Während der Kampf gegen den Jubi immer noch in vollem Gange ist, taucht plötzlich Sasuke auf und schließt sich dem Kampf an. In der Zwischenzeit startet der Jubi einen weiteren gewaltigen Angriff. Den Hokage der vergangenen Generationen gelingt es allerdings den Bannkreis aufrecht zu erhalten und die Attacke abzuwehren.

Im Kampf gegen den Jubi gelingt es Naruto und Sasuke mit Hilfe von Gamakichi und Aodo zum Jubi vorzustoßen und einen schweren Treffer zu landen. Dabei kombinieren sie ihre Attacken so, dass daraus ein völlig neues Jutsu entsteht. Gleichzeitig beginnt Sakura mit Hilfe von Katsuyu die Verletzten zu versorgen. Die neue „Dreier-Blockade" ist also in vollem Gange.

Nachdem Naruto und Sasuke einen schweren Treffer gegen den Jubi landen konnten, können sie sich nicht darauf einigen, wie weiter gegen die Bestie vorzugehen ist. Was dem Jubi genügend Zeit verschafft um sich zu regenerieren. Andernorts steht Kakashi Obito gegenüber, den er nach einem erbitterten Kampf endlich bezwingen kann.

In einem geheimen Labor gerät ein Experiment von Orochimaru und Kabuto außer Kontrolle und die beiden müssen fliehen. Als Pain und Itachi das Labor entdecken, bringen sie das Ergebnis des Experiments unter ihre Kontrolle und schicken es nach Konoha, um damit den Kyubi zu stehlen. Dort muss Naruto feststellen, dass es sich bei dem Experiment um eine mechanische Version von ihm selbst handelt …

Auf der Flucht vor Mecha-Naruto wird ein Team-Mitglied nach dem anderen außer Gefecht gesetzt, bis Naruto schließlich allein dasteht. In diesem Moment taucht Orochimaru auf und übernimmt wieder die Kontrolle über seine Schöpfung.

Der Jubi ist verschwunden. Übrig bleibt nur eine Art Ei, aus dem Obito steigt. Nun ist er der Jinchuriki des Jubi. Mächtiger als zuvor, beißen sich sogar die wiederbelebten Hogakes die Zähne an ihm aus und werden vernichtet. Doch sie können nicht sterben und brauchen nur etwas Zeit, um wiederaufzuerstehen.

Alle Versuche Obito anzugreifen schlagen fehl. Er scheint einfach zu stark und zu schnell zu sein. Jutsus selbst wirken bei ihm nicht. Das ist auch der Grund wieso sich Minatos Körper nicht wieder regeneriert. Obtio spottet über Minato und deutet an, wieso er kein Hokage wie sein Lehrer werden wollte.

Mit dem Senjutsu haben Naruto und die anderen Erfolg und können Obito endlich etwas entgegensetzen. Dieser hat jedoch einen Bannkreis errichtet und ist kurz davor Bijukugeln explodieren zu lassen und damit die gesamte Shinobi-Allianz zu vernichten. Durch eine trickreiche Aktion, schafft es Naruto, zusammen mit seinem Vater und den zwei Kyubis, alle aus dem Bannkreis zu retten.

Naruto und sein Vater können mit den beiden Hälften Kyubis genügend Chakra sammeln und es mit Senjutsu stärken, um Obito anzugreifen. Dieser kann sich jedoch schützen. Noch bevor sie erneut angreifen können, bereitet Obito das ewige Mondlesen vor und beschwört Jubi in seiner letzten Form, den Gottesbaum. Diese uralte Entität ist der Ursprung des Chakras und will es sich wiederholen.

Shikamaru liegt im Sterben, da er kaum noch Energie hat. Die meisten Ninja sind auf dem Rückzug, als Orochimaru auftaucht. Hashirama fragt sich, wieso die Knospe noch nicht aufgegangen ist und erfährt, dass der Baum das Chakra der letzten Bijus benötigt, ansonsten dauert es noch. In der Zeit will Madara mit Obito tauschen.

Sämtliche Ninjas der Allianz machen sich unter der Führung der fünf Kage bereit für den finalen Angriff. Sie wollen nicht aufgeben und glauben an die Hoffnung, die Naruto ihnen gegeben hat. Dieser kämpft bereits gemeinsam mit Sasuke gegen Obito. Unterbewusst heilt Naruto sogar den sterbenden Shikamaru. Währenddessen macht sich auch Kakashi wieder bereit für den Kampf.

Obito kann nicht begreifen, wie Naruto für diese Welt kämpfen kann. Doch er gibt nicht auf und bereitet sich mit Sasuke auf den entscheidenden Angriff vor. Auch Narutos Freunde machen sich fertig. Sie erhalten von Naruto je ein Rasengan um Obitos Schild zu durchbrechen.

Obito erinnert sich daran, wie er, Rin und Kakashi die Chunin-Prüfungen absolviert haben. Obwohl er Rückschläge erleiden musste, hat Rin fest an ihn geglaubt und so hat Obito damals nie aufgegeben und schließlich die Prüfung bestanden. Naruto hatte Recht und Obito hat diese Erinnerungen nie vergessen. Er hat sich dagegen gewehrt, als er der Junchiriki von Jubi wurde.

Naruto schafft es, dass sich Obito an die Vergangenheit erinnert und an die Freunde die er hatte. Es gelingt ihm, Obito von seinem Vorhaben abzubringen und so kann die Allianz das böse Chakra aus ihm herausziehen. Sasuke eilt zu dem geschwächten Obito, um ihn zu töten, doch Kakashi kommt ihm zuvor. Aber auch dieser wird aufgehalten, von Minato.

Auch Gaara und die Biju wollen gegen Madara helfen. Son Goku fragt Gaara, ob er ebenfalls ein Freund Narutos ist. So erzählt Gaara, was Naruto für ihn bedeutet. Wie sie sich getroffen haben, wie Naruto ihn besiegt hat und wie sich Gaara veränderte. Naruto wurde zu Gaaras Freund. Zu seinem ersten Freund.

Hanabi ist ganz vernarrt in ihre große Schwester Hinata und möchte unbedingt so werden wie sie. Mit der Zeit macht sie selbst beim Training allerdings so große Fortschritte, dass man sich im Hyuga-Clan fragt, ob sie nicht vielleicht besser für die Nachfolge als Anführer geeignet ist als ihre Schwester. Daher lässt ihr Vater die Beiden im Kampf gegeneinander antreten.

Während Hanabi hart trainiert, um ihrer neuen Stellung gerecht zu werden, wird Hinata bei der Chunin-Prüfung schwer verletzt. Hinatas Worte über Naruto, Nejis Niederlage und seine Versöhnung mit ihrer Schwester bringen Hanabis Haltung zum Schicksal langsam ins Wanken. Die Zeit vergeht und während Hanabis Fortschritte stagnieren, wird Hinata immer stärker.

Obito sieht endlich ein, dass er falsch gehandelt hat. Um seine Taten zu büßen, will er das Gedo Rinne Tensei no Jutsu nutzen, um alle gefallenen Ninja wiederzubeleben. Doch Kuro Zetsu hält ihn auf und benutzt ihn, um Madara Uchiha wieder aus Fleisch und Blut zu machen. Wieder lebendig, will Madara endlich seine Pläne in die Tat umsetzen.

Der erneut zum Leben erwachte Madara Uchiha steht den freigelassenen Biju gegenüber und will nun Jagd auf diese machen. Schnell wird klar, dass Madara im Besitz eines echten Rinnegan ist. Derweil wehrt sich Otabi, der unter der Kontrolle vom schwarzen Zetsu steht, dagegen das linke Auge rauszurücken. Madara beschwört die Dämonenstatue Gedo Mazo …

Nachdem der Kyubi aus seinem Körper entfernt wurde, schwebt Naruto in Lebensgefahr. Gaara arbeitet gemeinsam mit Sakura an seiner Rettung, denn noch ist nichts verloren. Madara beschreibt derweil den jetzigen Zustand der Welt als Widerspruch, den er auflösen will. Sasuke versucht ihn aufzuhalten, doch auch er scheitert an der Übermacht Madaras.