Naruto, Kakashi und Guy versuchen nach wie vor, das Problem Madara zu lösen. Aber das ist nicht einfach. Im Gegenteil, zu Kakashis Erstaunen taucht jetzt auch noch Obito an der Seite Madaras auf. Sofort werden Erinnerungen an die Zeit mit Rin wach, vor allem an deren Tod. Obito scheint Kakashi mit dieser Geschichte in der Hand zu haben. Es wird häufiger zum Thema.

Madara und Obito zu schlagen, ist schwerer als gedacht. Immerhin haben sie Juubi, den Zehnschwänzigen, der auch wiederbelebt werden konnte, vor allem das Mugen Tsukuyomi und sind dadurch noch unberechenbarer geworden. Es wird alles mobilisiert, was die Shinobi-Allianz zu bieten hat. Gelenkt werden alle vom Chefstrategen Shikaku, der in der Zentrale mit seinem Team die Fäden zieht.

Madara und Obito haben den Juubi unter ihrer Kontrolle und terrorisieren mit ihm ganze Landstriche. Es scheint, als könne nichts und niemand sie aufhalten. Die Situation scheint ausweglos zu sein. Obito ist dabei ganz besonders an Naruto interessiert und möchte ihn die Hoffnungslosigkeit lehren.

Neue Kämpfe stehen bevor. Auf der dunklen Seite sind Madara und Obito, aber auch Orochimaru, Sasuke, Suigetsu und Yugo. Sie stellen sich auf eine Auseinandersetzung mit Naruto und seine Freunde ein, die vom Freiwerden von Kyubis Chakra profitieren sollen. Sie werden von der Zentrale aus durch den Chefstrategen Shikaku gesteuert.

In Rückblenden erfahren wir, wie sich Hashirama und Madara als Kinder kennengelernt haben und welche Schwierigkeiten sie hatten, weil ihre Clans miteinander zerstritten waren. Hashiramas Vater erfährt davon, dass er sich mit einem Jungen trifft und lässt ihn von einem Bruder beschatten. Als klar ist, dass der neue Freund zu den Uchiha gehört, verbietet Hashiramas Vater ihm den Umgang.

Hashirama trifft Madara wieder, aber sein Vater und sein Bruder Tobirama sind ihm gefolgt. Und weil Madara nur kurz bleibt, wollen sie erfahren, warum. Dabei stoßen sie auf Madaras Vater und seinen Bruder Izuna, also Todfeinde. Es entsteht ein Kampf, der zu eskalieren droht. Sogar Hashiramas Bruder, Tobirama, kämpft gegen den Bruder von Madara …

Hashirama und Madara sind erwachsen geworden und inzwischen Anführer in ihren Clans. Trotz der früheren Feindschaft treffen sie sich wieder und erinnern sich an die Zeiten, als sie über ihre Pläne sprachen, eine Siedlung zu bauen, und was mittlerweile aus ihrem Traum geworden ist.

Der wiederauferstandene Hashirama erzählt Sasuke und den anderen anwesenden wiederauferstandenen Hokage, wie es mit Madara weitergegangen ist. Die Bedrohung für das Dorf wurde immer größer und es war sehr schwer, es ausreichend zu schützen. Zumal auch andere Personen von der Dunklen Seite, wie Itachi, für Unruhe sorgten. Es gab im Laufe der Zeit viele Kämpfe, die viele Opfer kosteten.

Der Kampf zwischen Obito und Madara auf der einen und Naruto mit seinen Freunden und Kakashi auf der anderen Seite geht weiter. Es wird mit allen Tricks gearbeitet und Naruto scheint in Gefahr zu sein. Kakashi, der sich eigentlich vornehm im Hintergrund hält, versucht, auf Obito einzuwirken, zumal Madara sich im Moment relativ ruhig verhält.

Während Naruto geschwächt ist und von Sakura wiederhergestellt wird, verschärft sich die Lage. Zum Glück hat Shikamaru eine Idee, um den Juubi zumindest kurzzeitig aufzuhalten und verbindet sich dafür mit allen anderen Shinobis, um gemeinsam zu kämpfen. Die Zeit reicht aus und es kommt unerwartete Verstärkung aus dem Reich der Toten und von allen vier Hokages.