem Bruder mehr über diese Technik zu erfahren. Sie wurde entwickelt, um die Uchiha Clan-Mitglieder davon abzubringen, Izanagi zu benutzen und endlich aufhören, ihr Schicksal verändern zu wollen. Der einzige Weg, das Izanami zu verlassen, besteht darin, sein Schicksal zu akzeptieren …

Die fünf Kage versuchen weiterhin, gegen Madara anzukommen. Trotz des großen Kraftunterschiedes gibt Oonoki nicht auf und erinnert die anderen Kage daran, dass sie eine Aufgabe zu erfüllen haben, bei der sie nicht verlieren können. Madara bemerkt, dass er zuerst Oonokis Willen brechen muss. Die Kage gehen erneut in die Offensive, aber Madara setzt sein Susanoo ein.

Es ist geschafft. Das Edo Tensei wurde gelöst. Die Zentrale und alle Kämpfer auf den Schlachtfeldern rätseln, wie es dazu kam, schließlich wurde Kabuto offiziell noch nicht gefunden. Das denken sie zumindest, denn sie wissen nicht, dass Sasuke ihn in seinem Versteck aufgesucht, ihn mit seinem Bruder Itachi bekämpft und schließlich besiegt hat.

Sasuke, Suigetsu und Jugo befinden sich in der Höhle mit dem versiegelten Kabuto. Suigetsu ist außer sich, als Sasuke berichtet, dass er Orochimaru wiederauferstehen lassen und ihn um einen Gefallen bitten will. Sasuke setzt sich allerdings über ihn hinweg. Orochimaru gibt zu, dass er es auf Sasukes Körper abgesehen hat, aber dazu sei er noch zu schwach.

Naruto, Guy, Kakashi und Killerbee stehen weiter Madara gegenüber, und scheinen chancenlos gegen ihn zu sein, egal welche Techniken sie auch anwenden. Jeder scheinbare Treffer gleitet nur durch Madaras Körper hindurch. Das ist ein Problem, denn Madara droht, den Juubi wiederauferstehen zu lassen, der die Kraft aller Bijuus in sich vereint.

Kakashi zermürbt sich den Kopf, wer wohl hinter der Maske von Madara steckt. Währenddessen kämpft sein Schüler Naruto, auf den er stolz sein kann, mit Killerbee und der Kraft Kuramas gegen Madara und ist mit seinen Doppelgängern leicht im Vorteil. Guy hat Mühe, Kakashi daran zu erinnern, gegen wen sie kämpfen müssen.

Zur Verwunderung aller tun sich Madara und der demaskierte Obito zusammen, um gegen die fünf Kage zu kämpfen und können dabei Erfolge verbuchen, aber endgültig schlagen können sie sie nicht. Tsunade kann Katsuyu im letzten Moment beschwören, das Leben der fünf Kage zu retten. Zwischen Obito und Madara gilt es einige Geheimnisse zu lüften.

Obito wird von Madara in einer Höhle gefangen gehalten und von Zetsu und Guruguru bewacht. Ihm wurde ein Stück des künstlichen Körpers von Hashirama angeheftet und er ist noch sehr schwach. Er will unbedingt raus, aber er darf nicht. Als Kakashi und Rin jedoch von Shinobi umzingelt und in Gefahr sind, leiht Guruguru Obito wider Erwarten seinen Körper …

Obito trauert um seine geliebte Rin. Er möchte in die Traumwelt flüchten, von der Madara gesprochen hat, in der selbst die Toten noch leben. Deshalb kehrt er zu Madara zurück. Yahiko und Nagato wollen den Krieg mit Toleranz und Frieden bekämpfen und mit Worten statt mit Waffen. Sie werden von Kyusuke und dessen Anhängern angegriffen, die versuchen wollen, das Dorf zu plündern.

Eine Rückblende: der junge Kakashi kommt zu Jiraiya, der sich gerade an leicht frivolen Büchern und Magazinen erfreut, und möchte ihm etwas Wichtiges sagen. Es geht um drei junge Personen aus einem Waisenhaus, nämlich Konan, Yahiko und Nagato, ehemalige Schüler von Jiraiya, die sich vorgenommen haben, etwas zu verändern und das Dorf zu vereinen.

Danzo überbringt Akatsuki die Nachricht, dass Hanzo die Anführer sprechen möchte. Bevor sich Yahiko und Nagato auf den Weg machen, erscheint Obito bei Nagato und will ihn überreden, sich von Yahikos Idealen loszulösen, und sich ihm anzuschließen. Der lehnt dies aber ab und macht sich mit Yahiko auf den Weg zu Hanzo …