Después del final de la Tercera Gran Guerra Ninja, Leaf Village se divide sobre quién debería convertirse en el próximo Hokage.

En la Fundación, Kakashi conoce a un chico que usa Wood Style, un jutsu que solo el Primer Hokage Hashirama era capaz de usar. Kakashi va a la biblioteca del Tercer Hokage Hiruzen para buscar respuestas y descubre registros sobre las células de Hashirama.

Orochimaru se ve obligado a huir de la Hoja Oculta después de que el Tercer Hokage Hiruzen expone sus experimentos ilegales. Danzo, temiendo que la captura de Orochimaru lo lleve a exponer su propia participación en los experimentos, envía a uno de sus hombres a ayudar.Orochimaru se ve obligado a huir de la Hoja Oculta después de que el Tercer Hokage Hiruzen expone sus experimentos ilegales. Danzo, temiendo que la captura de Orochimaru lo lleve a exponer su propia participación en los experimentos, envía a uno de sus hombres a ayudar.

Mientras persigue a Orochimaru, Kakashi se adentra en una aldea habitada por el Clan Iburi, un grupo de personas con la habilidad única de convertirse en humo. Kakashi pronto es capturado y se entera de que todos los aldeanos sirven a Orochimaru.

Yukimi deja la aldea para ver el mundo exterior, llevándose a "Tenzo" con ella. Kakashi intenta convencer a los dos de que regresen para poder tender una trampa para capturar a Orochimaru, que está detrás de la sangre de Yukimi.

Danzo ordena a Tenzo que mate a Kakashi y se lleve su Sharingan. Reacio al principio, Tenzo decide cumplir sus órdenes después de enterarse de que Leaf Shinobi ha llegado a ser conocido como "Kakashi, el amigo asesino".

Después de ser salvado por el objetivo al que le ordenaron matar, Tenzo se da cuenta de que el hombre conocido como "Kakashi el amigo asesino" es alguien que valora las vidas de sus compañeros más que nadie.

En el grupo de los ANBU se ha unido un miembro del clan Uchiha, se trata de Itachi Uchiha el cual se convierte en el integrante más joven con solo once años. Por otra parte el tercer Hokage envía a Gui llevar un pergamino al país de los bosques y que el traiga uno por parte de ellos, pero aparte de eso envía a Kakashi e Itachi como escoltas secretos. Cuando Gui llega al punto de encuentro los shinobis del país de los bosques los traicionan con un pergamino bomba, del cual salen ilesos, allí Kakashi e Itachi intervienen, donde logran acabar con todos. Después de aquella misión, este le pregunta a Kakashi como obtuvo su Sharingan y si es miembro del Clan Uchiha, donde Kakashi afirma que no y el sharingan es un obsequio de un amigo. En una reunión secreta del clan Uchiha el padre de Itachi le pide contar que ha podido averiguar de los altos miembros de la aldea, pero Itachi observa la piedra con el grabado y se pregunta que significa.

Los cazadores ANBU vigilan las 24 horas a todo el clan Uchiha, entre ellos Itachi, los altos de Konoha discuten si fueron ellos los que causaron el ataque a Konoha, pues el Sharingan es capaz de controlar al Kyūbi, Danzō es quien desconfía, mientras que Shisui Uchiha le propone al Tercero intentar resolver el conflicto y desconfianza de Konoha y los Uchiha si eso llegase a incluye usar su Kotoakatsumi. Cuando el padre de Itachi convoca a todos a una reunión, Danzō quien se reúne con Shisui, le roba su ojo derecho, y esa misma noche le entrega su ojo izquierdo a Itachi pues el ya no puede hacer nada, pero poco después de la muerte de Shisui las cosas han empeorado e Itachi no sabe que hacer pues no puede apoyar a ambos bandos Konoha y su clan.

Itachi es asignado como el líder de los ANBU a la edad de trece años, mientras que el Hokage es informado de que alguien ha estado pasando la barrera que rodea la aldea, por lo que envía a Kakashi al distrito Uchiha a investigar que pasa, una vez allí con Guy se dan de cuenta de la desconfianza del clan Uchiha. Por otra parte Itachi le informa a Danzō todo lo que el clan pretende hacer, entre eso el inminente golpe de estado, Itachi logra hablar con Tobi (Obito) para que le ayude a acabar con todo el clan a cambio de que Itachi se una a Akatsuki, después de llegar al acuerdo y lograr su cometido Itachi se convierte en un ninja desertor. Pasado algunos días el Hokage le pide a Kakashi abandonar a los ANBU y entrar a ser supervisor en la academia ninja.

Kakashi ahora como supervisor Jonin, pone a prueba a dos equipos distintos con el objetivo de trabajar en equipo y lograr que le quiten los dos cascabeles, recordando como fue su experiencia con el Cuarto Hokage. Estos dos equipos reprueban y tienen que regresar a la academia, ya que siguen las reglas de un shinobi, y se olvidan del trabajo en equipo, pero Gui nota que Kakashi es el mismo de siempre, pero el tercero tiene un plan que hará cambiar a Kakashi pues le asignara tres gennin especiales.

Kakashi y el tercer Hokage conocen los hogares de Naruto, Sasuke y Sakura los cuales serán su próximo equipo, este recuerda el trabajo en equipo con sus compañeros Obito y Rin el cual es más importante que seguir las reglas. El equipo siete logra superar la prueba de los cascabeles ya que trabajaron conjuntamente al darle de comer a Naruto, siendo el primer equipo aprobado por Kakashi.