Tras la llegada de Sasuke al campo de batalla y el renacimiento del Equipo 7, todos los Shinobis se disponen para atacar al Diez Colas, pero cuando comienza la movilización, Hashirama les pide que guarden un momento, ya que el Diez Colas crearía una nueva Bomba Bestia con Cola para romper la barrera, lo cual no funciona, gracias a la gran habilidad de los antiguos Hokages.

Gamakichi ha llegado al campo de batalla en lugar de su padre, Naruto se sorprende por el gran crecimiento de Gamakichi y le explica que necesita que de un gran salto hacia el cuerpo principal de la Jūbi, Sasuke le ordena a Aoda que simplemente avance, él se encargará del cuerpo principal mientras Sakura le pide a Katsuyu que se divida para curar a los miembros heridos de la alianza. Hiruzen observa nostálgico esta nueva generación de Shinobis, los tres shinobis con sus respectivas invocaciones van a la acción, Gamakichi y Naruto dan un enorme salto y se elevan por encima de las copias del Jūbi que lo atacan pero éste bloquea los ataques, Sasuke y Aoda se deslizan entre las copias del Jūbi a gran velocidad y consiguen abrirse paso entre la multitud, Sakura y Katsuyu se encargan de curar a los miembros de las Fuerzas Aliadas Shinobi con su sanación a larga distancia.

El jutsu de Naruto y Sasuke impacta en el Diez Colas y hace que éste arda. Naruto le dice a Sasuke que cuando el Diez Colas se debilite, él y Kurama salvarán a las demás bestias con cola, pero Sasuke hace caso omiso a lo que dice Naruto. El Diez Colas sigue ardiendo, pero pronto se deshace de la parte que se estaba quemando.

Orochimaru junto con Kabuto crean un robot llamado "Mecha Naruto", el objetivo de este es ir a capturar a Naruto y arrebatarle el Chakra del Kyūbi, pero este se sale de control y destruye el laboratorio de Orochimaru.

Mecha Naruto continua su persecución, donde continúan cayendo los compañero de Naruto e incluso el mismo Kakashi, tras notar que Naruto se ha quedado solo decide hacerle frente.

Los shinobis de la Alianza se encontraban dudosos preguntándose que había pasado con el Diez Colas, si lo habían derrotado, cosa que algunas personas como Hiashi Hyūga negaron, Sakura le pregunta a Hinata si estaba observando y se les podía explicar lo que pasó, Hinata quien estaba viendo todo con su Byakugan empieza a recordar lo sucedido y les dice que el Diez Colas había sido absorbido por esa persona ya que el Chakra lo confirmaba, este hecho sorprende a Sakura.

El segundo Hokage logra llegar a tiempo para salvar a Minato y los demás, donde rápidamente teletransporta un clon con dicha esfera hacia Obito para estallar con él, pero tras la explosión se revela que no sufrió ningún daño, cerca de allí.

Obito quien recibe el ataque Senjutsu de Naruto queda aturdido, una vez que se recupera decide crear una barrera parecida a la formada por los hokages, la intención es aniquilar a la alianza, para lo cual hace que surga un árbol con flores gigantes de las cuales se forman varias bijudamas colosales. En ese momento la mitad de Kurama que es de color café y reside en Minato logra comunicarse con su otra mitad que hay dentro de Naruto, tras chocar los puños Naruto y Minato, las dos partes de Kurama logran distribuir a la alianza nuevamente el chakra de Kurama, Obito quien se protege para la explosión alega que mañana será el aniversario de la muerte de Minato y Kushina, pero Naruto ignorándolo responde que también es su cumpleaños

Hace miles de años, la humanidad luchó incontables batallas, dejando a la tierra empapada de sangre. Este árbol crecería de la sangre de las personas fallecidas y consiguió llamar la atención del Clan Ōtsutsuki, ya que produjo un fruto de gran poder. Sin embargo, Kaguya Ōtsutsuki, una princesa y líder de ese clan, anhelaba traer la paz y acabar con la guerra. Decidió que eran necesarios obtener poderes divinos para así poder salvar a la humanidad, violando la prohibición y consumiendo el fruto del árbol sagrado. Al hacerlo, Kaguya adquirió un inmenso poder, el suficiente para realizar su objetivo propuesto, siendo considerada como la Diosa Conejo.

Los cinco kages que se han recuperado se dirigen a la batalla observando el Shinju, mientras que los pocos shinobis que aún quedan con vida se preguntan si deben seguir luchando o más bien finalmente ceder a las palabras de Obito, Shikamaru quien le fue arrebatado todo su chakra se encuentra grave, rápidamente sus compañeros llegan a auxiliarlo. Naruto quien llora tras escuchar de Obito de caer en el Tsukuyomi infinito no sabe que hacer, es entonces donde Hashirama les aclara que deben vencer al enemigo, en ese momento Orochimaru llega y se entera de la situación.

La alianza se arma de valor después de los recuerdos de Hashirama y Naruto, así todos se preparan para cortar al Shinju, por otra parte Naruto y Sasuke pelean contra Obito, pero este los esquiva fácilmente, Shikamaru quien es atendido por Sakura recibe nuevamente el chakra de Kurama y tras recordar el pasado de Naruto logra ponerse de pie. Los cinco kages que se dispersan por toda la zona dan la orden de atacar y cortar el árbol, es así como toda la alianza se vuelve una, El tercer hokage que observa a Orochimaru le pregunta si también va a colaborar, el sannin alega que lo hará ya que no permitirá que Obito Se salga con la suya

Naruto se transforma en Kurama y Sasuke con el Susanoo lo reviste creando así una armadura para éste. Obito mira con odio a ambos, provocando que Kakashi vea lo que está sucediendo en el exterior a través de él. Obito les dice que cada vez está más cerca de cumplir su sueño y crea un gran escudo junto a una espada, la cual utilizará para destruir el mundo.

Naruto le dice a Obito que ya no debe tratar de huir de su pasado, ya que finalmente no logró deshacerse de sus recuerdos. Naruto además comenta que él es como Obito, ya que tuvieron muchas cosas en común: No tuvieron padres, tenían el mismo sueño de ser Hokage y tuvieron que esforzarse al máximo para salir adelante. En ese momento, Obito empieza a recordar sus días en la academia y de como siempre quiso superar a Kakashi en todo sentido y en donde, con el apoyo de Rin, logró convertirse en un Gennin. Poco después, Minato se hace cargo del grupo, teniendo él que lidiar con Kakashi, que sigue el código ninja, y Obito, que siempre llega tarde para las misiones. Finalmente, Naruto espera la verdadera respuesta de Obito.

Obito sigue recordando su pasado, en donde Minato los recomienda para realizar el examen Chunnin, tras decidir hacerlo, Obito, Kakashiy Rin deben superar la primera prueba que es el examen escrito, donde tras no saber ninguna respuesta, Obito recibe ayuda de Rin, así logra aprobar, ahora deberán luchar en grupo en el bosque de la muerte y así pasar a la siguiente ronda, Obito quien llega en el último momento se prepara para el combate donde es vencido por Guy, sin embargo Obito sigue entrenando sin cesar, hasta la tercera fase del examen donde nuevamente es vencido, tras verse frustrado observa como Rin le da ánimos a Kakashi

Naruto le ofrece a Obito no seguir ocultándose, pero Obito, en un último acto, alega que no se arrepiente de nada. En ese momento, Naruto lo golpea y al darse cuenta Obito se observa a sí mismo de joven, pero además, observa a Rin, Kakashi y Minato, los cuales son transformaciones de sí mismo. Obito, quien observa que Naruto le toma la mano, se da cuenta de la presencia de la alianza. Volviendo a la batalla, toda la alianza tira con todas sus fuerzas para, finalmente, lograr liberar a los Bijūs. En ese momento, Obito regresa a la normalidad y tras caer débil, acepta que ha perdido. Los Bijūs le agradecen a Naruto el haberlos salvado. Sasuke se dispone a darle el golpe final a Obito, pero Kakashi logra volver y alega que él se encargará de Obito. Minato llega y logra detenerlo

Naruto lanza su Ōdama Rasen Shuriken hacia el lugar donde se encuentra Madara capturado gracias al dragón de madera de Hashirama. Los shinobis se apresuran para poder sellarlo. Gaara le pide ayuda a Shukaku para realizar una versión gigante del Sabaku Sōtaisō, quien en un primer momento se niega, accediendo posteriormente pero alegando que lo hace en concepto de decisión personal. Los demás Bijūs también ayudarán a Naruto. Mientras, Son le pregunta a Gaara si él conoce a Naruto (En ese momento, Gaara recuerda detalles muy importantes de su pasado

Primera parte del especial: "Las hermanas Hyüga, un destino inmutable" previo al estreno de la película: "The Last - Naruto the Movie". Su argumento gira en torno a la historia de Hinata y Hanabi Hyüga, especialmente en cuanto a esta última, debido a su importancia en esa obra cinematográfica. Este capítulo narra los acontecimientos que tuvieron lugar durante su niñez, la admiración de Hanabi por Hinata, el odio de las otras extensiones del clan para con la rama principal y la manera en que esta mantiene su control por medio del sello del pájaro enjaulado hasta el enfrentamiento entre Hinata y Hanabi, luego del cual su padre decide abandonar a Hinata y ofrecerla a la aldea para que ingrese a la academia ninja

Obito quien se encuentra sin fuerzas, finalmente entiende la razón por la que Nagato lo traicionó, tras meditar en las palabras de Naruto y en como el nunca retrocede en sus palabras y recordar su pasado, Obito decide realizar el Gedō Rinne Tensei y revivir a los shinobis muertos durante la guerra, mientras que Madara finalmente es inmovilizado por Hashirama, resta sellarlo por lo que Sai se apresura y terminar con Madara, pero este le da las gracias a Naruto por haberle quitado los Bijūs a Obito. Cuando Obito intenta realizar la técnica, Zetsu negro aparece y toma control de su cuerpo y es Madara el que logra hacer el cambio, inmediatamente las marcas del Edo Tensei desaparecen en el y el Rinnegan se desvanece, mostrando que ahora posee un cuerpo real

Madara Uchiha ahora se dispone a capturar a los bijūs, sin más el Uchiha resucitado se lanza contra las bestias pero el Shukaku realiza el Fūton: Sasandan donde con la ayuda de Gaara logran inmovilizarlo gracias a la arena que entraron en las heridas de Madara, es entonces donde los demás Bijūs le propinan un golpe, para finalmente intentar sellarlo con el Sabakusū Taisou Fūin , tras parecer que finalmente logran sellar a Madara, este logra escapar gracias a Susanō, pero es interceptado por Naruto y Kurama que logran golpearlo para luego ser atacado por las colas de los nueve Bijūs, sin embargo aún después de ese ataque solo logran quitarle el brazo derecho

El Gedō Mazō arrastra a los nueve bijūs hacia su interior, mientras eso sucede Kurama le pide un favor a Gaara donde le encomienda a Naruto, finalmente la estatua se traga uno a uno a los bijūs, Naruto quien cae inconsciente es rescatado por Gaara y lo lleva rápidamente hacia donde se encuentra Tsunade y Sakura, la estatua que abre sus nueve ojos queda inmóvil.