Zwischen den Fünf Reichen soll ein Friedensvertrag geschlossen werden, um die Gefechte beizulegen, doch damit sind nicht alle einverstanden. Die Uneinigkeit geht sogar so weit, dass der Dritte Hokage sein Amt niederlegt und ein neuer bestimmt werden muss. Zum Erstaunen vieler wird es der noch so junge Minato.

Minato sorgt sich um den Frieden und holt sich Unterstützung bei den ANBU. Konohagakure wird von falschen Iwagakure Shinobi angegriffen, offenbar mit dem Sinn, einen Keil zwischen Konoha und Iwa zu treiben. Kakashi, der den Angriff mitbekommen hat, macht sich allein auf den Weg, und tötet die Angreifer.

Kakashi wird immer wieder von Albträumen geplagt. Er erfährt, dass ein Junge von den ANBU-Ne das Holzversteck anwendet und möchte wissen, wie man es beherrschen kann. Dabei findet er ein Dokument, aus dem hervorgeht, dass in Konohamaru Versuche unternommen wurden, Hashiramas Zellen zu kopieren, um den Kyuubi kontrollieren zu können …

Danzo erfährt von einem Untergebenen, dass Hiruzen mit den ANBU dem flüchtigen Orochimaru auf der Spur ist und schickt daraufhin Kinoe los, um Orochimaru an einem Treffpunkt seiner Einheit abzufangen und zu warnen. Orochimaru wiederum trifft Kakashi und es kommt zu einem Kampf, bei dem beide verwundet werden, aber nicht schwer, sodass Orochimaru flüchten kann.

Kakashi trifft in den Tiefen eines Höhlensystems auf den Iburi-Clan, dessen Mitglieder sich im Kampf in Rauch verwandeln können. Sie nehmen Kakashi gefangen und es stellt sich heraus, dass sie Anhänger von Orochimaru sind und jeden umbringen wollen, der sich gegen ihn stellt. Verwundert stellt Kakashi fest, dass sich ein ANBU Ne unter die Höhlenbewohner gemischt hat. Es ist Kinoe.

Tenzo flieht mit Yukimi vor einem grausamen Ritual, um sie zu retten. Beide werden von Kakashi verfolgt, der Yukimi als Köder benutzen will, um Orochimaru zu finden und zu stellen. Orochimaru hat den Iburi-Clan überzeugt, dass sein Ritual einem größeren Wohl, nämlich einer besseren Zukunft für die kommende Generation gilt.

Danzo erklärt seinen Ne-Untergebenen, was es mit dem Sharingan auf sich hat. Es vermittelt nicht nur Vorteile. Nachteil ist, dass man es nur eine Zeitlang nutzen kann, bis es sich gänzlich auflöst. Er selbst verfügte mal über mehrere Sharingan, und jetzt schickt er seine Untergebenen los, ihm ein Ersatzauge zu beschaffen.

Nach dem Kampf um Leben und Tod zwischen Kinoe und Kakashi und der anschließenden Diskussion, ob es eine Mission ist, einen Kameraden zu töten, ist zwischen den beiden ein Augenblick der Besinnung eingetreten. Kinoe ist nachdenklicher geworden. Was hat das Leben bei den Ne, ohne Namen, ohne Gefühle und ohne Vergangenheit, noch für einen Sinn?

Durch die ANBU wird Kakashi immer verschlossener. Guy macht sich Sorgen um seinen Freund und versucht ebenfalls – als Kakashis Partner – der ANBU beizutreten, wird jedoch abgewiesen, da er zu wenig Finsternis in sich trägt. Dennoch erhält die ANBU durch Danz einen Neuzugang: Itachi.

Itachi ist bei den ANBU und Kakashi nimmt sich als Kommandeur seiner an. So ergibt sich auch die Gelegenheit, einen Vorfall mit dem Kyubi vor 6 Jahren aufzuklären, der angeblich von Uchiha angezettelt wurde. Seit damals wurde Uchiha verdächtigt, dafür verantwortlich zu sein und die Spannungen zwischen Konoha und Uchiha würden immer größer.

Die ANBU soll vergrößert werden und Itachi dabei eine Führungsposition erhalten. Von diesem Vorschlag sind nicht alle begeistert, da nicht alle einem Dreizehnjährigen diese Verantwortung zutrauen. Plötzlich wird darüber berichtet, dass der Bannkreis von Konoha durchbrochen wurde und jemand unerlaubt das Gebiet betreten hat.

Kakashi soll als Tutoren Jōnin wieder ein neues Team übernehmen. Der Dritte versucht in ihm langsam das Interesse zu wecken, wer dabei sein wird und sie machen sich auf den Weg, die Kandidaten zu besuchen. Es sind drei Kandidaten, die unterschiedlicher nicht sein könnten, Sakura, Sasuke und Naruto.